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环状 RNA 测序案例分析

案例:以结肠癌,卵巢癌,特发性肺纤维化及正常的人组织为例探讨 circular RNAs 的富集与增殖的相关性背景:最新研究表明,circular RNAs 大量存在,是构成生物体 RNA 网络的一部分,而且研究者们推测 circular RNAs 与 miRNAs 一样具有生物学功能。目的:利用 Illumina 测序平台对细胞增殖速度不同的样品(正常组织和细胞,不同肿瘤组织和细胞,非肿瘤疾病组织和细胞)的 circular RNAs 进行分析,探究 circular RNAs 的富集与 ...

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MTT 的操作方法(四)

六、MTT 结果分析关于如何计算 IC501、改良寇式法:lgIC50=Xm-I(P-(3-Pm-Pn)/4)Xm:lg 最大剂量I:lg(最大剂量/相临剂量)P: 阳性反应率之和Pm: 最大阳性反应率Pn: 最小阳性反应率举个例子:各药物浓度作用于某肿瘤细胞后所得 MTT 值如下公式中的最大最小阳性反应率就是最大最小抑制率抑制率=1-加药组 OD 值/对照组 OD 值,如对于 100ug/ml 的药物,其抑制率=1-0.080/0.614=0.869,各组抑制率如下:代入计算公式:Pm=0 ...

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MTT 的操作方法(三)

五、MTT 法实验步骤1. 胰酶消化对数期细胞,终止后离心收集,制成细胞悬液,细胞计数调整其浓度至 5~10×104/ml。细胞详细计数方法请参照易生物实验技术中的相关文章。对于初学者而言,要使细胞达到 5~10×104/ml 往往不知从何处着手,我在这里向大家提供一个简单的方法以初步确定细胞数量。以一般细胞培养常用的 25 cm2 为例,1) 细胞密度在长到约 80%~90%(下图所示为 80%~90% 密度时细胞的大致状态),消化离心收集后,将上清去掉,加入 3 ml 培养基使其 ...

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MTT 的操作方法(二)

四、实验所需材料1.MTT 溶液的配制通常 MTT 配成的终浓度为 5 mg/ml, 须用 PBS 或生理盐水做溶剂。市面上一般 MTT 的包装为 100 mg,250 mg 或 1 g1.1 对于 100 mg 这样的小包装,厂家都是将 MTT 放入小管中的,个人建议不要再用天平称量分装,而应该一次性将其全配制成溶液,如 100 mg 用 20 ml PBS 来溶解。具休做法:预先在 50 ml 离心管(没有的话,可用培养瓶替代)加入 20 ml PBS,从中先吸取 500-1000ul PBS 装入含 MTT 的小管中,吹打若干次后将其移入 50 ml 离心管,然后再混匀。可以重复 ...

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MTT 的操作方法(一)

一、MTT 是什么MTT 是一种粉末状化学试剂,全称为 3-(4,5)-dimethylthiahiazo(-z-y1)-3,5-di-phenytetrazoliumromide,汉语化学名为 3-(4,5-二甲基噻唑-2)-2,5-二苯基四氮唑溴盐,商品名:噻唑蓝。是一种黄颜色的染料。二、MTT 法用来做什么简单地说:是一种检测细胞存活和生长的方法。MTT 主要有两个用途1.药物(也包括其他处理方式如放射线照射)对体外培养的细胞毒性的测定;2.细胞增殖 ...

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降低 MTT 法实验过程中各种影响因素的方法

MTT 原理MTT 全称为 3-(4,5)-dimethylthiahiazo(-z-y1)-3,5-di-phenytetrazoliumromide,汉语化学名为 3-(4,5-二甲基噻唑-2)-2,5-二苯基四氮唑溴盐,商品名:噻唑蓝。是一种黄颜色的染料。MTT 比色法,是一种检测细胞存活和生长的方法。其检测原理为活细胞线粒体中琥珀酸脱氢酶能够代谢还原 MTT,同时在细胞色素 C 的作用下,生成蓝色(或蓝紫色)不溶于水的甲臜(Formazan),甲臜的多少可 ...

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ibidi:超详细的实验图像自动化分析方法

德国易必迪 ibidi 公司专注于细胞培养及功能实验的耗材及仪器开发(见图 1),目前已研制出一系列广受好评的细胞功能实验的相关产品,例如研究细胞迁移的 culture-insert 产品、研究细胞侵袭的 ibipore、研究血管生成以及细胞趋化系列产品等。我们知道在这些功能研究中,除了做好实验部分,数据分析也是很非常重要的一个环节。图像处理往往会消耗工作人员大量精力,而且容易带入人为主观性,导致所得结果的准确性和可重复性稍差。ibi ...

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高通量测序中植物样本的制备方法

高通量测序技术已广泛应用于植物研究中,但植物材料中较多的蛋白质、多糖以及酚、脂类等次生代谢物质,提取核酸的难度往往比动物或原核生物样本大,因此如何从植物样本中得到高质量的核酸进行后续的测序,成为在植物高通量测序应用中的首要因素。根据核酸类型,可有如下制备方法可参考:1. 植物基因组 DNA主要应用于植物的全基因组测序、重测序等。植物的全基因组测序要求基因组 DNA 量至少在 50~100 μg,可采用经典的 CTAB 抽提方法,配方和步骤如下: ...

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牛人教你看文献「三部曲」之学习

二、出国留学博士生的学习体会要在高起点上开展学术研究,阅读英文原文是不可或缺的环节。英文文献阅读的重要性不需赘述,国内多数理工科院校的研究已经实现了和国际的接轨,管理和经济学科相对滞后,但是部分团队已经走在前列。中 文文献看多了之后就会发现很多内容似曾相识,英文文献在内容的广度和深度方面更胜一筹。阅读英文文献的目的不是为了论文增加几个参考文献而看上去好看,当 然国内有些人是这么做的,更有甚者为了增加英文参考文献而引 ...

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牛人教你如何读文献「三部曲」之高效阅读

(三)如何进行文献阅读其实做科研,不 看文献要做好科研,可以说一点可能都没有。只有广看论文,深入学习,才能厚积薄发,写出响当当的文章出来。读文献一定不要心浮气躁,或者就是想着混个毕 业。相反我们要沉下心来,大量阅读文献,在读的过程中有的文献看懂了,但是看不懂的文献也可能会居多。看懂的认真学习借鉴,看不懂的 深入探索,实在不行就暂时放下,过一段时间,随着知识和能力的提高慢慢也就弄明白了一些。即使还是看不懂,但是心里知道有那么回事, ...

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牛人教你如何读文献「三部曲」之获取前沿情报

(二)如何快速而准确地获得最新的科研信息如何快速准确地从浩如烟海的信息海洋中获取所需的信息,并学会分析、利用信息资源已经成为人们立足于信息社会的一个重要技能.提高自己在当今复杂的信息世界中准确、快速地获取信息的能力, 对我们科研人员是至关重要的. 我们要时时刻刻了解最新的科研成果,最主要的途径还是要了解最新的科研文献, 但是对于我们常用的数据库, 我们又不可能每天都去访问一次数据库来查看是否有最新的文献出来, 而对于许多国外的 ...

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miRNA 测序案例分析

通过深度测序分析乳腺癌中microRNA的序列和表达 背景: microRNAs 调控很多对肿瘤发生非常重要的基因。乳腺癌中很多 microRNAs 是下调的,但系统的乳腺癌中 microRNA 的表达分析还没有被报道。

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SCI 生死劫破解之修改大法

常言道“文不厌百回改”,文章是改出来的,不是写出来的,好文章更是源于不断的修改。一篇成功发表的 SCI 论文在修改这条路上也是千回百转的,今日小编就与手机前的你来分解分解其中之玄机所在。首先,我们大可以根据修改的程度将其分为大修和小修两种情况。小修就表示我们傲娇的审稿大人对你的文章是认可的,在加之一些语句和格式的修改即可走向发表的光明大道,这当然也是广大投稿者们欣欣向往的一种结果。那如果论文要进入大修则表示文章还是有 ...

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SCI 作图四大原则

小编我日夜写作,也称得上是 SCI 编辑中的高产份子了。看过人家的文章的人都知道小编是一个特别接地气的人,清一色的大白话。但是呢,今天在这里要我郑重其事的告知各位,咳咳,人家要是高大上起来,也是专业到不要不要的呢,话不多说,且听 SCI 之作图四大原则!原则一:分辨率多数期刊对不一样的图也会有不一样的要求,一般情况来说(注意咯,要开始拽英文了!),有三种要求:1、line artwork(纯纯的黑白图,没有中间颜色)是要求最高的,1200d ...

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长链非编码 RNA(lncRNA)研究策略

长链非编码 RNA(long noncoding RNA,lncRNA)指的是转录本长度在 200-100000 nt 之间的 RNA 分子,它们不编码蛋白,位于细胞核或胞质内,具有保守的二级结构。研究显示,lncRNA 并非以前所认识的那样没有功能,它可与蛋白质、DNA 和 RNA 相互作用,通过多种机制(如基因印记、染色质重塑、细胞周期调控、剪接调控、mRNA 降解和翻译调控等)在多种层面上(如表观遗传学、转录调控及转录后调控等)调控基因的表达水平。lncRNA 参与多 ...

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检验侦探的神秘地带

检验科,英文名称clinical laboratory。作为综合性医疗机构必不可少的医技部门,检验科时常被大众冠以神秘、严谨而又充满奥妙的部门。透过走廊的橱窗,一系列高大上的仪器设备,一排排五颜六色的采血管,一位位身穿白衣严捂口罩的工作者,特别是一些实验室的大门被贴上“生物污染”、“机房重地”之类的字眼,更令人心生好奇。其实,每一位检验人员就是一名侦探,在实验室利用相应的仪器与自身的经验研究着每一份标本,来探求应有的答案 ...

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超高空间分辨率优化技术:Super Nova 小动物 PET/CT

正电子发射断层扫描显像(PET)是继 CT 和 MRI 影像技术后在生物医学工程领域出现的全新尖端科技,专门用于人体或动物在分子水平上的新陈代谢的功能成像。它可以在无创伤情况下进行功能、代谢和生理显像的早期诊断技术也被称为分子影像。它集材料学、核物理、放射化学、计算机技术、医学影像技术和分子生物学技术之大成被誉为二十一世纪医疗设备的高科技之冠。它是当前医学界公认最先进的大型医疗诊断成像设备,可广泛应用于肿瘤学、神经学、心血管、 ...

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高通量检测与人性化实验设计

计算机断层成像技术(CT,Computed Tomography)作为一种无损成像技术,借助于 X 射线显微光学和 X 射线断层重构技术,可以在无创伤情况下提供被扫描对象的内部结构图像,其在临床医学上的应用是 20 世纪以来医疗技术进步的重要标志之一。而小动物模型在生物医学研究中有极为重要的地位,小动物、尤其是小型啮齿动物,已经成为生物和医学研究实验室用来建立人类疾病模型或者测试新药和治疗方法的动物选择。CT 技术在小动物成像中的应用,提供 ...

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RNA 萃取实验前必读 成功经验法则大公开

Lab 的经验和客户的难题以华联基因体实验室的长期以来承接客户 RNA 检体的经验来说,我们经常遇到的问题是(1)RNA 的总量不够,(2)RNA 有严重的盐类污染,(3)RNA 有严重的有机溶剂污染,(4)DNA 污染及(5)样品 降解严重(图一图二)。前四项问题都还好解决,只 需要再次萃取或进行纯化即可解决,但是样品降 解就较为棘手,常常因重新准备检体一来一往, 耗掉不少心力和时间,最后也拿不到好的结果。客户经常会问为什么执行芯片实验会如此要求 RNA 质量呢? 而其他的 ...

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血清中 miRNA 抽提和实验设计经验谈

血液中 miRNA 的组成血液中的 miRNA 到底是从何而来? 要往哪里 去? 这些 miRNA 的生理功能是什么? 以上这三个问题是很多研究人员关心的问题,事实上这些问 题目前并没有很明确的答案,我们知道 miRNA 是 内生性的短片段 RNA,长度约 17 到 23 核苷酸, miRNA 可以藉由和信息 RNA(mRNA)结合诱导 信息 RNA 的降解,进而调控信息 RNA 和相对蛋 白的表现。根据一些论文的揭示 1 和实验室实际的 操作经验显示,正常人的血液中 miRNA 的含量是 极微量的,但是在病人和检体制备不佳的血液样 本中却可抽取 ...

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