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        蛋白质组学入门-酶解篇

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        1. 用 Trypsin 酶解蛋白质时,碳酸氢氨的浓度应该是多少?

        酶解时碳酸氢氨的浓度一般在 10 ~ 50 mM 之间。碳酸氢氨的作用主要是提供一个碱性的水解环境,因为 Typsin 的活力在 pH8 ~ 9 之间最高。

        最常用的碳酸氢氨浓度有 20 mM , 40 mM 。盐浓度过大时,后续的冻干过程中会有较多的盐析出;盐浓度过小时,则不能有效的提供碱性 pH 的水解环境(尤其是在样品的 pH 值低,而且体积大时)。

        2. Trypsin 储存液的作用是什么?

        Trypsin 在 pH8 ~ 9 活力最高,所以为了防止酶的自水解, Trypsin 母液要处于一个酸性的环境里以便长期保存。 Trypsin 储存液的 pH 大约是 5.3 ,是用来稀释母液用的。如果所需的酶量较大,可以直接用碳酸氢氨溶液来稀释母液。如果酶解的样品少,可以用储存液来稀释,这样剩余的酶液可以在 -800C 保存到下次使用。

        3. Roche 的酶和 Promega 的酶,那个更好?

        Roche 的酶有自降解,而 Promega 的酶基本上没有自降解。由于酶的自降解峰可以用来做很好的内标,所以一定限度的酶自降解对 MALDI 数据的校准很有帮助。

        4. 什么情况下需要用 Ziptip 来处理样品?

        当样品含有大量的盐时,需要用 Ziptip 来除盐;当样品量很少,但体积比较大时( 20 微升以上)时,需要用 Ziptip 来浓缩。

        如果样品中有甘油, SDS ,或其他杂质时, Ziptip 的使用要格外当心,在这种情况下, Ziptip 的填料容易被杂质堵塞;另外 Ziptip 使用不当时,样品会有损失。所以当样品比较珍贵(的来不易)时,最好先用其他样品做预实验,摸顺条件后,再作真正的样品。

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