研究蛋白质特性的生物信息学方法

研究蛋白质特性的生物信息学方法

 

    作为一个蛋白质 组学研究的服务网站，在http：//www.expasy.org上搜集了相当多的数据库及生物信息学分析软件，研究者通过该网站的分析工具可以对感兴趣的蛋白质进行多方面的分析。如在蛋白质组学及序列的分析工具中，可以利用跨膜结构分析的软件TMHMM 2.0(http：//WWW.cbs.dtu.dk/services/TMHMM―2.0/)对于蛋白质是否具有跨膜区域进行预测。此软件是利用隐马可夫(Markov)算法，通过已知同源的跨膜序列结构特征所建立的分析软件。

 

    在研究蛋白质的功能及与其他蛋白质相互作用时，蛋白质在细胞中的定位将提供重要的信息。在分析蛋白质的亚细胞定位时，可以利用PSORT软件(http：//www.psort.org/)和TargetP(http：/www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/)，这些软件都是依据已知亚细胞定位的蛋白质的序列组成特征来预测未知蛋白质在细胞中的位置。

 

    有关人的基因组信息，还可以利用网站http：//WWW.gdb.org来查询各种相关的资料。与人类基因组和疾病相关的数据库，除了OMIM外，还有Human ProteinReferenceDatabase(http：//www.hprd.org/)。HPRD数据库是生物医学领域专业人员通过搜集PubMed，再人工阅读每篇文献，将其中的数据提取出来而建立的知识性数据库，只要将所研究的人类蛋白质放人这个数据库中进行查询，数据库就会显示出与此蛋白质相互作用的其他蛋白质及相关的实验信息。

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