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主要是指为分析发生中的动物胚胎的明显的形态形成运动，以及了解器官的预定区域，而对胚胎一定部位所进行的活体染色标记方法，这种技术是由 W． Vogt（ 1922— 29）完成的。最广泛使用的方法是将用中性红、尼罗蓝、裨斯麦棕等活体染色用色素染色的琼脂小片，从卵黄膜上接于胚胎表面，将此部位的细胞通过活体染色加以标记。在适宜的条件下染色可一直保持到组织分化。在两栖类，胚胎染色部位的色素不能对其他胚区引起二次染色。此外在胚胎学方面，作为与上述同样目的的标记也有使用炭末、高岭土和放射性元素等。
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