SNP/Microsatellite

SNP，全称Single Nucleotide Polymorphisms，是指在基因组上单个核苷酸的变异，包括转换、颠换、缺失和插入，形成的遗传标记，其数量很多，多态性丰富。从理论上来看每一个SNP 位点都可以有4 种不同的变异形式,但实际上发生的只有两种,即转换和颠换,二者之比为2：1。SNP 在CG序列上出现最为频繁,而且多是C转换为T ,原因是CG中的胞嘧啶常被甲基化,而后自发地脱氨成为胸腺嘧啶。一般而言,SNP 是指变异频率大于1 %的 ...

wx275411643 本人是新手，现在做课题，想请教一下，什么叫tagSNPs、 HapMap SNPs、 untyped SNPs ？它们有什么地方不同吗？尤其是untyped SNPs。先谢谢各位学长学姐们帮助！lide658 tag SNP 是指标签SNP，一般与其他的SNP相连锁，所以具有代表性的SNP。HapMap SNP 是指HapMap 数据库中的SNP，其包括tag SNP。untyped SNP? 我没有见过这个名词，但是按照我的理解是不是指对于这个SN ...

wx275411643 本人是新手，现在做课题，想请教一下，什么叫tagSNPs、 HapMap SNPs、 untyped SNPs ？它们有什么地方不同吗？尤其是untyped SNPs。先谢谢各位学长学姐们帮助！biolinkphilic A tag SNP is a representative single nucleotide polymorphism (SNP) in a region of the genome with high linkage disequilibrium (the non-random ...

俊桃桃 想问问，有没有一些预测网站。通过某些基因3'UTR区的rs位点预测出与该点相结合的microRNA呢？谢谢lide658 目前好像没有这样的网站，所以你只有先确定靶基因然后与其结合的microRNA位点是否存在多态，而且一般要求SNP位于microRNA的种子序列中最好。俊桃桃 谢谢你，我是已经靶基因（通过文献查到的）不是通过软件预测的。但是我怎么知道他和microRNA结合的区域呢在哪里，更不知道结合区域是否存 ...

MENGSG 请教各位战友单核苷酸多态性（SNP）的含义。如CTLA +49(A/G)，是指一个基因位点碱基A换成了G；那么CTLA +49基因型 AA,是什么意思，是一个基因位点还是两个，还是指A没有换成G，仍然是A？其他如AG，GG是什么意思？很困惑！song333 SNP: "S" means single, one nucleotide, not two.AA: both allele is AAG: one allele is A, another allele is GGG: both allele is GMENGSG ...

buloubulou 本人前期试验发现内含子上某一SNP点与干扰素治疗疗效相关，想进一步做相关功能。虽然内含子上的SNP点不导致mRNA、蛋白水平的变化，但内含子并不是完全一点功能没有，比如调控作用什么的。该内含子SNP点的功能研究方向是什么?不知从哪下手， 请教各位大虾啦，急！！:~):~)freecell Refer to this paper:http://jcem.endojournals.org/cgi/content/full/90/5 ...

lyvo 请问各位大侠，知道一个SNP的rs号 如何知道其在该基因中的具体位置 （如何知道其处于基因中的第几个碱基）？lyvo 例如rs2297518 对应的 -954G/C 是怎么查到的？madamcurie 回复楼主：关于SNP的rs问题，你可以看一下园内的一个贴：（可以很好的让你学会相关的知识）http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=67&id=9611445&sty=1&ticket=ST-85768-Eey5zIB ...

kiki_1998 请教如何查找KRAS 12 13 突变位点的两端序列？在NCBI的SNP中好象没找到外显子2的12，13密码子的SNP两端序列。不知应该如何查找它NCBI的序列号？zhujoker NCBI Reference Sequence: NM_004985.3http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_004985.3以及http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrezkiki ...

SSCP原理：sscp称为单链构象多态性，它是基于DNA构象来检测PCR产物单链碱基微小差异的方法，因其检测敏感，快速和所需装置简便而在分子生物学各个领域广泛应用。但该方法的试验结果受多种因素的影响，如：PCR产物，温度，电压，PAGE胶的浓度和交联度等，因而重复性比较差。因此在做SSCP时要注意各种条件的一致性。如果有酶切位点的话最好用RFLP方法检测DNA 多态，或是用SSCP与RFLP两种方法相结合，试验结果 ...

如果大家在用TaqMan做SNP genotyping，应该知道试剂有多贵。有兴趣可以看看这篇文章，一种新的SNP genotyping方法。简单而实用。Biotechniques. 2005 Dec;39(6):885-93. Related Articles, LinksHigh-throughput SNP genotyping by single-tube PCR with Tm-shift primers.Wang J, Chuang K, Ahluwalia M, Patel S, Umblas N, M ...

“大家都来秀HRM精彩美图”罗氏Light-Cycler HRM实验结果投票—评选活动展示你喜欢的HRM精彩美图；分享你掌握HRM技术过程中的实验心得；和更多网友交流你和HRM技术的“甜蜜瞬间”！为了让更多的网友深入了解HRM这一qPCR高端技术以及分享其中的乐趣，罗氏联合丁香园特别组织本次活动。进入专区活动时间投票时间：4.6～5.31获奖名单公布时间：6.1～6.10奖品予获奖名单公布后一个月内发放；参与方式a、进入 ...

Oncogene. 2006 Mar 13;25(11):1594-601.Using high-throughput SNP technologies to study cancer.Engle LJ, Simpson CL, Landers JE.Cetek Corporation, Marlborough, MA, USA.Identifying genes involved in the development of cancer is crucial to fully understanding cancer biology, for ...

1.SNP的定义http://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/1022204_0.htmlhttp://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/1094366_0.htmlhttp://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/1718873_0.htmlhttp://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/6 ...

DQ探针是上海辉睿生物自行开发的拥有自主知识产权的第五代探针技术，DQ探针打破了荧光定量PCR领域国外专利技术垄断的现状，并成为国家“十一五”“艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治”科技重大专项成果中的亮点，解决了大量细菌耐药、SNPs等方面中单碱基突变特异性检测的难题。研发背景：思考→什么是核心竞争力？测序、荧光定量 → ABI → 美国 诊断试剂 → Roche → 瑞士化学试剂 → Sigma → 美国 液相芯片 → Luminex→ 美国LNA(锁核酸) → Exiqon → 丹麦 中国 ？？？？？？？？ ...

A subset of SNPs that will represent the majority (90%) of the observed haplotypes but with minimal reduction in power to detect associations determined in earlier will be utilized for this aspect of the proposal. Multiplex and multiplex minisequencing will be utilized to genotype these SNPs ...

realtime 做snp，对一些新手来说，也许在众多影响因素中，手法问题是一个比较常见的问题，本人属于初级菜鸟，在实验室才呆 不到3月，实验做了才不到半月，realtime做snp已经做了10板左右（96孔板），仅仅从图像上看，结果不满意者十有六七，主要的问题在于1:）荧光曲线起步没在起点，也就是说起点不整齐，线比较乱事业个问题。2）就是荧光曲线太平直，也就是说一些实验做的也许根本就没产物生成，虽说分型有，但是再重复做，有时 ...

Mutation SurveyorMutation Surveyor 是美国Softgenetics公司和中国华生恒业科技有限公司联合开发的Mutation/SNP检测软件，用来实现高通量(high-throughput)，高灵敏度(sensitivity)和准确率(accuracy)的DNA突变/SNP检测，目前已被全世界数百家知名机构使用(国外著名专家对Mutation Surveyor的评价和意见)，在不到一年的时间内，分 ...

一、原理 SNP (Single Nucleotide Polymorphism)即单核苷酸多态性，是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态性(Polymorphism)。据估计，在人类基因组中，大约每千个碱基中有一个SNP，无论是比较于限制性片段长度多态性(RFLP)分析还是微卫星标记(STR)，都要广泛得多。SNP是我们考察遗传变异的最小单位据估计，人类的所有群体中大约存在一千万个SNP位点 ...

HRM技术 高分辨率熔解曲线（high resolution melting，HRM） 是基于核酸的物理性质， 通过饱和染料监控核酸的熔解曲线变化进行分析的一种技术。它是在常规PCR基础上增加一种饱和染料， 无需使用序列特异性探针。HRM 检测不受突变碱基位点和种类的局限， 具有高灵敏度特异性、 简单方便、 成本低、 高通量等优点， 可应用于基因分型、 短片段重复序列的分析、序列匹配、 突变扫描 ...

HRM技术是high-resolution melting analysis即高分辨熔解曲线分析技术，是近年国外兴起的一种全新的突变扫描和基因分型的遗传分析方法。基于高效稳健的PCR技术，HRM不受突变碱基位点与类型局限，无需序列特异性探针，在PCR结束后直接运行高分辨熔解，即可完成对样品突变、单核苷酸多态性-SNP、甲基化、HLA配型等的分析。