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        【交流】siRNA的效率

        丁香园论坛

        4816
        在设计siRNA时,人们总是关心如何地提高siRNA的效率,实际上我认为研究为什么siRNA没有效率也是一个很有意义的问题,它可以从反面给人们以启发。

        在思考这个问题的同时,我查到一篇文献,说是单链RNA也是可以激发RNAi途径的,这对我很新鲜,因为一直把dsRNA引发RNAi当作经典范式。文章认为,单链RNA和双链RNA都是只有一条链同RISC (rna induced silencing complex)相结合,所以其机理都是一样的,Similar behaviour of single-strand and double-strand siRNAs suggests they act through a common RNAi pathway.免费看全文:
        http://nar.oupjournals.org/cgi/reprint/31/9/2401

        Yunhe Xu等对这个问题进行了深入的研究,原则上同意上面的说法,但是发现,单链的siRNA没有双链的siRNA效力高。该文认为,siRNA的结构特点可能比siRNA能否在胞内持续存在更重要。[Xu Y,et al. Functional comparison of single- and double-stranded siRNAs in mammalian cells. Biochem Biophys Res Commun. 2004 Apr 9;316(3):680-7.]

        除了结构,序列对于siRNA的效率也很重要Pancoska P, et al. Efficient RNA interference depends on global context of the target sequence: quantitative analysis of silencing efficiency using Eulerian graph representation of siRNA. Nucleic Acids Res. 2004 Mar 01;32(4):1469-79.

        当然,有些人也认为,处于mRNA的不同位置,其siRNA效率不同,不是siRNA本身的原因
        Hsieh A C, Bo R, Manola J, Vazquez F, Bare O, Khvorova A, Scaringe S and Sellers W R 2004 A library of siRNA duplexes targeting phosphoinositide 3-kinase pathway: determinants of gene silencing for use in cell-based screens; Nucleic Acids Res. 32 893–901

        还有人用化学修饰法研究siRNA的效率。Braasch DA, Jensen S, Liu Y, Kaur K, Arar K, White MA, Corey DR. RNA interference in mammalian cells by chemically-modified RNA. Biochemistry. 2003 Jul 8;42(26):7967-75. Related Articles

        以上的研究方法的共同点都是关注什么样的siRNA有效或高效,很少关注导致siRNA失效的因素。其实,关注siRNA失效的因素不是同样很重要吗?各位意下如何?

        举个有关使siRNA效率变低的例子:
        按照Reynolds的规则编的算法:
        如果在位13为G则扣一分,其他的不扣。与此类似,在19位为G或C扣除一分。
        Reynolds A, Leake D, Boese Q, Saringe S, Marshal W S and Khvorova A 2004 Rational siRNA design for RNA interference; Nature Biotechnol. 22 326–330

        <center> <font><strong>共同讨论</strong></font></center>
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