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根据发表在《基因组生物学》上的一项研究，包括人类在内的许多动物，在远古时期都是从共同生活环境的微生物那里获得了必需的“外来”基因。论文作者阿拉斯泰尔克里斯普告诉我们更多。细菌不仅可以复制基因并将其遗传给后代（垂直基因转移（VGT）），还可以通过水平基因转移（HGT）机制将其基因相互传递。这使得有利的基因，如抗生素抗性基因，能够在细菌间迅速传播，因此，它在细菌进化中可能比更常见的VGT发挥更大的作用。知道HGT在细菌中 ...

今天，基因组生物学发表了一项研究，研究雌性大鼠动情周期如何影响基因表达。在这里，我们请这项研究的合著者解释更多，包括对性别差异研究的影响。

尽管孤独症谱系障碍（ASD）的所有亚型都存在睡眠障碍，但其原因仍不清楚。在今天发表在《分子大脑》杂志上的一项研究中，研究人员利用脑电图（EEG）和肌电图（EMG）来检测一种编码神经素的基因突变是否会影响小鼠的睡眠模式和睡眠质量。这是这项研究的作者，Jackie J.Liu告诉我们更多。自闭症谱系障碍（ASD）影响着1%的世界人口，其特点是社会交往障碍、沟通障碍和行为定型观念受到限制。此外，自闭症儿童的睡眠质量经常受损，这会 ...

一个由科学家组成的国际联合会将现有的蠕虫基因组数量增加了一倍多，产生了一个宝贵的基因组数据资源。这些数据被挖掘出来，以获得对蠕虫进化和代谢以及众多潜在药物靶点的迷人见解。寄生蠕虫属于线虫和扁形虫两个蠕虫门之一。线虫种类繁多，几乎随处可见，从深海的冷泉到南极洲的干燥山谷，在地壳深处3公里处都有发现。2003年，哥伦比亚号航天飞机不幸解体后重新进入地球大气层，在残骸中甚至发现了活的线虫。虽然有些线虫是自由生活的， ...

犬基因组的测序以及下一代测序技术，如全外显子组测序，有助于更快、更容易和更有效地识别可能导致犬疾病的基因和突变。在一项发表在《骨骼肌》杂志上的研究中，研究人员利用这些技术研究了波士顿猎犬的一种肢带型肌营养不良症（肩部和臀部肌肉的肌肉萎缩和无力）。这里告诉我们关于这项研究以及这对该品种意味着什么是研究的主要作者梅丽莎L考克斯。狗和人类生活在一起，而且可以得到和我们一样复杂的医疗服务。我们在其他方面也很接近：共享大 ...

数据转换和格式设置默认值可能会导致对科学数据进行不必要的转换。最近发表在BMC基因组学上的一篇文章展示了解决基因组学中数据损坏问题的一种可能的方法。随着科学研究越来越依赖已发布的数据集和在线资源，数据损坏的影响日益受到关注。在基因组学领域尤其如此，研究人员经常使用在线存储库和出版的补充资料进行分析。当通过格式化程序（如Microsoft Excel）中的默认值来更改数据时，可能会出现问题。当基因名转换为日期时， ...

现代非非洲人后裔的基因组中约有2%的DNA来自尼安德特人，最近的研究表明，这种DNA与许多表型有关。今天发表的一项新的研究基因组生物学着眼于渗入的古老DNA，并探索它在多大程度上影响现代人类的表型。图片1将尼安德特人和杰尼索万人的基因组与现代人的基因组进行比较后得出的一个重要见解是，所有现代非非洲人的祖先大约在5.5万年前与古人类相遇并杂交。因此，所有非非洲人的基因组中约有2%的DNA来自尼安德特人，此外，目 ...

传播疟疾的蚊子对人类健康构成严重威胁，目前正在使用或开发许多减少这些疾病媒介的方法，包括释放转基因蚊子。在这里，Ace North博士描述了他最近在BMC生物学方面的论文，展示了如何利用数学模型来规划和预测这些方法的效果，以获得最大的效果。

最近发表在《基因组生物学》（Genome Biology）上的一项研究表明，一个抑癌基因是一种对环境有反应的人类等位基因，并且表明母亲在怀孕早期的营养可能会影响其孩子的DNA甲基化。在这里，我询问了这项研究的共同作者，伦敦卫生与热带医学院的马特·西尔弗和贝勒医学院的诺亚·凯斯勒，更多关于他们的发现。你能简单解释一下什么是个体间的表观遗传变异吗？表观遗传学是研究基因组的稳定变化，这种变化可以影响基因的表达，但不涉及基础 ...

鉴于特别是对临床前研究的关注，科学数据的可靠性和再现性受到越来越多的关注，但现在也得到了更广泛的承认。有些问题很容易识别，如果不一定要解决的话——选择合适的样本量，应用适当的统计数据，识别试剂和其他资源。另一些则可能更微妙，最近对广泛用于探索基因功能的试剂的作用进行了仔细研究后，出现了这样一个例子。事实证明，声称回答同一问题的不同方法可能会给出不同的答案，但原因是无法预测的。下去还是出去？寻找基因作用的由来已久的 ...

​ 最近发表在Genome Biology上的Ginger Tsueng和他的同事讨论了两个用于查询基因和变体注释的高性能web服务。Ginger在这个博客中解释了更多关于软件背后的想法，以及它们是如何推进这个领域的。

当有几十亿个碱基对要搜索时，你如何定位与特定性状相关的基因？这是研究大麦和小麦基因组的研究人员面临的问题。告诉我们更多关于这一点和他最近发表在《基因组生物学》上的文章是小麦遗传学家布兰德·伍尔夫。

在这个问答中，杨辉讨论了他发表在《基因组生物学》上的研究，利用CRISPR/Cas9基因编辑技术删除了整个染色体，这可能对未来的治疗学和我们对肿瘤发生中非整倍体的理解有启示。为什么你一直在研究消除一个完整的性染色体？众所周知，CRISPR/Cas9是一种有效的基因编辑工具，该方法已被广泛应用于通过靶向特异性单导RNA（sgRNAs）来编辑基因或基因组区域。我们最初计划使用CRISPR/Cas9系统来研究Y染色体 ...

众所周知，癌症的复杂性是现代医学无法克服的。每个肿瘤都有许多驱动其生长的畸变。因此，针对单一脆弱性的治疗通常是短期有效的。在2013年被诊断为晚期卵巢癌后，我敢打赌，所需要的是一种能够消化和分析复杂性的算法，以提供一个特定肿瘤中多种因素的详细视图。为了实现这一目标，我开始与专门分析大数据的Greg Ver Steeg合作，将最先进的机器学习应用于最近发布的癌症基因组图谱（TCGA）的大规模数据。TCGA包含公开的33种 ...

一个研究蚊子基因功能的令人兴奋的新模型，并支持FREP1在疟疾传播阻断策略中的作用。疟疾寄生虫几乎只通过被感染的疟蚊叮咬传播给人类。其他蚊子是抗疟疾的；由于先天免疫反应，它们无法维持感染。这些防御机制包括黑色素化（黑色素在细胞表面的沉积）和寄生虫的直接分解。多年来，人们一直在研究蚊子的折射现象，希望它们的免疫系统能够被改造成抗疟疾的。CRISPR/Cas9型随着基因编辑技术的进步，利用蚊子免疫力的潜力最近才得以 ...

尽管技术上有了新的进展，但修改植物基因组仍然是一个挑战。发表在《基因组生物学》杂志上的一项研究，旨在开发更有效的方法，表明它们可以应用于重要的作物物种。我们请合著者汤姆·亚什·乔尔马克来聊聊。你能简要地概述一下你的研究目标吗？自从TALEN和CRISPR/Cas9核酸酶的发现以来，基因组工程领域的研究进展迅速，但对植物基因组进行精确的修饰仍然是一个挑战。到目前为止，只有少数几个小组成功地以一种定制的方式改变了作物 ...

CRISPR-Cas9基因编辑技术为人类疾病和基因异常的治疗和预防开辟了无限可能。新闻中的基因编辑最近有几个关于人类胚胎基因编辑的新闻：好的和坏的。CRISPR-Cas9技术是最新最著名的基因编辑技术之一，它的发展导致了一系列利用人类胚胎进行的实验，这些实验将基因编辑的伦理问题推向了前台。它始于2015年，当时一组中国研究人员使用一种名为CRISPR-Cas9的基因编辑技术编辑人类胚胎的基因，试图“移除”导致 ...

作为一本基因组学杂志，基因组测序是我们的面包和黄油，我们已经在作物中进行了一些大规模的基因组测序研究。林增和同事看了开心果。他们对93个不同开心果品种和49个野生树种（包括一些来自不同开心果品种）的基因组进行了测序。通过比较这些基因组，他们能够将该物种的驯化日期定在大约8000年前，并且发现，也许不奇怪的是，农民选择了种子较大的树木。王金宇和他的同事进行了类似的研究，比较大豆和玉米的驯化。对于每一种作物，作者比 ...

今天，BMC口腔健康推出了一个新的部门，专门致力于数字牙科。栏目编辑弗朗西斯科·曼加诺告诉我们，数字技术将如何给牙科带来革命性的变化。数字革命正在改变世界：计算机和数字设备已经成为我们生活的一部分，牙科也不例外。数字技术在牙科领域正迅速发展。事实上，快速准确的三维模型/图像采集设备，如口腔内扫描仪、台式扫描仪、面部扫描仪和锥形束计算机断层扫描（CBCT），以及强大的数据处理/处理软件，如用于口腔修复、手术的计算机辅助 ...

BMC生物信息学中的序列分析（方法）和序列分析（应用）已经合并成一个新的部分，称为序列分析。到目前为止，BMC生物信息学已经有一个用于方法的序列分析部分和另一个用于应用的序列分析部分。虽然在《华尔街日报》创刊之时，有两个独立章节的最初理由是合理的，但实际上，我们观察到，在这两个章节中发表的论文之间存在着相当大的主题重叠。此外，从评估稿件贡献的角度出发，我们得出结论，方法和应用之间的区别并不是真正必要的。因此，决定将这 ...