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        【求助】急,关于信号通路的实验方案问题。

        丁香园论坛

        2345
        我先简单汇报一下实验内容:我想研究某一刺激因素上调粘蛋白的信号通路,准确的说就是找到哪一条即可,不需要深入研究。

        我的思路如下:
        1,加入刺激因素后,让rt-pcr和wb证明粘蛋白表达增加。
        2,文献检索得知,粘蛋白主要有3条通路
        3,加入刺激因素后,分别检测3条通路中标志蛋白是否升高,升高的即可能 为通路;然后在这条可能的通路中加阻断剂,看是否阻断;这样即可找到通路。
        4,或者,第三条不要,直接到4,加入刺激因素后,直接加阻断剂,看哪条阻断,哪条即可能是通路。

        我的实验设计对吗?紧急求助
        再问,没人知道吗
        sunyong_97 wrote:
        我先简单汇报一下实验内容:我想研究某一刺激因素上调粘蛋白的信号通路,准确的说就是找到哪一条即可,不需要深入研究。

        我的思路如下:
        1,加入刺激因素后,让rt-pcr和wb证明粘蛋白表达增加。
        2,文献检索得知,粘蛋白主要有3条通路
        3,加入刺激因素后,分别检测3条通路中标志蛋白是否升高,升高的即可能 为通路;然后在这条可能的通路中加阻断剂,看是否阻断;这样即可找到通路。
        4,或者,第三条不要,直接到4,加入刺激因素后,直接加阻断剂,看哪条阻断,哪条即可能是通路。

        我的实验设计对吗?紧急求助


        如果我设计的话,
        1做完后,直接到4,然后如果4出来了,再回头到3

        只是顺序问题,论文中还是要包含3中提到的3条通路的变化数据,哪怕是阴性或假阳性。

        如果出现假阳性,反而更有价值,因为还可以继续深入,为什么你的某一刺激因素会出现有别与其他刺激的这种假阳性结果。如果能证明啥出来,那么这个论文的价值会进一步提升。
        谢谢chuckdouble的回复,学习了。
        sunyong_97 wrote:
        我先简单汇报一下实验内容:我想研究某一刺激因素上调粘蛋白的信号通路,准确的说就是找到哪一条即可,不需要深入研究。

        我的思路如下:
        1,加入刺激因素后,让rt-pcr和wb证明粘蛋白表达增加。
        2,文献检索得知,粘蛋白主要有3条通路
        3,加入刺激因素后,分别检测3条通路中标志蛋白是否升高,升高的即可能 为通路;然后在这条可能的通路中加阻断剂,看是否阻断;这样即可找到通路。
        4,或者,第三条不要,直接到4,加入刺激因素后,直接加阻断剂,看哪条阻断,哪条即可能是通路。

        我的实验设计对吗?紧急求助


        浅谈一下个人的观点:
        思路大体是正确的,步骤3很重要,4可以没有,但不能没有3!
        4存在一个严重的错误,记住:研究信号通路,抑制剂/阻断剂一般应该预选加入(预处理),即加在刺激因素之前。

        sunyong_97 wrote:
        非常感谢,3如果很重要,那么我是先做步骤4呢,还是先做3呢?谢谢


        sunyong_97 wrote:
        感谢各位的帮助,这个信号通路问题是我标书的最后一个部分,所占比例很少。只是想找到哪一条通路即可,所以我只想做步骤1,2,4,不做3了,这样好像也能找到信号通路啊。不知道这样可行吗?


        如果您真的想搞科研的话,没有3的话又何谈4呢!?
        仔细想想,直接做4:无论您的研究与那些信号通路是否有关,你加入阻断剂的话是会在“一定程度上”产生阻断的,因为那是阻断剂、抑制剂嘛!大家公认的!记住,阻断剂的主旨作用不是看信号通路中的关键蛋白是否有变化,而是要与相关的后续效应或现象相结合,去推测、去解释。
        我希望您能理解我的意思,仅供参考
        doctormy wrote:
        浅谈一下个人的观点:
        思路大体是正确的,步骤3很重要,4可以没有,但不能没有3!
        4存在一个严重的错误,记住:研究信号通路,抑制剂/阻断剂一般应该预选加入(预处理),即加在刺激因素之前。

        非常感谢,3如果很重要,那么我是先做步骤4呢,还是先做3呢?谢谢
        doctormy wrote:
        浅谈一下个人的观点:
        思路大体是正确的,步骤3很重要,4可以没有,但不能没有3!
        4存在一个严重的错误,记住:研究信号通路,抑制剂/阻断剂一般应该预选加入(预处理),即加在刺激因素之前。


        我觉得楼主的意思是

        1,先看刺激下几条已知通路的marker呢?
        2,在看上面已知marker之前先用阻断剂阻断后看phenotype的变化再说。

        而不是在具体实验protocol里面什么时候加。

        仅仅是个人的理解。

        :)
        感谢各位的帮助,这个信号通路问题是我标书的最后一个部分,所占比例很少。只是想找到哪一条通路即可,所以我只想做步骤1,2,4,不做3了,这样好像也能找到信号通路啊。不知道这样可行吗?
        楼主的4就是这个意思吧?

        但是这样做还有一个对照要设,就是要做basal的比较。

        本文由丁香园论坛提供,想了解更多有用的、有意思的前沿资讯以及酷炫的实验方法的你,都可以成为师兄的好伙伴

        师兄微信号:shixiongcoming

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