• 我要登录|
  • 免费注册
    |
  • 我的丁香通
    • 企业机构:
    • 成为企业机构
    • 个人用户:
    • 个人中心
  • 移动端
    移动端
丁香通 logo丁香实验_LOGO
搜实验

    大家都在搜

      大家都在搜

        0 人通过求购买到了急需的产品
        免费发布求购
        发布求购
        点赞
        收藏
        wx-share
        分享

        CircInteractome - 一个好用的 circRNA 研究数据库!

        小张聊科研

        16422

        今天给大家安利一个好用的数据库:CircInteractome(Cirular RNA interactome)

        CircInteractome - 一个好用的 circRNA 研究数据库!

        可以说功能很强大了,下面我们来看看它有哪些功能吧。

        一、搜索 circRNA 的名字、序列、在基因组上的位置及结合的蛋白

        首先是 circRNA 的搜索:

        CircInteractome - 一个好用的 circRNA 研究数据库!

        我们可以根据 circRNA 或者基因名进行搜索,比如以基因 Cul2 为例,在 Gene Symbol 后面的对话框中输入 Cul2,然后单击 circRNA Search:

        CircInteractome - 一个好用的 circRNA 研究数据库!

        在新页面中就出现了这个基因来源的各个 circRNA,基因组的位置、长度及在什么样本中表达,单击 XLS 图标还可以下载:

        CircInteractome - 一个好用的 circRNA 研究数据库!

        我们单击第一个 hsa_circ_0000234 后可以看到更加详细的信息:

        CircInteractome - 一个好用的 circRNA 研究数据库!

        通过单击 location 可以在 UCSC 中查看位置:

        CircInteractome - 一个好用的 circRNA 研究数据库!

        通过单击 Mature Seq 可以看到 circRNA 的序列:

        CircInteractome - 一个好用的 circRNA 研究数据库!

        我们也可以看到预测到的与 hsa_circ_0000234 结合的 RNA 结合蛋白是 EIF4A3。

        当然,如果要反过来操作,根据 RNA 结合蛋白(RBP)来预测与之结合的 circRNA:

        CircInteractome - 一个好用的 circRNA 研究数据库!

        在右侧的界面中,我们可以输入 RBP 或者 circRNA 的名字,比如 RBP 我们用 HNRNPC,在输出 output type 里面可以选择 excel file download 也可以选择 web:

        CircInteractome - 一个好用的 circRNA 研究数据库!

        这样可以看到预测到的与 HNRNPC 结合的 circRNA:

        CircInteractome - 一个好用的 circRNA 研究数据库!

        二、搜索 circRNA 结合的 miRNA

        CircInteractome - 一个好用的 circRNA 研究数据库!

        在右侧输入框中输入 hsa_circ_0000234,然后单击 miRNA target search,就可以看到预测到的 miRNA 了:

        CircInteractome - 一个好用的 circRNA 研究数据库!

        三、设计 circRNA 的引物及 siRNA 序列

        单击左侧的 Divergent Primers:

        CircInteractome - 一个好用的 circRNA 研究数据库!

        输入 circRNA 的名字后单击 Divergent Primers Search:

        CircInteractome - 一个好用的 circRNA 研究数据库!

        siRNA 的设计:

        CircInteractome - 一个好用的 circRNA 研究数据库!

        输入名字后单击 siRNA search:

        CircInteractome - 一个好用的 circRNA 研究数据库!

        好,数据库就介绍到这里啦~


        ad image
        提问
        扫一扫
        丁香实验小程序二维码
        实验小助手
        丁香实验公众号二维码
        扫码领资料
        反馈
        TOP
        打开小程序