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测序技术的火爆程度，大家有目共睹，做了测序就一定会涉及差异分析的表达，差异分析最常用的就是「火山图」和「热图」了。看看这两种图形在顶级期刊中的出场率！图片来源：各期刊截图这两种图形最常用的是用 R 语言绘制，但很多人不知道 GraphPad prism 软件同样也可实现。今天，我们就两种图形的 R 语言和 GraphPad prism 画法进行教学！小伙伴们选择适合自己的就行。一、火山图火山图展示的是差异分子的显著性（P

RT-qPCR 实验包括 RNA 提取与质量评估，逆转录和 qPCR 三大步骤，每个步骤都有很多注意事项，下面由小翊给您详细介绍。RNA 质量评估在 RT-qPCR 实验中，RNA 提取完成后，需要对 RNA 的质量进行评估，合格后才可进行后续实验。评估方法有分光光度计，琼脂糖凝胶电泳，Agilent 2100 分析等，其中最常用的有分光光度计和琼脂糖凝胶电泳法检测。我们需要注意的是这两种方法需要搭配使用，才能完成对 RNA 浓度、纯度和完整度的检测分析，以保证 RNA 的质量。分 ...

今天给大家介绍一个 miRNA 相关的数据库 mirDIP（http://ophid.utoronto.ca/mirDIP/）。作为小张的铁粉，在公众号里应该已经看过 N 多的 miRNA 数据库（本文末有 miRNA 数据库整理），那么今天介绍的这个数据库有何特别之处呢？下面就给大家划重点～1、支持多 miRNAs 查询靶基因据本宫所知，其它 miRNA 数据库预测 miRNA 靶基因的时候，只能输入一个 miRNA 的名称进行预测，比如 StarBase，你输入两个基因名称是跑不出来的 ...

关于抑癌基因 P53，相信大家没有不知道这个明星分子的了。最近在课程的微信群里面，就有同学提出来一个问题：他用课程里面介绍的 Oncomine 和 KM plotter 这两个工具有一个重大发现：P53 是癌基因！因为 P53 在大部分的肿瘤里面是高表达的，而且高表达 P53 的病人预后更差。结果是这样的：证据 1. P53 在肿瘤里面高表达 (与对照比较)证据 2：高表达 P53 的肿瘤病人预后更差（总生存期 OS 更短）他的内心 OS 是这样的：下面我们来看一下原因: 这里的 P53 是突变型的 P53，而不是 ...

干细胞研究与治疗的第一篇文章今天发表，标志着干细胞治疗转化研究的主要论坛的启动。干细胞研究已经发展到临床，在治疗帕金森氏症和阿尔茨海默氏症等不治之症以及减轻糖尿病和骨关节炎等慢性疾病方面具有巨大的潜力。这本新杂志由Rocky Tuan教授(匹兹堡大学医学院)和Timothy O 'Brien教授(爱尔兰国立大学高威分校)编辑。“该杂志提供了干细胞治疗转化方面的重要出版物，涵盖临床前研究、临床研究和商业化。通往临床的关键途 ...

基因组生物学的单细胞组学特刊突出了研究单细胞的最新方法，以及从单个细胞水平观察细胞可以获得的许多见解。不久以前，科学家们有必要研究大量的细胞，以便对构成有机体的许多不同的细胞群有深刻的了解。大量组织群体的RNA测序(RNA-seq)导致了组织内细胞亚群的发现，但在单细胞组学分析出现之前，无法辨别这些群体是如何形成的以及它们之间是如何相互作用的细节。同样，观察基因在整个组织中的表达方式也很容易，但要找出所有细胞 ...

生物材料研究最近发表了一篇文章，报告了在一只老鼠身上验证多个基因工程的人性化微环境。免疫缺陷小鼠可以接受人类细胞/组织进行长期研究而不排斥它们。这个动物模型系统打开了一扇门，在一个活系统的背景下研究人类干细胞和癌细胞生物学，提供人类生物学的基础知识，并测试真实人体组织的假设，用于临床翻译。例如，病人来源的癌细胞可以移植到老鼠体内，在临床试验前研究病人的特定药物反应。然而，将人类细胞移植到小鼠受体中可能不足以保 ...

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现在让我们跟着教程，以趋化因子基因家族为背景来获取序列进行多序列比对后绘制系统发育树。趋化因子背景知识趋化因子被分为四个主要的亚家族：CXC，CC，CX3C和XC。所有这些蛋白质都通过与G蛋白质连接的跨膜受体（称为趋化因子受体）相互作用而发挥其生物学作用，该受体在其靶细胞表面被选择性地发现。维基百科关于趋化因子介绍：https://zh.wikipedia.org/wiki/参考文章：Charo IF, Ransohoff RM. ...

Glasgow 昏迷量表（GCS）是一种用于评估患者意识水平的常用工具，目前在临床上广泛使用。近期，BMJ 杂志发表了一篇由英国学者 Rhea 等人撰写的文章，详细描述了 GCS 量表的评估方法。 GCS 量表是由三项评估条目组成，包括：睁眼反应（E），言语反应（V）和非偏瘫侧运动反应（M）。总分最高分为 15 分。GCS 评分与头颅外伤严重程度 GCS 量表最初用于头颅外伤患者的意识水平评估，但现在可用于其他急性神经系统疾病中。GCS 评分与头颅外伤严重程度和预后有较强 ...

信号通路是指能将细胞外的分子信号经细胞膜传入细胞内发挥效应的一系列酶促反应通路。细胞信号通路图是科研研究过程中最常见也是最常用到的，如何绘制适合我们自己科研课题的信号通路图呢？可以试试 pathway builder tool 软件。这款软件简单易学，即便是零基础的同学，也可以做出漂亮的信号通路。作图软件Pathway Builder Tool 2.0优点：操作简单，任何系统下都能使用。缺点：软件反应比较慢，分子结果不够全面，比如没有Ln ...

近年来越来越多的人对生物信息学感兴趣，因为它甚至不需要任何实验就可以发 SCI，仅依靠生物信息的相关筛选和统计分析便可发文～一般纯生信或补充点相关实验大多是发 1 - 5 分文章。纯生信的杂志并不是很多，今天为大家整理了 12 本喜欢收录纯生信文章的 SCI 期刊，有需要的拿来作参考～1、Bioinformatics推荐指数：3 星2、BMC Bioinformatics推荐指数：4 星3、BMC Genomics推荐指数：3 星4、BRIEFINGS IN BIOINFO ...

① Nature：揭示α-酮戊二酸是 p53 介导的肿瘤抑制的效应因子肿瘤抑制基因 TP53（编码蛋白 p53）在大多数人类癌症中以及在 70% 以上的胰腺导管腺癌（PDAC）中发生突变，野生型 p53 也可以调节细胞代谢途径，不过人们对 p53 依赖性的抑制癌症进展的代谢变化仍然知之甚少。在一项新的研究中，来自美国纪念斯隆凯特琳癌症中心等研究机构的研究人员发现 p53 重塑癌细胞代谢，从而促进染色质和基因表达发生有利于维持癌变前细胞命运（premaligna ...

森林图 (forest plots) 是以估计模型 (固定效应模型或是随机效应模型) 结果为基础绘制出的图型。它以一条垂直的直线 (横坐标刻度为 1 或 0) 为中心，用平行于横轴的多条线段描述了每个被纳入研究的效应量和可信区间 (confidence interval，CI), 用一个棱形 (或其它图形) 描述了多个研究合并的效应量及可信区间。我们以 Graphpad Prism 8.0 为例，继续教大家如何绘制回归分析结果的森林图。1. 选择「Column」，我们继续使用 sample data 来 ...

有的人考博，是由于学历，特别是在高校，没有博士学历被人鄙视；有的人考博，是由于钱多，读完出来相信就能赚到更多钱；有的人是为了工作，博士的工作好找，又比较轻松，受人敬重；有的人考博是出于兴趣，对科研的执着和热爱。因此考博无非就两种原因，一是出于热爱，自愿考博，二是出于无奈，被迫考博。而我就是被动考博的一员。即使不是特别热爱，即使考博之路充满了艰辛和挫折，7 个多月的披星戴月，我也还是坚持了下来，拿到了某医科大学脑外科博士录取 ...

由核苷酸 ATCG 及氨基酸组成的序列代表着核酸和蛋白质最基本的一级结构，对它们的编辑分析是实验室必备的技能。除了使用让人头大的编程语言及命令行，今天推荐的两款纯交互图形界面软件 BioEdit + Excel 组合效果也毫不逊色，特别是序列的批量处理方面，而且操作更加简便直观，堪称实验室序列编辑分析出奇制胜的双剑客。本文就组合使用 BioEdit + Excel 批量更改 Fasta 格式文件中的序列名、本地 BLAST、从泛基因组中提取特定基因序列、批量 G ...

移动遗传元件 (Mobile genetic elements, MGEs) 如质粒、噬菌体、基因组岛、转座子和插入序列等是能够在细胞内外移动、携带编码特定功能基因的基因组片段，在生物体基因转移和基因重组方面以及物种进化方面起着不可小觑的推动和调节作用，并且一直是研究的热点。MGE 也是横向基因转移事件的指示物，代表着生物体对不同环境的主要适应性机制。如何准确预测基因组中的 MGE 并进行分析一直是大家关注的问题，今天就为大家介绍一些可以识别 ...

蛋白质参与行使几乎所有的细胞功能。为了行使其特定的功能，蛋白质必须折叠成特定的结构。蛋白质结构研究可帮助对其功能机制的深入理解，也可帮助进行药物筛选及设计优化。蛋白质生物化学功能主要有结合、催化、分子开关以及细胞骨架等。哺乳动物细胞中蛋白质超过一半是酶。蛋白质结构的稳定性是其发挥生物功能必需的，三级结构由非共价和共价两类相互作用稳定，其中非共价相互作用为主。下表是稳定蛋白质结构的化学相互作用。蛋白质结构的柔性 ...

在本篇文章中，将利用 GSEA 官网提供的数据集，介绍如何使用该软件进行分析数据。一、打开软件，在软件左上角 Download Example datasets，或者直接去该网站进行下载。http://www.gsea-msigdb.org/gsea/datasets.jsp在这里，我们将使用 p53 的数据进行分析，将图中红框的三个文件都下载到本地，这三个文件为携带 p53 突变与野生型表达谱、表型文件。在下载数据的时候，首先需要先进行注册，注册只需要 ...