Affymetrix推出全新的OncoScan™ FFPE分析试剂盒
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突破性的技术：在短短48小时内完成全基因组范围的实体瘤拷贝数分析，仅需80 ng起始DNA。
2013年8月5日，来自加利福尼亚Santa Clara的消息——Affymetrix公司（纳斯达克代码：AFFX）宣布将于本周在芝加哥举行的癌细胞基因组学芯片论坛(CCMC)上推出全新的OncoScan™ FFPE芯片，一种适用于高度降解的FFPE实体瘤样本的全基因组拷贝数分析方案。
尽管癌症研究人员和临床医生的需求在不断增长，但从肿瘤FFPE样本的降解DNA中获得高质量、全基因组的拷贝数信息仍然极具挑战性，因为目前的方法（如FISH、array CGH和新一代测序技术NGS）存在局限性。
全新的OncoScan FFPE芯片利用Affymetrix独特的分子倒置探针（MIP）技术，能够快速经济地分析来自FFPE样本的少量的高度降解的DNA，让实体瘤癌症分析向前迈进了一大步。
这一新产品在一次实验即可提供全基因组范围的拷贝数数据，且在全基因组内大约900个已知的癌基因、杂合性缺失（LOH）上的分辨率极高，同时可以提供临床相关的获得性突变的数据，。在分析软件方面，研发人员升级了早一代的BioDiscovery Nexus软件，增加了许多转为癌症分析设计的功能，命名为OncoScan™ Nexus Express软件，它实现了几分钟内数百个样本的拷贝数分析能力，也将随产品免费提供。
在今年早些时候，一些领先的癌症研究机构已成功测试了该芯片，其中包括M. D. Anderson癌症中心、Memorial Sloan Kettering 癌症中心和ARUP实验室。
“我们在多个实体瘤组织上开展了新的OncoScan™ FFPE芯片的测试，包括黑色素瘤、神经胶质瘤、乳腺癌和脂肪肉瘤，”ARUP实验室的医学主管Sarah South评论道。“我们按照建议使用80 ng来自FFPE的DNA，并能够在48小时内完成分析。
我们能够在一些关键癌基因（包括ERBB2、MDM2、EGFR和MYC）中检测到经FISH验证的畸变，表明OncoScan FFPE芯片可作为FISH检测的替代，来验证实体瘤组织中的癌基因畸变，而分辨率和特异性更高。由于OncoScan FFPE分析试剂盒有着全基因组的分辨率，我们也获得了这些样品中宝贵的拷贝数畸变的信息。”
波恩大学神经病理学研究所的Torsten Pietsch教授根据他对大批量FFPE脑瘤样本的经验，指出，“我们相信，OncoScan FFPE芯片是一个强大的平台，可快速发现和验证新的预后拷贝数标记，这对临床检测肿瘤特异性扩增增长很有用，可作为患者分级的标记。”
“拷贝数畸变的意义正在越来越多的基因上建立；然而，很少有研究意识到实体瘤的潜力，因为处理低起始量的FFPE样本存在挑战，”Affymetrix遗传分析和临床应用业务部门的执行副总裁Andy Last谈道。
“对于那些希望快速经济地分析数百个降解的FFPE样本以便将拷贝数畸变与结果数据相关联的癌症实验室而言，OncoScan FFPE分析试剂盒是个全新的产品。此外，检测一系列临床相关的获得性突变的能力为检测和分析增添了更多价值。”
此项技术之前是通过Affymetrix研究服务实验室的OncoScan™ Express 2.0服务来提供此此项技术之前是通过Affymetrix研究服务实验室的OncoScan™ Express 2.0服务来提供的，展现出空前的成功率，在过去两年已有70多篇文章发表。该平台实现了高度降解样本的DNA检测，从保存了十年或以上的FFPE样本中挖掘出丰富的信息。
Affymetrix公司现已接受订单，最早将在今年9月开始发货。
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本新闻稿中提及的产品仅供研究使用。不适用于诊断。
来源：Affymetrix公司
