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        请教用oligo设计出来的引物的PE值问题

        丁香园论坛

        1695
        PCR
        --------------------------------------------------------------------------------

        Optimal Annealing Temperature: 54.0° (Max: 70.9°)

        --------------------------------------------------------------------
        Position Length Tm [°C] GC [%] P.E.#
        --------------------------------------------------------------------
        Product ----- 261 83.8 44.8 44.8
        Upper Primer 708 21 67.9 47.6 6/410
        Lower Primer 948 21 68.6 42.9 298/403
        --------------------------------------------------------------------

        Product Tm - Upper Primer Tm: 15.9
        Primers Tm difference: 0.7

        ----------------------------------
        Concentration
        ----------------------------------
        Upper Primer 200.0 nM
        Lower Primer 200.0 nM
        Monovalent Cation 50.0 mM
        Free Mg[2+] 0.7 mM
        ----------------------------------

        Total Na[+] Equivalent: 155.8

        --------------------------------------------------------------------------------
        Selected Primers
        --------------------------------------------------------------------------------

        Z23168:708U21 Upper Primer

        5' GGG TCA CAA CTT TAT TGC TGG 3'
        Length: 21-mer
        5' 708
        Tm: 64.6 °C (salt 1000.0 mM; oligo 100.0 pM)
        deltaG (25 °C): -38.8 kcal/mol
        Degeneracy: 1
        P.E.#: 6/410
        1/E: 5.06 nmol/A260
        33.0 μg/A260

        Z23168:948L21 Lower Primer

        5' AGC CAT TTT CAA AGC CTC TGT 3'
        Length: 21-mer
        3' 948
        Tm: 65.7 °C (salt 1000.0 mM; oligo 100.0 pM)
        deltaG (25 °C): -40.0 kcal/mol
        Degeneracy: 1
        P.E.#: 298/403
        1/E: 5.16 nmol/A260
        33.2 μg/A260

        以上是我用oligo得到的引物,引物二聚体,发夹结构等都没有问题,可是总得不到我想要的带。从结果上看Lower Primer 的 P.E.#= 298/403 , PE就是所谓的引发效率,我知道,一般错配的引发效率不高于100都没有太大的问题。我不知道这个结果中的298代表什么,不知道是不是这个值太高了导致了错误的引发。还请有经验的战友指教,PE值一般在什么范围比较好?
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