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        RNA变性凝胶电泳技术方法

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        RNA电泳包括非变性和变性凝胶电泳 两种,非变性电泳可以分离不同分子量大小的RNA,由于RNA分子具有二级和三级结构,这些结构会影响电泳结果,所以分变性电泳无法确定其分子量,而只有在变性的条件性,RNA分子才能完全伸展开。

        一、实验目的

        学习RNA琼脂 糖凝胶电泳的使用技术。

        二、实验原理

        RNA可以使用非变性或变性凝胶电泳 进行检测。在非变性电泳中,可以分离混合物中不同分子量的RNA分子,凡是无法确定分子量。只有在变性情况下,RNA分子完全伸展,其泳动率才与分子量成正比。

        判断RNA提取物的完整性是进行电泳的主要目的之一。完整的未降解的RNA制品的电泳图谱 应可清晰看到18s rRNA、28s rRNA、5s rRNA的三条带,且28s rRNA的亮度应为18s rRNA的两倍。

        三、材料、试剂及器具

        1、 材料

        RNA提取 物。

        2、 试剂

        (1)0.1%DEPC水:200ml双蒸去离子水加0.2mlDEPC焦炭酸、二乙酯混匀,室温放置过夜,高压灭菌。

        (2)10x电泳缓冲液。

        吗啉代丙烷磺酸(MOPS) 0.4mol/L(pH 7.0)

        NaAc 0.1mol/L

        乙二胺四乙酸(EDTA) 10mmol/L

        (3)50mL变性琼脂糖凝胶(1%)

        (4)10x电泳缓冲液 5 mL

        琼脂糖 0.5 g

        0.1%DEPC水 36.5 mL

        加热溶解,稍冷却,加入8.5 mL 37%甲醛。

        (5)上样缓冲液:50%甘油,1mmmol/LEDTA,0.4% 溴酚兰,0.4%二甲苯蓝。

        (6)甲酰胺(去离子)。

        3、器具

        (1)电泳系统

        (2)紫外透视仪

        四、操作步骤

        1、 将制胶用具用70%乙醇冲洗一遍,晾干备用。

        2、 制胶:

        称取0.5g琼脂糖粉末,加入放有36.5mL的DEPC水的锥形瓶中,加热使琼脂糖完全溶解。稍冷却后加入5mL的10x电泳缓冲液、8.5mL的甲醛。然后在胶槽中灌制凝胶,插好梳子,水平放置待凝固后使用。

        3、 加样:

        在一个洁净的小离心管中混合以下试剂:电泳缓冲液(10x)2μl、甲醛3.5mL、甲酰胺10mL、RNA样品3.5μl。混匀,置60℃保温10min,冰上速冷。加入3μl的上样缓冲液混匀,取适量加样于凝胶点样孔内。同时点RNA标准样品。

        4、 电泳:

        打开电泳仪,稳压7.5V/cm电泳。

        5、 电泳结束后通过紫外透视仪观察。

        五、注意事项

        RNA实验过程中RNA污染是最常见的。RNA很容易被RNA酶分解,在实验过程中需要防止RNase的污染,因此实验过程中涉及的所有实验仪器均要经过杀菌、消毒,各种试验试剂也需要用DEPC水来配置。

         

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