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        【请教】引物的TM值太高影响RNA探针的原位杂交吗?

        丁香园论坛

        3920
        刚开始作RT-PCR,让同学帮我设计了三个基因的上下游引物,如下: Primer A (bp233C): 5'-GAATTCACCACACGGCCATTGAAGCA-3'
        Primer B (bp25): 5'-AAGCTTCACATGGACGAGGAGGAGAC-3'

        Primer Balance: -A- -B- Comment
        Length 26 26
        % GC 50 53 3 % difference
        Tm(癈) 78 71 7 C?difference
        Tm (2nd round) 84 80 4 C?difference

        Primer Cautions:
        Stability (kcals) 3.5 3.1
        Runs of bases 2 2
        Repeats (dinuc) 2 2
        Hairpins none none

        Primer Dimers: A:A B:B A:B
        3' end matches 2 1 2
        Any adj homol bases 6 6 6

        Primer A (bp275C): 5'-GAATTCGACGACACAAGCCAGGAGAC-3'
        Primer B (bp31): 5'-AAGCTTGTAGGCGAGACGAAGGTGAT-3'

        Primer Balance: -A- -B- Comment
        Length 26 26
        % GC 53 50 3 % difference
        Tm(癈) 72 70 2 C?difference
        Tm (2nd round) 81 79 2 C?difference

        Primer Cautions:
        Stability (kcals) 3.0 4.2
        Runs of bases 2 2
        Repeats (dinuc) 2 2
        Hairpins none none

        Primer Dimers: A:A B:B A:B
        3' end matches 1 2 2
        Any adj homol bases 6 6 6

        Primer A (bp340C): 5'-GAATTCGAACTACGGCCAGATAGTGC-3'
        Primer B (bp98): 5'-AAGCTTAGCTGCTCATCCTGCTGTTG-3'

        Primer Balance: -A- -B- Comment
        Length 26 26
        % GC 50 50
        Tm(癈) 68 72 4 C?difference
        Tm (2nd round) 78 79 1 C?difference

        Primer Cautions:
        Stability (kcals) 3.9 2.1
        Runs of bases 2 2
        Repeats (dinuc) 1 1
        Hairpins none none

        Primer Dimers: A:A B:B A:B
        3' end matches 2 2 2
        Any adj homol bases 6 6 3
        发现这三对引物的TM值都挺高,尤其第一对引物之间的TM值相差挺大。这会影响RT-PCR结果吗?我后面还要用此PCR扩增参物作RNA探针用于原位杂交,这么高的TM值有影响马?恳切等候各位高手的答案。先谢了。。。
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