【求助】请教关于xbaI酶切位点甲基化的问题（看了这么多帖子，都好象没分析到位啊）
丁香园论坛
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在xbaI酶切位点上：T^CTAGA碱基对应的是AGATC^T，因为质粒是双链，所以在质粒的xbaI酶切位点上中间肯定有GATC，所以说：我觉得理论上只要是dam+细菌提出来的质粒，xbaI酶切位点都受甲基化影响而切不开.但是我见过别人也是用dam+菌扩增过质粒，用xbaI也可以切开它的酶切位点~~~所以我就迷糊了，请各位大侠们多多指点，小弟在此感激不尽了~~~
顶，有没有人知道啊，急啊，谢谢大家了啊，谢谢
可能把dam（斜体）的标记当作是dam-containing了
bigbang_0_0 wrote:
Xba1对哺乳动物的CpG甲基化敏感，对大肠杆菌的dam,dcm甲基化不敏感，详见产品说明书
谢谢这位好心人的回复，但是这个不是xbaI的特点吧~~~~继续顶，求助
我的意思是不是没说清楚啊，呵呵，不好意思啊
我的意思是在xbaI酶切位点上，双链中的其中一条链肯定是 AGATC^T ，这个酶切位点中间本身就有dam甲基化的识别序列，所以只要是dam+细菌提出来的质粒，xbaI酶切位点都受甲基化影响而切不开，但实际并非如此，请大家指教啊！！！！！
我的意思是在xbaI酶切位点上，双链中的其中一条链肯定是 AGATC^T ，这个酶切位点中间本身就有dam甲基化的识别序列，所以只要是dam+细菌提出来的质粒，xbaI酶切位点都受甲基化影响而切不开，但实际并非如此，请大家指教啊！！！！！
就一点，是从5到3读链的，认为的酶切位点甲基化，是因为你的读的是互补链，；你的方向反了，所以当然是可以切开的
很抱歉鄙人先前没读懂你的问题，请见谅！
楼上哥们儿正解，我再补充一下：
1、切开切不开与flanking seq有关，如果质粒上该酶切位点左边不是GA且右边不是TC，那么Xba1还是可以将其切割的；
2、你确定那个人切的是质粒而不是已经被包装好的噬菌粒吗？大约有50%的噬菌体DNA合成后，来不及被dam甲基化就已经被包装到衣壳中了；
3、那个人用的Xba1内切酶被别的酶污染了；
不知道还有其它哪些种可能性，反正知道的我都show了，望楼主满意！
楼上哥们儿正解，我再补充一下：
1、切开切不开与flanking seq有关，如果质粒上该酶切位点左边不是GA且右边不是TC，那么Xba1还是可以将其切割的；
2、你确定那个人切的是质粒而不是已经被包装好的噬菌粒吗？大约有50%的噬菌体DNA合成后，来不及被dam甲基化就已经被包装到衣壳中了；
3、那个人用的Xba1内切酶被别的酶污染了；
不知道还有其它哪些种可能性，反正知道的我都show了，望楼主满意！
bigbang_0_0 wrote:
很抱歉鄙人先前没读懂你的问题，请见谅！
楼上哥们儿正解，我再补充一下：
1、切开切不开与flanking seq有关，如果质粒上该酶切位点左边不是GA且右边不是TC，那么Xba1还是可以将其切割的；
2、你确定那个人切的是质粒而不是已经被包装好的噬菌粒吗？大约有50%的噬菌体DNA合成后，来不及被dam甲基化就已经被包装到衣壳中了；
3、那个人用的Xba1内切酶被别的酶污染了；
不知道还有其它哪些种可能性，反正知道的我都show了，望楼主满意！
谢谢bigbang_0_0给我的回答，我现在明白了，我犯了个低级错误，这个阅读的方向性被我忽略了。自我检讨一下，呵呵，再次表示对您的回答的感谢~~~~
我今天用了takara的
E.coli Competent Cells HST04 dam-/dcm-
感受态细菌，但是酶切还是没有成功，我不知道为什么了，请大家支招，在下谢过了先
E.coli Competent Cells HST04 dam-/dcm-
感受态细菌，但是酶切还是没有成功，我不知道为什么了，请大家支招，在下谢过了先
顶顶顶
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