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        [合集]请教:如何进行blast比对?[转载]

        丁香园论坛

        1075
        [合集]请教:如何进行blast比对?[转载]

        发信人: palomino (~快马加鞭~), 信区: Bioinformatics
        标 题: [合集]请教:如何进行blast比对?
        发信站: 北大未名站 (2003年06月12日02:43:32 星期四), 转信

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        作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
        标题 请教:如何进行blast比对?
        时间 北大未名站 (2003年06月07日03:12:19 星期六), 转信
        ───────────────────────────────────────

        呵呵,我的问题是:
        你拿到一个人的蛋白序列,然后你下载的数据库是nr,怎么能在nr里
        用blastp只比较人的蛋白序列,而不比较其他的?
        是不是toxonomy里面下什么GI的表?然后怎么用啊?我都看了一晚上
        还是不懂,ft to death.

        ───────────────────────────────────────
        作者 phoenix (不死鸟~~复活), 信区: Bioinformatics
        标题 Re: 请教:如何进行blast比对?
        时间 北大未名站 (2003年06月07日10:49:47 星期六), 转信
        ───────────────────────────────────────

        我所能够想到的是: 把nr里面所有的来自人的序列抽出来,单独
        作一个字库,然后formatdb,然后blastp。。。
        另外,或者网站有已经配好的功能?

        ───────────────────────────────────────
        作者 phoenix (不死鸟~~复活), 信区: Bioinformatics
        标题 Re: 请教:如何进行blast比对?
        时间 北大未名站 (2003年06月07日10:50:52 星期六), 转信
        ───────────────────────────────────────

        http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/seq/page.cgi?F=HsBlast.html&&ORG=Hs

        http://blast.cbi.pku.edu.cn/blast_human.html

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        作者 Feynman (将错就错), 信区: Bioinformatics
        标题 Re: 请教:如何进行blast比对?
        时间 北大未名站 (2003年06月07日12:30:04 星期六), 转信
        ───────────────────────────────────────

        不是有现成的Human的nr库嘛

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        作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
        标题 Re: 请教:如何进行blast比对?
        时间 北大未名站 (2003年06月08日01:45:57 星期天), 转信
        ───────────────────────────────────────

        谁说的?那里有?nr库有,不过又不是只是人的,而是一坨很多种的
        蛋白序列的。。。
        不是有现成的Human的nr库嘛

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        作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
        标题 Re: 请教:如何进行blast比对?
        时间 北大未名站 (2003年06月08日01:59:48 星期天), 转信
        ───────────────────────────────────────

        有问题,第一个是human的genome,这个我有的。第二个是cbi的,
        嗯,我在找呢,不过不知道有没有人的ests库
        http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/seq/page.cgi?F=HsBlast.html&&ORG=Hs

        http://blast.cbi.pku.edu.cn/blast_human.html

        ───────────────────────────────────────
        作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
        标题 Re: 请教:如何进行blast比对?
        时间 北大未名站 (2003年06月08日02:03:05 星期天), 转信
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        网站上的确有这样的,比如说swissprot,你就可以选在什么种里去
        比对,不过这样太慢,又不是自动。怎样在本地机子上实现呢?

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        作者 Feynman (将错就错), 信区: Bioinformatics
        标题 Re: 请教:如何进行blast比对?
        时间 北大未名站 (2003年06月08日14:06:32 星期天), 转信
        ───────────────────────────────────────

        EMBL就有!

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        作者 phoenix (不死鸟~~复活), 信区: Bioinformatics
        标题 Re: 请教:如何进行blast比对?
        时间 北大未名站 (2003年06月08日14:10:09 星期天), 转信
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        啊?不会吧?请给予明示……

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        作者 Feynman (将错就错), 信区: Bioinformatics
        标题 Re: 请教:如何进行blast比对?
        时间 北大未名站 (2003年06月08日14:26:39 星期天), 转信
        ───────────────────────────────────────

        呵呵,等等啊,容我从收藏夹里慢慢找,呵呵

        太乱了,好几百个链接,有机会一定要好好整理

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        作者 Feynman (将错就错), 信区: Bioinformatics
        标题 Re: 请教:如何进行blast比对?
        时间 北大未名站 (2003年06月09日23:30:37 星期一), 转信
        ───────────────────────────────────────

        不好意思,我可能是弄错了。
        我手头的是nr的human proteome,是从EBI下载的。
        脸红ing。。。
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