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        蛋白质序列分析和结构预测

        互联网

        8626

        【实验目的】

          1、掌握蛋白质序列检索的操作方法;

          2、熟悉蛋白质基本性质分析;

          3、熟悉基于序列同源性分析的蛋白质功能预测,了解基于motif、结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测;

          4、了解蛋白质结构预测。

        【实验内容】

          1、使用Entrez或SRS信息查询系统检索人脂联素(adiponectin)蛋白质序列;

          2、使用BioEdit软件对上述蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成、和疏水性等基本性质分析;

          3、对人脂联素蛋白质序列进行基于NCBI/Blast软件的蛋白质同源性分析;

          4、对人脂联素蛋白质序列进行motif结构分析;

          5、对人脂联素蛋白质序列进行二级结构和三维结构预测。

        【实验方法】

        1、人脂联素蛋白质序列的检索:
          (1)调用Internet浏览器并在其地址栏输入Entrez;

          (2)在Search后的选择栏中选择protein;

          (3)在输入栏输入homo sapiens adiponectin;

          (4)点击go后显示序列接受号及序列名称;

          (5)点击序列接受号NP_004788 (adiponectin precursor; adipose most abundant gene transcript 1 [Homo sapiens])后显示序列详细信息;

          (6)将序列转为FASTA格式保存(参考上述步骤使用SRS信息查询系统检索人脂联素蛋白质序列);

        2、使用BioEdit软件对人脂联素蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成和疏水性等基本性质分析:
          打开BioEdit软件→将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列输入分析框→点击左侧序列说明框中的序列说明→点击sequence栏→选择protein→点击Amino Acid Composition→查看该蛋白质分子质量和氨基酸组成; 或者选择protein后,点击Kyte & Doolittle Mean Hydrophobicity Profile→查看该蛋白质分子疏水性水平;

        3、人脂联素蛋白质序列的蛋白质同源性分析:
          (1)进入NCBI/Blast网页;

          (2)选择Protein-protein BLAST (blastp);

          (3)将FASTA格式序列贴入输入栏;

          (4)点击BLAST;

          (5)查看与之同源的蛋白质;

        4、人脂联素蛋白质序列的motif结构分析:
          (1)进入网页;

          (2)将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏;

          (3)点击Scan;

          (4)查看分析结果(注意Prosite Profile中的motif information);

        5、人脂联素蛋白质序列的二级结构预测:
          (1)进入下列蛋白结构预测服务器网址:(The PredictProtein Server);

          (2)在You can栏点击default;

          (3)填写email地址和序列名称;

          (4)将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏点击Submit;

          (5)从email信箱查看分析结果;

        6、人脂联素蛋白质序列的三维结构预测:
          (1)进入(SwissModel First Approach Mode)网页;

          (2)填写email地址、姓名和序列名称;

          (3)将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏;

          (4)点击Send Request;

          (5)从email信箱查看分析结果(注:需下载软件入rasmol查看三维图象)。

        【作业】

          1、提交使用上述软件对人脂联素蛋白质序列进行基本性质分析、同源性分析、motif结构分析以及二级结构和三维结构预测的结果;

          2、相互对比结果,说明产生不同结果的原因,总结进行上述分析所需注意的关键事项。

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