｛新手学习｝设计引物
丁香园论坛
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以前受到很多朋友的帮助，尤其是各位老版主老前辈还有各位不知名（指的是园子里无名）的高手，看到众位版主尤其是新版主PCRfan在大洋彼岸也如此热情，真是很感动。但今天又看到还是有很多朋友在愁引物设计问题，特发此贴，非原创，转自37度，稍加修改，请笑纳。
注：本人非分生pro，如有错误，请勿诉讼我，可以回贴指正。
PCR 引物数据库
PCR 引物数据库是一个新的数据库，它可以提供各种有关引物的测试，进行最佳引物 设计。
你可以浏览以下几部分:
_~Kfont~M~Kstrong~MAndreas_Becker_引物设计页 (Primer Design Page).
[iframe]http://www.chemie.uni-marburg.de/~becker/welcome.html[/iframe]
_~Kstrong~M~Kfont~MHugh_Griffin_的PCR Jump Station
[iframe]http://highveld.com/f/fpcr.html[/iframe]
_~Kstrong~M~Kfont~MHGMP~E_Hinxton~E_UK~K~Hfont~M~K~Hstrong~M_的引物设计菜单(Primer Design Menu at the HGMP, Hinxton, UK )
[iframe]http://www.hgmp.mrc.ac.uk/Public/primer-design.html[/iframe]
~Kfont~M~Kstrong~M_Weizmann_Inst.~K~Hstrong~M~K~Hfont~M的PCR指南(PCR BioGuide at the Weizmann Inst., Israel)
[iframe]http://bioinformatics.weizmann.ac.il/mb/bioguide/pcr/software.html[/iframe]
如果已知目的基因序列，有时在数据库中进行同源性比较是很必要的。可以根据其保 守区和可变区进行不同目的的引物设计。
选用合适的程序.MIT 的引物设计(MIT primer design program) 程序比较好，
如果使 用DOS 操作系统（我想现在用dos的应该不多吧，呵呵），则可采用J. Napiwotzki and Andreas Becker 的引物设计程序( PrimerDesign ).
建议首选Primer Design Menu，在其内容中含有：
The PCR Jump Station 是一个全面的Web网页，提供有关PCR的相关资料及网址。
Primer3 用于进行PCR反应的引物设计，设计时要考虑解链温度、试剂浓度、引物折 叠等因素。
Web Primer 设计PCR引物有许多影响因素，包括 GC / AT比值、引物长度、解链温 度、引物间的互补程度、引物位置等。可以设计用于测序的引物，选定待测区域及长 度、引物长度及GC含量、允许的引物间互补的最大范围等。
xprimer 是一个选择PCR引物的工具。它可以在许多引物中选出一套合适的Tm值范围 很窄的引物。
Williamstone Enterprises Primer Design 提供网上DNA寡核苷酸的免费设计，并 可以提供许多相关的寡核苷酸生产厂家。
可以选择其中一项进行引物设计。
突变引物设计
用于定点突变引物的自动设计，该程序首先分析原始核苷酸序列，结合突变后的 氨基酸序列，自动设计出引物，可使该引物带上特定的限制性酶切位点，也可将已有 的酶切位点突变掉，从而使得突变物的筛选变得很容易。
请输入包括待突变碱基两侧各7个碱基的待突变序列，以便利用限制酶位点。输 入序列时氨基酸用单字母代表，代表终止码。输入大小写字母均可，除字母外，其 余符号将被自动删除(如空格、逗号等)，该程序按照通用遗传密码表将核苷酸序列自 动翻译成蛋白质。
该程序大约需要几分钟来进行设计，并给出一个大约几百kb的结果，可采用如下 方法减少其输出：
①输入的序列为15bp或少于15bp(5个氨基酸或更少)
②尽可能控制突变碱基数目，使其保持在最少范围
③不要选用识别序列短于5bp的酶切位点
请进入和我一起进行突变引物设计吧。
注：本人非分生pro，如有错误，请勿诉讼我，可以回贴指正。
PCR 引物数据库
PCR 引物数据库是一个新的数据库，它可以提供各种有关引物的测试，进行最佳引物 设计。
你可以浏览以下几部分:
_~Kfont~M~Kstrong~MAndreas_Becker_引物设计页 (Primer Design Page).
[iframe]http://www.chemie.uni-marburg.de/~becker/welcome.html[/iframe]
_~Kstrong~M~Kfont~MHugh_Griffin_的PCR Jump Station
[iframe]http://highveld.com/f/fpcr.html[/iframe]
_~Kstrong~M~Kfont~MHGMP~E_Hinxton~E_UK~K~Hfont~M~K~Hstrong~M_的引物设计菜单(Primer Design Menu at the HGMP, Hinxton, UK )
[iframe]http://www.hgmp.mrc.ac.uk/Public/primer-design.html[/iframe]
~Kfont~M~Kstrong~M_Weizmann_Inst.~K~Hstrong~M~K~Hfont~M的PCR指南(PCR BioGuide at the Weizmann Inst., Israel)
[iframe]http://bioinformatics.weizmann.ac.il/mb/bioguide/pcr/software.html[/iframe]
如果已知目的基因序列，有时在数据库中进行同源性比较是很必要的。可以根据其保 守区和可变区进行不同目的的引物设计。
选用合适的程序.MIT 的引物设计(MIT primer design program) 程序比较好，
如果使 用DOS 操作系统（我想现在用dos的应该不多吧，呵呵），则可采用J. Napiwotzki and Andreas Becker 的引物设计程序( PrimerDesign ).
建议首选Primer Design Menu，在其内容中含有：
The PCR Jump Station 是一个全面的Web网页，提供有关PCR的相关资料及网址。
Primer3 用于进行PCR反应的引物设计，设计时要考虑解链温度、试剂浓度、引物折 叠等因素。
Web Primer 设计PCR引物有许多影响因素，包括 GC / AT比值、引物长度、解链温 度、引物间的互补程度、引物位置等。可以设计用于测序的引物，选定待测区域及长 度、引物长度及GC含量、允许的引物间互补的最大范围等。
xprimer 是一个选择PCR引物的工具。它可以在许多引物中选出一套合适的Tm值范围 很窄的引物。
Williamstone Enterprises Primer Design 提供网上DNA寡核苷酸的免费设计，并 可以提供许多相关的寡核苷酸生产厂家。
可以选择其中一项进行引物设计。
突变引物设计
用于定点突变引物的自动设计，该程序首先分析原始核苷酸序列，结合突变后的 氨基酸序列，自动设计出引物，可使该引物带上特定的限制性酶切位点，也可将已有 的酶切位点突变掉，从而使得突变物的筛选变得很容易。
请输入包括待突变碱基两侧各7个碱基的待突变序列，以便利用限制酶位点。输 入序列时氨基酸用单字母代表，代表终止码。输入大小写字母均可，除字母外，其 余符号将被自动删除(如空格、逗号等)，该程序按照通用遗传密码表将核苷酸序列自 动翻译成蛋白质。
该程序大约需要几分钟来进行设计，并给出一个大约几百kb的结果，可采用如下 方法减少其输出：
①输入的序列为15bp或少于15bp(5个氨基酸或更少)
②尽可能控制突变碱基数目，使其保持在最少范围
③不要选用识别序列短于5bp的酶切位点
请进入和我一起进行突变引物设计吧。
