CircInteractome - 一个好用的 circRNA 研究数据库!
小张聊科研
今天给大家安利一个好用的数据库:CircInteractome(Cirular RNA interactome)

可以说功能很强大了,下面我们来看看它有哪些功能吧。
一、搜索 circRNA 的名字、序列、在基因组上的位置及结合的蛋白
首先是 circRNA 的搜索:

我们可以根据 circRNA 或者基因名进行搜索,比如以基因 Cul2 为例,在 Gene Symbol 后面的对话框中输入 Cul2,然后单击 circRNA Search:

在新页面中就出现了这个基因来源的各个 circRNA,基因组的位置、长度及在什么样本中表达,单击 XLS 图标还可以下载:

我们单击第一个 hsa_circ_0000234 后可以看到更加详细的信息:

通过单击 location 可以在 UCSC 中查看位置:

通过单击 Mature Seq 可以看到 circRNA 的序列:

我们也可以看到预测到的与 hsa_circ_0000234 结合的 RNA 结合蛋白是 EIF4A3。
当然,如果要反过来操作,根据 RNA 结合蛋白(RBP)来预测与之结合的 circRNA:

在右侧的界面中,我们可以输入 RBP 或者 circRNA 的名字,比如 RBP 我们用 HNRNPC,在输出 output type 里面可以选择 excel file download 也可以选择 web:

这样可以看到预测到的与 HNRNPC 结合的 circRNA:

二、搜索 circRNA 结合的 miRNA

在右侧输入框中输入 hsa_circ_0000234,然后单击 miRNA target search,就可以看到预测到的 miRNA 了:

三、设计 circRNA 的引物及 siRNA 序列
单击左侧的 Divergent Primers:

输入 circRNA 的名字后单击 Divergent Primers Search:

siRNA 的设计:

输入名字后单击 siRNA search:

好,数据库就介绍到这里啦~


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