PCR引物设计

primer premier 这款大名鼎鼎的引物设计软件就不多介绍了。直接进入主题一、创建具有管理员权限的Command命令行快捷方式（因为windows 7 cmd默认不是以管理员权限运行，所以一定要改成以管理员权限运行才有用）。1、在桌面空白地方，点击鼠标右键，选择“新建”→“快捷方式”，如图：2、弹出创建快捷方式窗口，输入cmd.exe的路径及文件名，如图输入cmd.exe可执行文件的地址C:\Windows\System32\c ...

一直以来，不少战友在本版块反复发帖索取Primer/Oligo等软件及其注册码，甚至一再跟帖电邮索取，大大增加了版务工作！更重要的是违反了论坛相关规定！在丁香园虚拟社区基本规则中明确规定：在技术类讨论区讨论盗版软件、注册码、软件**等属于违例行为！另请阅读：关于通过Email在论坛索取资料的管理自公告之日，望各位战友自觉遵守版规，尽量避免此类事件反复发生！一经出现，初次给予锁帖并警告，警告不听者将从严处理！友情建议 ...

PCR技术在分子生物学领域的重要性自不必多说，各种新的PCR技术也不断涌现。引物的设计是进行各种PCR的重要前提条件。虽然现在有很多软件可以设计并评价引物，但在实际的PCR扩增过程中，必须对反应体系和反应条件进行优化，尤其是引物浓度，Mg2＋浓度，退火温度等。有时候无论我们如何优化，也拿不到目的产物，只能重新设计。鉴于在引物的设计和合成过程中所花费的时间、精力和财力（尤其对于新手而言），本着资源共享的原则，建立丁香 ...

最近刚开始做PCR，参考了很多与引物设计相关的帖子，结合自己使用primer5和oligo的体会，想谈谈自己设计引物的方法和步骤，恳请各位前辈指正。RT-PCR引物设计原则和方法在NCBI上搜索到该基因，找到该基因的mRNA，在CDS选项中，找到编码区所在位置，在下面的origin中，Copy该编码序列作为软件查询序列的候选对象。打开Primer Premier5，点击File-New-DNA sequence, 出现输入序 ...

为大家提供几个在线设计站点：(1) The Primer Generator (http :/ / www. med. jhu. edu/ medcenter/primer/ primer. cgi)( 2 ) Primers ! ( http :/ / www. williamstone. com/primers/avascript/ )(3) The GPRIME Package ( http :/ / life. anu. au/ molecular/ soft2ware/ gprime. htm)(4) WWW Genefisher ( http :/ / bobiserv. techfak. uni2biel ...

进入丁香园，是从做MSP开始的。从对DNA甲基化的一无所知到MSP实验成功，经历了很多艰难，同时也收获得了不少经验。从丁香园的帖子可以看出，近几年来，国内对DNA甲基化的研究在逐年增加，战友们在实验中遇到的困难也不少。在这里谈一下对MSP,及BSP的一点体会，希望能对新手们有所帮助，也请老手们批评补充。亚硫酸氢盐转化和PCR扩增是MSP,BSP的两个基本步骤。亚硫酸氢盐转化，估计现在做手工修饰的也不多了，试剂盒能 ...

PCR引物设计的黄金法则1.引物最好在模板cDNA的保守区内设计。DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因，通过序列分析软件（比如DNAman）比对（Alignment），各基因相同的序列就是该基因的保守区。2.引物长度一般在15~30碱基之间。引物长度（primer length）常用的是18-27 bp，但不应大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于Taq DNA 聚合酶 ...

一家之说，欢迎指教！1．简介寡聚核苷酸引物的选择，通常是整个扩增反应成功的关键。所选的引物序列将决定PCR产物的大小、位置、以及扩增区域的Tm值这个和扩增物产量有关的重要物理参数。好的引物设计可以避免背景和非特异产物的产生，甚至在RNA-PCR中也能识别cDNA或基因组模板。引物设计也极大的影响扩增产量：若使用设计粗糙的引物，产物将很少甚至没有；而使用正确设计的引物得到的产物量可接近于反应指数期的产量理论值。当然 ...

以前受到很多朋友的帮助，尤其是各位老版主老前辈还有各位不知名（指的是园子里无名）的高手，看到众位版主尤其是新版主PCRfan在大洋彼岸也如此热情，真是很感动。但今天又看到还是有很多朋友在愁引物设计问题，特发此贴，非原创，转自37度，稍加修改，请笑纳。注：本人非分生pro，如有错误，请勿诉讼我，可以回贴指正。PCR 引物数据库　　PCR 引物数据库是一个新的数据库，它可以提供各种有关引物的测试，进行最佳引物 设计。你可以浏览以下几部分:　　_A_...

小弟接触简并引物PCR已经有一段时间了，虽然说不上是老手，但是至少不是新手了，对于简并引物PCR有了初步的了解。在dxy里，看了很多这方面的帖子，逐步认识了这个试验。但是我在试验过程中发现，还是有很多的问题我解决不了，我曾经发过关于简并引物PCR的帖子，但是回答的人几乎没有，我不知道是这个试验本生就很难，还是什么别的，我反正觉得特难！我的模板是细菌基因DNA，我用生工的UNIQ－10柱式kit，得到的基因组DNA ...

从用PRIMER premier设计引物到查看您所设计的引物会不会有目的产物，以人的APP基因为例1、打开pubmed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ ，在search的下拉菜单中选择 Gene或者直接打开这个链接http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene2、输入 APP （或者其他的 待测基因名称或者缩写均可，以下均以APP为例）；点GO，出来的结果是各个物种的APP基因，人的排在第一个 ...

面对如此功能强大的两个引物设计软件，不知如何使用确实难事！Oligo使用方法介绍作为目前最好、最专业的引物设计软件，Oligo的功能很强，在这里我们介绍它的一些主要功能：如：普通引物对的搜索、测序引物的设计、杂交探针的设计以及评估引物对质量等等。在正式进行引物设计前，我们首先面临的一个任务就是向Oligo程序导入模板序列，根据不同的实验情况，导入模板有三种方法：1， 直接用键盘输入：a， 点击file菜单中的New Sequ ...

核酸环介导等温扩增技术原理及引物设计与实例烟头整理1．LAMP引物的设计：LAMP引物的设计主要是针对靶基因的六个不同的区域，基于靶基因3’ 端的F3c、F2c和Flc区以及5’ 端的Bl、B2和B3区等6个不同的位点设计4种引物。FIP(Forward Inner Primer)：上游内部引物，由F2区和F1C区域组成，F2区与靶基因3’端的F2c区域互补，F1C区与靶基因5’端的Flc区域序列相同。F3引物：上游外部引物(Fo ...

最近也要开始做RT-PCR了，关于引物设计，在丁香园学到了不少东西，另外，在外网也查到一些设计引物的方法，于是就把这些知识总结了一下，希望对大家有所帮助。谢谢各位老战友的帮助！PCR引物设计的11条黄金法则1.引物最好在模板cDNA的保守区内设计。DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因，通过序列分析软件（比如DNAman）比对（Alignment），各基因相同的序列就 ...

a) Primers:i) Oligonucleotide primers are generally supplied as "so many OD units/ml" - but what does this mean, in terms of mg/ml, or mmol/ml, etc?Given: a primer is Y nucleotides (nt) long;Given: the MW of ssDNA is (330 daltons per nt) x (length in nt) (Sambrook et al., 1989; p. C.1);Given: the concentration of primer ( ...

PCR Primer Design (Methods in Molecular Biology) By Anton YuryevPublisher: Humana PressNumber Of Pages: 431Publication Date: 2007-08-02ISBN-10 / ASIN: 158829725XISBN-13 / EAN: 9781588297259Binding: HardcoverIn the past decade, molecular biology has been transformed from t ...

在研究启动子区时往往采用引物延伸分析（primer extension analysis，看了些相关资料，感觉收获不小，和大家分享一下。1、引物延伸分析（primer extension analysis）引物延伸分析用于定量mRNA的量，测定低丰度的mRNA的种类。另外引物延伸实验可标定转录产物的5`-端， 确定转录的精确起始。特异的末端标记的引物退火到RNA链的互补区域，随后用RNA作为模板，用反转录酶延伸引物得到cDNA，用变 ...

这是在NCBI中查到的大豆贮藏蛋白基因Gy1的DNA序列，如果我想扩这个基因做表达用。如何扩，里面含有内含子，是不是把CDS连起来进行设计引物，后进行RT－PCR，还是直接扩增基因组DNA好。我是新手，请高手指教。LOCUS GMGY1 3527 bp DNA linear PLN 10-FEB-1999DEFINITION Soybean Gy1 gene for glycinin subunit G1.ACCESSION X15121VERSION X15121.1 GI: ...

丁香园有关引物设计的帖子数不胜数，然而对像我一样第一次设计引物的人来说可能太多了，多得我有点无从下手。我花了一些功夫总结了一下，希望能对初学者有点用。希望版主给我第一分（想得第一分都想疯了：））。1.引物设计有一些基本的原则如长度、GC含量、避免形成发夹结构等可参阅以下帖子：PCR经验总结全面介绍PCR技术，有部分引物设计原则引物设计总结引物设计一篇引物设计文章2.引物Tm、GC值的算法初学者易混，可看下面的帖子T ...

1.设计软件http://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/4634753_0.htmlhttp://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/847175_0.htmlhttp://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/857674_0.html（在线设计工具）2.简并引物设计中Ｎ是不是可以用（Ｇ／Ｔ）代替http://www.dxy.cn/ ...