PCR引物设计

1．荧光染料荧光基团通常各自拥有单一的光吸收峰。在光的刺激下，荧光基团吸收光的能量后通常以三种方式释放出能量：1) 光能 许多荧光基团吸收光能后仍旧以光能形式释放能量，并且发射光的峰值大于吸收峰。比如荧光染料Fam的光吸收峰为490nm，而发射峰为530nm。 2) 热能 某些荧光基团吸收光能后，能量转换为热量扩散到环境中，如Dabcyl。 3) 转移给临近的分子 当临近的分子满足发生能量转移的要 ...

定量PCR 定义 以参照物为标准对PCR终产物进行分析或对PCR过程的进行监测，来评估样本中靶基因的拷贝数，称为定量PCR相对定量→绝对定量， 手工操作→自动化检测， 灵敏度与特异性多有很大的提高。 定量PCR的可行性 定量一般是在PCR扩增的指数期进行的。 特定的待扩增基因片段 起始含量越大，则指数扩增过程越短 当扩增速率趋于稳定后，则无论原来样品中起始模板含量多少，扩增片段的含量通常是一样的。 ...

第一节 准确度和精密度在任何一项分析中，我们都可以看到用同一种方法分析，测定同一样品，虽然经过多次测定，但是测定结果总不会是完全一样，这说明测定中有误差。为此我们必须了解误差的产生原因及其表示方法，尽可能地将误差减小到最小，以提高分析结果的准确度。一、准确度与误差准确度是指测得值与真值之间的符合程度。准确度的高低常以误差的大小来衡量。即误差越小，准确度越高；误差越大，准确度越低。误差有两种表示方法 ...

Quantitative PCRJoseph SambrookPeter Maccallum Cancer Institute and The University of Melbourne AustraliaDavid W. RussellUniversity of Texas Southwestern Medical Center DallasExcerpted From Molecular ...

基本PCR引物设计参数 引物设计的目的是在两个目标间取得平衡：扩增特异性和扩增效率。特异性是指发生错误引发的频率。特异性不好或劣等的引物会产生额外无关和不想要的PCR扩增子，在EB染色的琼脂糖凝胶上可见到；引物效率是指在每一PCR循环中一对引物扩增的产物与理论上成倍增长量的接近程度。 ①引物长度； 特异性一般通过引物长度和退火温度控制。如果PCR的退火温度设置在近于引物Tm值（引物/模板双链体的解 ...

PCR技术简史　　PCR的最早设想 核酸研究已有100多年的历史，本世纪60年代末、70年代初人们致力于研究基因的体外分离技术，Korana于1971年最早提出核酸体外扩增的设想：“经过DNA变性，与合适的引物杂交，用DNA聚合酶延伸引物，并不断重复该过程便可克隆tRNA基因”。　　PCR的实现 1985年美国PE-Cetus公司人类遗传研究室的Mullis 等发明了具有划时代意义的聚合酶链反应。 ...

基因突变(gene mutation)是遗传病和肿瘤发生的根本原因，检测与遗传病及恶 性肿瘤发生有关的突变基因(mutant gene)是分子生物学，医学遗传学及肿瘤学研究 的热点，它对阐明遗传病和肿瘤发生的分子生物学基础及其诊断和早期诊断具有重要 ＼意义，分子生物学技术的发展，尤其是PCR技术的出现及近年来以PCR技术为基础， 结合传统技术的突变基因分析方法为人们提供了许多快速、简便、准确的基因 ...

PCR技术的基本原理　类似于DNA的天然复制过程，其特异性依赖于与靶序列两端互补的寡核苷酸引物。PCR由变性--退火--延伸三个基本反应步骤构成：①模板DNA的变性：模板DNA经加热至93℃左右一定时间后，使模板DNA双链或经PCR扩增形成的双链DNA解离，使之成为单链，以便它与引物结合，为下轮反应作准备；②模板DNA与引物的退火(复性)：模板DNA经加热变性成单链后，温度降至55℃左右，引物与模 ...

标准的PCR反应体系： 　　　　　　 10×扩增缓冲液 　 10ul　　　　　　 4种dNTP混合物 　 各200umol/L　　　　　　 引物 　　　　 　 各10～100pmol　　　　　　　 模板DNA 　　　 　0.1～2ug　　 　　　　　Taq DNA聚合酶 　 2.5u　　　　　　　 Mg2+　　　　　　 1.5mmol/L　　　　　　 加双或三蒸水至 　100ul　　PCR反应 ...

随机引物 适用于长的或具有发卡结构的RNA。适用于rRNA、mRNA、tRNA 等所有RNA的反转录反应。主要用于单一模板的RT-PCR反应。 Oligo dT

组织或细胞中的总RNA以其中的mRNA作为模板采用Oligo(dT)或随机引物利用逆转录酶反转录成cDNA.再以cDNA为模板进行PCR扩增而获得目的基因或检测基因表达.RT-PCR使RNA检测的灵敏性提高了几个数量级使一些极为微量RNA样品分析成为可能.该技术主要用于:分析基因的转录产物获取目的基因合成cDNA探针构建RNA高效转录系统. ...

重叠延伸PCR技术(gene splicing by overlap extension PCR简称SOE PCR)由于采用具有互补末端的引物使PCR产物形成了重叠链从而在随后的扩增反应中通过重叠链的延伸将不同来源的扩增片段重叠拼接起来.此技术利用PCR技术能够在体外进行有效的基因重组而且不需要内切酶消化和连接酶处理可利用这一技术很快获得其它依靠限制性内切酶消化的方法难以得到的产物.重叠延伸PCR ...

Troubleshooting discussion is based on the PCR protocol as described in the table below. All reactions are run for 30 cycles.COMPONENTVOLUMEFINAL CONCENTRATION1.autoclaved ultra-filtered water (pH 7 ...

荧光定量PCR（也称TaqMan PCR以下简称FQ-PCR）是美国PE（Perkin Elmer）公司1995年研制出来的一种新的核酸定量技术，该技术是在常规PCR基础上加入荧光标记探针来实现其定量功能的，与变通PCR相比，FQ-PCR具有许多优点。本文拟就该技术的特点、原理和方法以及应用作一简要叙述。1 特点FQ-PCR不仅具有普通PCR的高灵敏性，而且由于荧光探针的应用，可以通过光电传导系统 ...

3 应用由于FQ-PCR具有高灵敏性，高特异性和高精确性的特点，目前，该项技术已被应用于病原体测定、肿瘤基因检测、免疫分析、基因表达、突变及其多态性的研究等多个领域。3.1 病原体测定由于PCR技术的问世，使得病原体检测能够快速而方便的进行。但由于其高灵敏性，实验操作很容易受到污染而出现假阳性。只要有微量病原体存在，PCR扩增即可为阳性结果，但并不能作为诊断依据，只有当一定数量的病原体存在时才有临 ...

聚合酶链反应（polymerase chain reaction PCR）是微量核酸扩增的有效工具，由于其灵敏、特异、快速等优点，在医学上已广泛应用与病毒、细菌病原体及遗传病、肿瘤的早期诊断。随着PCR技术的发展，特别是病毒或肿瘤的治疗监测、疾病的诊断、机体基因表达调控方面，不仅需要检测其存在是否；而且还需要得知扩增前标本中的模板的数量，因而必须对PCR进行定量检测，即定量PCR技术，本文将对定量 ...

聚合酶链反应（polymerase chain reaction PCR）是微量核酸扩增的有效工具，由于其灵敏、特异、快速等优点，在医学上已广泛应用与病毒、细菌病原体及遗传病、肿瘤的早期诊断。随着PCR技术的发展，特别是病毒或肿瘤的治疗监测、疾病的诊断、机体基因表达调控方面，不仅需要检测其存在是否；而且还需要得知扩增前标本中的模板的数量，因而必须对PCR进行定量检测，即定量PCR技术，本文将对定量 ...

简并PCR就是引物合成的时候在某个位置用两种以上的碱基代替原来的单碱基渗入oligo链合成的是一堆混和物实际上能够起做用的在其中占一定比例这个比例一般用简并度表示比如agctN合成的时候最后一位用4种碱基反应真正用的agctc，占总数的1/4agctNN其中agctCC就占1/16一般公司推荐3‘端尽可能少的简并而且有效引物在总数中不能低于一定比值简并太多宁可多设计几条引物也有用次黄代替AGCT四 ...

简并PCR就是引物合成的时候在某个位置用两种以上的碱基代替原来的单碱基渗入oligo链合成的是一堆混和物实际上能够起做用的在其中占一定比例这个比例一般用简并度表示比如agctN合成的时候最后一位用4种碱基反应真正用的agctc，占总数的1/4agctNN其中agctCC就占1/16一般公司推荐3‘端尽可能少的简并而且有效引物在总数中不能低于一定比值简并太多宁可多设计几条引物也有用次黄代替AGCT四 ...

RT-PCR实验有三步：抽提RNA，RT，PCR。 要求： 1.做RT前必需测RNA浓度，逆转录体系对RNA量还是有一些要求，常用500ng或1ug。2. RT按要求做，一般不会出太大问题。 3. PCR，按常规。但如需扩长片段，则对前两步要求较高，需要有完整的cDNA存在，不是单改变Mg2+浓度、退火温度能解决的。1）RT和PCR时的引物设计是不是一定要先知道目的基因的序列？必须 在RT时，引物 ...