【求助】真核生物修饰或调节基因与目标基因的位置关系如何？
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真核生物修饰或调节基因与目标基因的位置关系如何？
最近在真核生物线虫中发现一个类毒素基因簇，并应有反向PCR获得了这个基因簇的旁侧序列，在其旁侧序列中存在大量调控基因（如RNA结合蛋白基因、DNA结合蛋白基因等）和修饰基因（如甲基化基因，转运基因等）。
这些调控和修饰基因在多种原核生物（如蓝细菌、放线菌等）的毒素或抗生素基因簇中被发现和报道，报道认为这些基因是基因簇的一部分，对该毒素或抗生素的合成起到调控或修饰作用。
问题是我在写文章时能以此为论据，推测我在真核生物线虫中发现的类毒素基因簇旁侧的调控和修饰基因很可能参与该类毒素的基因的表达调控或修饰吗？
原核生物基调控和修饰基因与目标基因在染色体上位置关系如何？真核生物基调控和修饰基因与目标基因在染色体上位置关系如何？
真核生物调控和修饰基因与目标基因在染色体上位置是随机的还是紧密排列的？
用原核该类例子来推测真核生物可以吗？是不是犯了致命的错误？
请高手指点？先谢谢了！！！
最近在真核生物线虫中发现一个类毒素基因簇，并应有反向PCR获得了这个基因簇的旁侧序列，在其旁侧序列中存在大量调控基因（如RNA结合蛋白基因、DNA结合蛋白基因等）和修饰基因（如甲基化基因，转运基因等）。
这些调控和修饰基因在多种原核生物（如蓝细菌、放线菌等）的毒素或抗生素基因簇中被发现和报道，报道认为这些基因是基因簇的一部分，对该毒素或抗生素的合成起到调控或修饰作用。
问题是我在写文章时能以此为论据，推测我在真核生物线虫中发现的类毒素基因簇旁侧的调控和修饰基因很可能参与该类毒素的基因的表达调控或修饰吗？
原核生物基调控和修饰基因与目标基因在染色体上位置关系如何？真核生物基调控和修饰基因与目标基因在染色体上位置关系如何？
真核生物调控和修饰基因与目标基因在染色体上位置是随机的还是紧密排列的？
用原核该类例子来推测真核生物可以吗？是不是犯了致命的错误？
请高手指点？先谢谢了！！！
能不能用原核生物的例子来推断真核生物，是取决于在原核生物和真核生物里某一个特例的调控模式在进化——包括调控手段和方式的进化——上的保守性，这是我个人的观点。因此你不能说这样做是错还是对，更谈不上什么致命的错误。而是要看你的具体情况而定。
关于你谈到的能不能在文章里把已经报到的例子作为你文章的推断，这是个需要慎重的问题。即使你要作为论据，也绝对不是主要的论述部分，因为实验证据要直接反映你的论点才行，而你要推测自己在线虫中发现的这些基因是不是调控目的基因，需要你至少有一些证据或者实验现象。比如别人的文章说旁侧geneR调控GeneA，而你在你自己的目的基因A‘旁侧进行序列比对，发现确实有一个putative的GeneR 的homolog，只不过以前没有人报道他有次调控作用。在这种情况下，我觉得你可以进行推测提出一些假说。否则我认为你需要三思。
真核生物的基因组复杂度之一便反映在基因调控的复杂度上，因此我想现在没有人能够说明调控基因和修饰基因与目的基因在染色体上的位置关系如何。我想原核也很难说明白。分子生物学发展到今天，你可以看到天天大家都在报道生物学现象的个例，上个世纪试图找到一个放之四海而皆准的法则来概括生命活动规律的观点我个人认为是行不通的，在我看来我们里认识生命现象的基本规律还为时尚早。另一个方面来说，基因组数据越来越多的被发掘，大家可以看到“物理距离”（我说的不是遗传学上的那种衡量方法，只是说那种距离上的规定关系）不能说明有没有调控事件发生。比如增强子的发现，转座子的发现，他们的调控目标不见得就在他“眼前”。这个物理距离知道了也没有用——这个同样不是个正确的观点如果你要放到所有的调控事件上来讲，我只是说增强子等等这类的例子。
你可以举出一大堆例子，来证明调控基因和目的基因是紧密排列的，同样，也有一大堆反例等着你，呵呵。
我能明白你的意思，你是想站在相对广泛一点的角度来看这个基因表达调控的问题，试图得到一个普遍规律。但是正如我刚才说的，我们现在的认知不足以归纳出这样的规律来。因此我给你的建议是，缩小范围。有点像比较基因组学的味道， 你就盯着你的具体研究对象来看，或者选择与你的研究材料最相近的模式生物来看，在这个独特的生物体内，基因表达调控的模式有没有规律，或者在某一类生物里，某个具体的基因家族他们的表达调控模式有没有相似之处。比如，成簇出现，调控与表到紧密连锁，存在非编码RNA调控时间等等。当然这样做不一定是有效的，但是多少你总能发现一点内在的联系来，就算什么联系也没有，这部也是一个结论，你的研究对象在某一个具体的问题上的确与众不同啊！
祝你好运！
关于你谈到的能不能在文章里把已经报到的例子作为你文章的推断，这是个需要慎重的问题。即使你要作为论据，也绝对不是主要的论述部分，因为实验证据要直接反映你的论点才行，而你要推测自己在线虫中发现的这些基因是不是调控目的基因，需要你至少有一些证据或者实验现象。比如别人的文章说旁侧geneR调控GeneA，而你在你自己的目的基因A‘旁侧进行序列比对，发现确实有一个putative的GeneR 的homolog，只不过以前没有人报道他有次调控作用。在这种情况下，我觉得你可以进行推测提出一些假说。否则我认为你需要三思。
真核生物的基因组复杂度之一便反映在基因调控的复杂度上，因此我想现在没有人能够说明调控基因和修饰基因与目的基因在染色体上的位置关系如何。我想原核也很难说明白。分子生物学发展到今天，你可以看到天天大家都在报道生物学现象的个例，上个世纪试图找到一个放之四海而皆准的法则来概括生命活动规律的观点我个人认为是行不通的，在我看来我们里认识生命现象的基本规律还为时尚早。另一个方面来说，基因组数据越来越多的被发掘，大家可以看到“物理距离”（我说的不是遗传学上的那种衡量方法，只是说那种距离上的规定关系）不能说明有没有调控事件发生。比如增强子的发现，转座子的发现，他们的调控目标不见得就在他“眼前”。这个物理距离知道了也没有用——这个同样不是个正确的观点如果你要放到所有的调控事件上来讲，我只是说增强子等等这类的例子。
你可以举出一大堆例子，来证明调控基因和目的基因是紧密排列的，同样，也有一大堆反例等着你，呵呵。
我能明白你的意思，你是想站在相对广泛一点的角度来看这个基因表达调控的问题，试图得到一个普遍规律。但是正如我刚才说的，我们现在的认知不足以归纳出这样的规律来。因此我给你的建议是，缩小范围。有点像比较基因组学的味道， 你就盯着你的具体研究对象来看，或者选择与你的研究材料最相近的模式生物来看，在这个独特的生物体内，基因表达调控的模式有没有规律，或者在某一类生物里，某个具体的基因家族他们的表达调控模式有没有相似之处。比如，成簇出现，调控与表到紧密连锁，存在非编码RNA调控时间等等。当然这样做不一定是有效的，但是多少你总能发现一点内在的联系来，就算什么联系也没有，这部也是一个结论，你的研究对象在某一个具体的问题上的确与众不同啊！
祝你好运！
westernblotx wrote:
能不能用原核生物的例子来推断真核生物，是取决于在原核生物和真核生物里某一个特例的调控模式在进化——包括调控手段和方式的进化——上的保守性，这是我个人的观点。因此你不能说这样做是错还是对，更谈不上什么致命的错误。而是要看你的具体情况而定。
关于你谈到的能不能在文章里把已经报到的例子作为你文章的推断，这是个需要慎重的问题。即使你要作为论据，也绝对不是主要的论述部分，因为实验证据要直接反映你的论点才行，而你要推测自己在线虫中发现的这些基因是不是调控目的基因，需要你至少有一些证据或者实验现象。比如别人的文章说旁侧geneR调控GeneA，而你在你自己的目的基因A‘旁侧进行序列比对，发现确实有一个putative的GeneR 的homolog，只不过以前没有人报道他有次调控作用。在这种情况下，我觉得你可以进行推测提出一些假说。否则我认为你需要三思。
真核生物的基因组复杂度之一便反映在基因调控的复杂度上，因此我想现在没有人能够说明调控基因和修饰基因与目的基因在染色体上的位置关系如何。我想原核也很难说明白。分子生物学发展到今天，你可以看到天天大家都在报道生物学现象的个例，上个世纪试图找到一个放之四海而皆准的法则来概括生命活动规律的观点我个人认为是行不通的，在我看来我们里认识生命现象的基本规律还为时尚早。另一个方面来说，基因组数据越来越多的被发掘，大家可以看到“物理距离”（我说的不是遗传学上的那种衡量方法，只是说那种距离上的规定关系）不能说明有没有调控事件发生。比如增强子的发现，转座子的发现，他们的调控目标不见得就在他“眼前”。这个物理距离知道了也没有用——这个同样不是个正确的观点如果你要放到所有的调控事件上来讲，我只是说增强子等等这类的例子。
你可以举出一大堆例子，来证明调控基因和目的基因是紧密排列的，同样，也有一大堆反例等着你，呵呵。
我能明白你的意思，你是想站在相对广泛一点的角度来看这个基因表达调控的问题，试图得到一个普遍规律。但是正如我刚才说的，我们现在的认知不足以归纳出这样的规律来。因此我给你的建议是，缩小范围。有点像比较基因组学的味道， 你就盯着你的具体研究对象来看，或者选择与你的研究材料最相近的模式生物来看，在这个独特的生物体内，基因表达调控的模式有没有规律，或者在某一类生物里，某个具体的基因家族他们的表达调控模式有没有相似之处。比如，成簇出现，调控与表到紧密连锁，存在非编码RNA调控时间等等。当然这样做不一定是有效的，但是多少你总能发现一点内在的联系来，就算什么联系也没有，这部也是一个结论，你的研究对象在某一个具体的问题上的确与众不同啊！
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谢谢！我只是在讨论里进行推测。
此外想问，原核生物的基因簇与操纵子是一回事吗？二者关系如何？
真核生物中的基因簇有没有调控蛋白或修饰蛋白基因与几个相近结构基因紧密相连（当然中间有基因间隔区）的实例？
挥汗如雨 wrote:
谢谢！我只是在讨论里进行推测。
此外想问，原核生物的基因簇与操纵子是一回事吗？二者关系如何？
真核生物中的基因簇有没有调控蛋白或修饰蛋白基因与几个相近结构基因紧密相连（当然中间有基因间隔区）的实例？
不一样.gene cluster is“a set of two or more genes that serve to encode for the same or similar products”（from definition in Wikipedia）,你可以看出来只是编码功能相似的genes聚集在一起了或者接近。而operon你可以看到，他是一个调控单元，比如lactose operon，有调控的基因R，有负责编码代谢途径中主效酶的基因等等，每类基因的功能是不一样或者不相似的。这是二者最主要的区别。我不太清楚原核生物中是否会用到gene cluster这个概念。
根据以上概念，你说的“真核生物中的基因簇有没有调控蛋白或修饰蛋白基因与几个相近结构基因紧密相连”应该是不准确的。真核生物中的基因簇很多，最著名的就是human beta-globin gene cluster,但是你问的意思应该是有没有类似于操纵子这样的实例。见识浅薄我的“brain data”里没有。。。搜了搜，有人认为真核中没有这样类似于操纵子的调控单元。但是我想，这种说法过于绝对，因为我想买这些观点没有将某些著名的细胞器考虑进来，而往往考虑的是gDNA吧。但是从另一个角度来看，鉴于真核的基因组那么大而且细胞器高度分化，绝大多数部分基因组是不编码蛋白的，很有可能是用来其调控作用的，因此暗示了很有可能真核基因组中这些部分就起了相当的调控作用，用不着像原核那样需要紧凑的来表达并调控某一事件的发生。
一家之言，敬请校正
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