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        Pymol 展示氢键

        ZeroDesigner

        30716

        材料

        蛋白:1STP

        软件:PyMOL (TM) 2.3.0(Edu)

        目的

        使用 pymol 展示蛋白中的氢键

        步骤

        1. 蛋白导入

        此次选用的蛋白为 1STP 可以直接从 PDB 官网下载文件,或者直接在命令行框中输入fetch 1stp

        Pymol 展示氢键

        2. 展示蛋白的 technical 结构

        按照步骤,首先点击蛋白右侧的 A 字符

        Pymol 展示氢键

        下拉菜单中,点击 preset,然后点击 technical

        Pymol 展示氢键

        出现图即为氢键相互作用的结构,黄色短线即为氢键,氢键两头分别为供体与受体

        Pymol 展示氢键

        3. 查看蛋白的配体氢键

        点击右下角字母 S

        Pymol 展示氢键

        出现蛋白序列,向右侧拉,红色「0」代表的是水分子。水的前面,蛋白序列的最后会出现蛋白配体。

        Pymol 展示氢键

        4. 选中 BTN,点击 sele 右侧的 A,下拉菜单中点击 zoom

        Pymol 展示氢键

        5. 按住鼠标左键进行拖动,旋转到合适的角度。

        Pymol 展示氢键

        6. 点击 wizard,下拉菜单中选择 measurement

        Pymol 展示氢键

        左键选择黄线两端的原子,进行测量,3.0A,氢键距离一般为 3.5A 以内,复合要求,点击 Done。

        Pymol 展示氢键

        7. 不断点击红框处,直到出现 ATOM。选择测量好的黄线两端的原子。

        Pymol 展示氢键

        点击 sele 右端的 label,选择 atom name。此时出现的是两端的名字,OG 为氧原子为氢键供体,N 为氢键受体。

        Pymol 展示氢键

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