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        【心得】自己设计的三个基因的Qpcr的引物,供战友指正`讨论

        丁香园论坛

        2711

        因为是Qpcr引物,为了提高准确性,就缩短了产物长度,大概都在100-150bp左右。供高手讨论,共同提高。
        目的基因一(CDS区):
        gacattgtctaaaagccaagatgacagactgagaggcctgagcccttgttctggcattctcccaggaagatgcagtaaaggggttgacccaatatactgcagagaatttcatccagttccctcctccatcctgatcccatgtgccaggaagatggagccacgcttgctgatgttggggtttctctcattaaccatagtacccagttgtcgggcagaactgtgtctgtatgacccacccgaggtccccaatgccacattcaaagccctctcctacaagaacggcaccatcctaaactgtgaatgcaagagaggtttccgaagactaaaggaattggtctatatgcgttgcttaggaaactcctggagcagcaactgccagtgcaccagcaactcccatgacaaatcgagaaagcaagttacagctcaacttgaacaccagaaagagcaacaaaccacaacagacatgcagaagccaacacagtctatgcaccaagagaaccttacaggtcactgcagggagccacctccttgggaacatgaagattccaagagaatctatcatttcgtggaaggacagagtgttcactacgagtgtattccgggatacaaggctctacagagaggtcctgctattagcatctgcaagatgaagtgtgggaaaacggggtggactcagccccagctcacatgtgtagatgaaagagaacaccaccgatttctggctagtgaggaatctcaaggaagcagaaattcttctcccgagagtgagacttcctgccccataaccaccacagacttcccacaacccacagaaacaactgcaatgacggagacatttgtgctcacaatggagtataaggtagcagtggccagctgcctcttcctgctcatcagcatcctcctcctgagcgggctcacctggcaacacagatggaggaagagcagaagaaccatctag
        设计的引物:

        upper:5`tgtctgtatgacccacc
        lower:5`agtcttcggaaacctc

        目的基因二(CDS区):
        agaccttggcagatgtgacttcagttcacaccacactctgccttgctcacagaggaggggctgcagccctggccctcatcagaacaatgacactcaggctgctgttcttggctctcaacttcttctcagttcaagtaacagaaaacaagattttggtaaagcagtcgcccctgcttgtggtagatagcaacgaggtcagcctcagctgcaggtattcctacaaccttctcgcaaaggaattccgggcatccctgtacaagggcgtgaacagcgacgtggaagtctgtgtcgggaatgggaattttacctatcagccccagtttcgctcgaatgccgagttcaactgcgacggggatttcgacaacgaaacagtgacgttccgtctctggaatctgcacgtcaatcacacagatatttacttctgcaaaattgagttcatgtaccctccgccttacctagacaacgagaggagcaatggaactattattcacataaaagagaaacatctttgtcatactcagtcatctcctaagctgttttgggcactggtcgtggttgctggagtcctgttttgttatggcttgctagtgacagtggctctttgtgttatctggacaaatagtagaaggaacagactccttcaaagtgactacatgaacatgactccccggaggcctgggctcactcgaaagccttaccagccctacgcccctgccagagactttgcagcgtaccgcccctgacagggacccctatccagaagcccgccggctggtacccgtctacctgctcatcatcactgctctggatagga

        设计的引物:
        upper:5`caggctgctgttcttg
        lower:5`gctgacctcgttgctat

        目的基因三(CDS区):
        ttctggagggcttctcttgcctgccccatgtcctgcaaatgcagcaccactaggatttggtgtaccgagccttctcctggcatcgtggcatttccgaggttggaacctaacagcattgacccagagaacatcaccgaaattctcattgcaaaccagaaaaggttagaaatcatcaatgaa1gatgatgtcgaagcttacgtggggctgaaaaaccttacaa4ttgtggattccggcttaaagtttgtggcttacaaggcgtttctgaagaacggcaacctgcggcacatcaatttcactcgaaacaagctgacgagtttgtccaggagacatttccgccaccttgacttgtctgacctgatcctgacgggtaatccgttcacgtgttcctgtgacatcatgtggctcaagactctccaggagacgaaatccagccccgacactcaggatttgtattgcctcaa2tgagagcagcaagaatacccctctggcgaacctgcagattcccaattgtggtctgccgtctgcacgtctggccgctcctaacctcacggtggaggaagggaagtctgtgaccatttcctgcagcgtcgggggtgacccgctccccaccttgtactgggacgttgggaatttggtttccaaacacatgaatgaaacaagccacacacagggctccttaaggataacaaacatttcatcggatgacagtgggaaacaaatctcttgtgtggcagaaaacctcgtcggagaa3gatcaagactctgtgaacctcactgtgcattttgcaccaaccatcacatttctcgaatctccaacctcagaccaccactggtgcatcccattcactgtgagaggcaaccccaagccagcacttcagtggttctacaacggagccatactgaatgaatccaagtacatctgtaccaaaatacacgtcaccaatcacacggagtaccacggctgcctccagctggataaccccactcatatgaataatggagactacaccctaatggccaagaatgaatatgggaaggacgag

        设计的引物:
        upper:5`agagcagcaagaataccc
        lower:5`gacttcccttcctccacc

        以上引物可能存在的共同问题:两条引物的3`都有引发合成的可能,导致假阳性率比较高。

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