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致病因素有侵袭力、内毒素和肠毒素3种。临床上可引起胃肠炎、肠热症、菌血症或败血症等。其中肠热症属法定传染病。
1.肠热症：即伤寒与副伤寒病。由伤寒与副伤寒沙门菌所引起的慢性发热症状。为法定传染病之一。
2.食物中毒：引起食物中毒的沙门菌以鼠伤寒、肠炎、汤卜逊、猪霍乱、乙型及丙型副伤寒沙门菌为常见。
3.慢性肠炎：沙门菌可引起老人和儿童的慢性肠炎。
4.败血症：多由猪霍乱沙门菌引起。
5.沙门菌的局部感染如颈部、腰部等。
有鼠伤寒沙门菌引起儿童的医院感染报道。
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