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基因蛋白组

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DNA SEQUENCING REACTIONS

DNA priming reaction x ul DNA2 ul Reaction buffer minus DTT1 ul primer (20 ng)10 ul totalHeat 90-100C 2 min. Cool room temp. 30 min. Enzyme mix 4 ul radioactive nucleotide (12 l)&nb ...

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Cycle Sequence Reactions For Large Insert Plasmid Templates

The following dye-labeled terminator reaction chemistries have been designed to balance conservation of reagents with the resulting sequence product signal strength. When coupled with BACPAC Res ...

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Preparation of DNA Template For Direct Sequencing of Large Insert PAC and BAC Plasmid

This protocol is designed to allow the use of 96-well trays (8x12 microtiter tray format) and multi-channel devices from the initial inoculation step to the final cycle sequence reaction. It wil ...

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PREPARATION OF SEQUENCING GELS

MATERIALS: 2-glass plates 1 sharks -tooth comb and spacers Whatman 3 mm paper 30 or 40% acrylamide-bis (19:1) 10X TBE urea 10% ammonium persulfate TEM ...

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放射性同位素标记的DNA序列测定分析

测定DNA的核苷酸序列是分析基因结构与功能关系的前提。从小片段重叠法到加减法、双脱氧链终止法、化学降解法、自动测序,DNA测序技术发展很快。目前在实验室手工测序常用Sanger双脱氧链终止法。Sanger法就是使用DNA聚合酶和双脱氧链终止物测定DNA核苷酸序列的方法。它要求使用一种单链的DNA模板或经变性的双链DNA模板和一种恰当的DNA合成引物。其基本原理是DNA聚合酶利用单链的DNA模板,合 ...

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DGGE,CGGE及TGGE 比较

DGGE,CGGE及TGGE三种方法是基于相同的原理而设计的突变检测方法,它仍均是根据DNA的解链特性而设计.对于同一定序列组成或的DNA片段来说,它具有恒定的解链温度(Tm),但若其序列发生改变时,Tm值亦发生改变,在含有变性因素(变性剂, 高温)的凝胶半进行电泳,当其比链解开形成分叉时,电泳迁移的速度就会改变.Tm值 全要取决于DNA的碱基组成,序列中出现单碱基替换时,Tm亦发生 ...

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大片段DNA测序(>50KB)

大片段DNA的测序: 通过鸟枪法 (Shot Gun Sequencing) 测序 鸟枪法测序的操作方法 1. 用限制酶切下目的片段的大片段Insert DNA 并用Agarose凝胶电泳进行回收。 2. 对回收的大片段DNA用物理方法 (如超声波等) 进行切断处理,然后用T4 DNA Polymerase对小片段 DNA进行末端平滑化。 3. 进行Agarose电泳,切胶回收1 kbp ~ 2 ...

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测序过程常见问题分析与解答

DNA测序样品用什么溶液溶解比较好? 答:溶解DNA测序样品时用灭菌蒸馏水溶解最好。DNA的测序反应也是Taq酶的聚合反应需要一个最佳的 酶反应条件.如果DNA用缓冲液溶解后在进行了测序反应时DNA溶液中的缓冲液组份会影响测序反应的体 系条件造成Taq酶的聚合性能下降。 有很多客户在溶解DNA测序样品时使用TE Buffer。的确,TE Buffer能增加DNA样品保存期间的稳定性, 但TE Bu ...

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DNA指纹图谱分析(图)

一. 实验目的 1. 掌握DNA指纹图谱技术的概念、原理和基本操作过程 2. 学习DNA的限制性酶切的基本技术 3. 掌握琼脂糖凝胶电泳的基本操作技术,学习利用琼脂糖凝胶电泳测定DNA片段的长度,并能对实验结果进行分析。 二. 实验原理 1984年英国莱斯特大学的遗传学家Jefferys及其合作者首次将分离的人源小卫星DNA用作基因探针,同人体核DNA的酶切片段杂交,获得了由多个位点上的等位基因组 ...

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DNA序列测定技术

序列测定的技术和策略 Sanger双脱氧链终止法、Maxam-Gilbert DNA化学降解法测序策略 目前应用的两种快速序列测定技术是Sanger等(1977)提出的酶法及Maxam和Gilbert(1977)提出的化学降解法。虽然其原理大相径庭,但这两种方法都是同样生成互相独立的若干组带放射性标记的寡核苷酸,每组寡核苷酸都有固定的起点,但却随机终止于特定的一种或者多种残基上。由于DNA上的每一 ...

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新型DNA测序方法助力干细胞分化研究

生物医学领域的一个重要研究课题是解释为何拥有完全相同DNA的细胞会分化成不同的功能细胞。美国的一支联合研究小组近日发现,环绕DNA的染色质蛋白在这一过程中扮演了重要角色。《自然》网站7月1日预先发表了相关论文。 染色质蛋白的功能不仅仅限于包裹基因物质,它们可以影响DNA双螺旋的各个部分的打开和关闭状态,从而进一步影响基因的开合状态。为了破解染色质蛋白质的指令之谜,需要精确测定各个染色质蛋白在DN ...

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373A型DNA测序仪的应用体会

DNA序列测定是分子生物学领域最重要的技术之一,是了解基因结构和功能的基础。DNA测序技术的不断完善和仪器自动化程度的不断提高,为大型基因组测序奠定了基础,当今大多数蛋白质序列都是通过基因或cDNA的核苷酸序列推导出来的。DNA测序方法主要有双脱氧链终止法(Sanger法)和化学降解法(Maxam-Gilbert法)。目前不管是传统的手工测序法,还是仪器自动测序法均使用前者,而仪器自动测序法以其快 ...

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基因数据分析的主流软件

在过去的几年中,许多生物的基因组完成了测序工作,如何对如此庞大的原始序列信息进行分析和应用,正是现在最为棘手的问题。大量的基因预测软件和在线工具应运而生。如何广泛而深入地了解并能有的放矢地利用这些工具,已经成为21世纪分子生物学家的必修课。 随着大规模EST和cDNA序列信息的获取,那些基于表达序列同源范围的程序,在基因组注释中的作用日益显著。即使在稀少基因或组织特异性表达的基因中,基因组序列的相 ...

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GenBank数据库简介

1. GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织,包括EMBL和DDBJ。是NIH遗传序列数据库,一个所有可以公开获得的DNA序列的注释过的收集。GenBank同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA数据库共同构成了国际核酸序列数据库合作。唯一人类基因序列集合(UniGene),人类基因组基因图谱,分类学浏览器,同国立癌症研究所合作的癌症基因组剖析计划(CGAP)等数据库。GenBank以指数形式 ...

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测序常见问题及其分析(图)

1、PCR 产物测序时出现重叠峰问题图1(模板中有碱基缺失,往往是单一位点(1-1)或两个位点(1-2)碱基缺失导致测序结果移码)解决方法:将PCR 产物克隆到质粒(如T 载体)中挑单克隆测序,或将PCR 产物进行PAGE纯化(至少琼脂糖充分电泳后切胶纯化)后再进行测序。问题图2(PCR 产物不纯,含部分序列一致的两种以上的片段,长度不一)解决方法:主要原因是PCR 产物没有纯化,含有部分序列一致 ...

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DNA测序仪原理和方法

DNA序列测定分手工测序和自动测序,手工测序包括Sanger双脱氧链终止法和Maxam-Gilbert化学降解法。自动化测序实际上已成为当今DNA序列分析的主流。美国PE ABI公司已生产出373型、377型、310型、3700和3100型等DNA测序仪,其中310型是临床检测实验室中使用最多的一种型号。本实验介绍的是ABI PRISM 310型DNA测序仪的测序原理和操作规程。【原理】 ABI ...

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