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        揭示“LiCl 沉淀”背后的故事

        互联网

        12077

        不少的文献都说,用LiCl 沉淀RNA有很多好处,比如只沉淀RNA,不会沉淀DNA、蛋白和多糖等。但就是操作比较麻烦,比如,过夜沉淀,不能沉淀小分子RNA等。下面就LiCl 沉淀方法的误区进行探讨。

        误区一:LiCl 不能沉淀小分子RNA。很多文献都说LiCl 沉淀的RNA不含小分子的5s rRNA和tRNA。但,事实是这样吗?至少在我的实验中发现LiCl 可以沉淀小分子RNA。下面的图片更能说明LiCl 可以沉淀小分子RNA。泳道1是RNA maker,泳道2、3、4是用LiCl 沉淀的RNA。当然LiCl 沉淀tRNA的效果真的不好,其原因可能是tRNA的高度二级结构。

        误区二:LiCl 沉淀需要长时间和低温。不少文献上说LiCl 沉淀需要4度、-20度、甚至-80度下放置1小时、2小时、甚至过夜,其操作极其繁杂。但是,LiCl 沉淀真的需要长时间和低温吗?让我们来看看下面的数据:

        Lane 1, RNA marker.
        Lane 2, RNA centrifutged immediately without chilling.
        Lane 3, RNA chilled at -20°C for 30 minutes before centrifugation.
        Lane 4, RNA incubated at 25°C for 30 minutes to test precipitation time independently of chilling.
        Lane 5, RNA chilled at -20°C for 1 hour.

        Lane 6, RNA incubated at 25°C for 1 hour.

        图片显示放置30min后,RNA沉淀比不放置更有效(请比较泳道2和3),但是比较泳道3、4、5、6后,你会发现在-20度下沉淀与在25度下沉淀没有区别,放置30min与放置1小时沉淀没有区别。

        但是建议大家用 -20°C + 30 minutes 的沉淀方法,因为低温能降低RNases的活性(假设有痕量的RNase残留)

        小提示:任何事务有利便有弊,LiCl 沉淀与乙醇沉淀相比,它的沉淀效率稍低。数据显示2.5M的LiCl 的平均沉淀率是74%,而乙醇则是85%。通俗的说乙醇沉淀可以得到更多的RNA。

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