甲基化分析

一、亚硫酸氢钠修饰过程中可能出现的问题及应对措施亚硫酸氢钠修饰DNA的目的是将DNA序列中未甲基化的胞嘧啶完全转化为尿嘧啶，而甲基化的5一甲基胞嘧啶保持不变。影响此过程的主要因素有修饰试剂的浓度、反应温度、反应环境的pH值及反应时间。其中任何一个环节出现问题都将导致MSP扩增失败，体会如下：(1)亚硫酸氢钠的浓度最好控制在3.0～3.9 mol/L为好，其pH值必须用NaOH精确调整至5.0；(2)修饰时间应掌握在10～ ...

表观遗传学是指表观遗传学改变 (DNA 甲基化、组蛋白修饰和非编码 RNA 如 miRNA) 对 表观基因组基因表达的调节，这种调节不依赖基因序列的改变且可遗传表观。因素如 DNA 甲基化、组蛋白修饰和 miRNA 是对环境刺激因素变化的反映，这些表观遗传学因素相互作用以调节基因表达，控制细胞表型，所有这些表观遗传学因素都是维持机体内环境稳定所必需的，有助于正常生理功能的发挥。组蛋白的翻译后修饰不仅与染色体的重塑和功能紧密相关，而且在决定细胞命运、细胞 ...

xiaoqin813 我打算做DNA甲基化的MSP，阳性对照（完全甲基化的DNA）可以通过SssI酶处理获得。但是阴性对照（完全未甲基化的DNA）大家一般是怎么获得的，现在有些公司卖这两种对照DNA。还有其他什么方法可以得到吗？谢谢大家指点。waterbeijing whole genome amplificationDoes anyone hear of 5-hydroxymehtylation? How to prepare 5-hydroxymeht ...

illusionsl 我准备做人的H19印记基因的甲基化检测，不知道哪位大侠听说过人的H19 DMR的多态性？我是希望能够利用其多态性，区分出父源或母源来源，提高检测效率和结果分析的准确性。我自己目前是没有查到相关文献。不胜感谢！我的QQ：602047slytjiaofei 看看这篇是否有用，链接如下：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16391843H19-DMR allele-specific m ...

guotao123 在转基因生物中，是不是只要在启动子区检测到发生了甲基化，就可以导致表达沉默吗？还是得甲基化到一定的程度才导致表达沉默？slytjiaofei 这个不太好说，我想应该从以下两个方面考虑。第一，先看一下甲基化的程度怎样，网上有很多转录因子结合位点的预测软件，可以看看发生甲基化的部位是否在这些位点上或附近；第二，进行体外验证，可以利用甲基转移酶阴性的菌种构建含特定启动子序列的质粒载体，比较甲基化载体与非 ...

yaqingxinlan 请问哪位知道Axygen的DNA甲基化的纯化试剂盒在哪里能买到？怎么联系，非常感谢，急急急急急honglian198410 推荐你用ZMYO的甲基化试剂盒，我们用的这个比较好，只需要改良一下他的protocoltyssxlth 我用ZMYO的做不出来，用传统的方法做出来了。贺龙23 请问怎么修改ZYMO公司的甲基化硫化试剂盒的protocol？hugasis 不采用半小时进行亚硫酸盐进行修饰，你真O ...

sunside 各位前辈好！刚开始做这方面的研究，想做MSP检测甲基化。请各位前辈若何进行定量检测？非常感谢！！zhujoker MS-HRM方法 是一种新的定量检测甲基化的方法 ,它是基于亚硫酸盐对DNA进行修饰后具有不同的碱基构成,导致甲基化和非甲基化模板扩增后的产物热稳定性不同而进行检测zitong1983 sunside wrote:各位前辈好！刚开始做这方面的研究，想做MSP检测甲基化。请各位前辈若何进行定量检测？非常感谢！ ...

sunside 请教一个问题。我查关于ALU、LINE-1基因甲基化的检测方法，好像没有用MSP的，国内做这两个基因的好像挺少。请问这两个基因甲基化可以用MSP检测吗？？？freecell 建议看看这篇文章： http://nar.oxfordjournals.org/content/32/3/e38.full或者搜索：http://www.google.com/search?source=ig&hl=en&rlz=&=&q=line-1+met ...

sunside 大家好，现在刚开始查这方面的资料。有很多疑问。想问一下做过或在做这方面研究的前辈，请多多指教。1.我想做血液样本的MSP，大概100个样本的话试剂大约需要多少费用？2.请教各位前辈，一般大家单纯做MSP的话，周期多长？因为快毕业了，所以担心较难的话，可能做不完。zjubell 这个不难的，完全可以自己做。你要测几个位点的甲基化，1个跟50个位点，价格肯定是不一样的。一.先提血液基因组DNA，建议用kit吧，bl ...

sunside 大家好，最近在准备做DNA甲基化方面，想提取足够样本后一块做。请问提取人血样本后如何保存，是-20还是-80度保存？可以保存多长时间？我查了些，有人说解冻后会有溶血，对DNA提取有影响吗？另外想问一下，长期保存血样本对DNA甲基化程度会不会有影响？非常感谢！！！zhujoker 其实是抽了血样本以后立即提取DNA是最好的，不需要将血冻起来。长期保存血样本对DNA甲基化程度没有影响，但是时间长了就会丢失一部分 ...

小pig 请问做基因的甲基化体外实验一般需要多少钱才能做freecell 自己可以在网上搜索一下。http://www.google.com/#q=%E8%AF%95%E9%AA%8C%E6%9C%8D%E5%8A%A1+%E7%94%B2%E5%9F%BA%E5%8C%96&hl=en&ei=xB5kTLr3LI6gnwfbneTNAQ&start=10&sa=N&fp=a0727d8b40d6f463小pig freecell wrote:自己可以在 ...

欣童 最近想做外周血提取基因组DNA，然后做全基因组甲基化，芯片太贵了，希望大家提供经济实用的检测方法，最好有试剂盒，多谢kylincom110 做Solexa 测序吧silentdeath 测序比芯片贵得不是一点两点啊。。limitless http://www.zymoresearch.com.cn/有需要站短我fuminhb 那你最后是怎么做得全基因组甲基化，测序还是芯片？哪种好一点呢本文由丁香园论坛提供，想了解更多有用的、有意思的 ...

honestrety 各位大大，本人想做DSPP基因在细胞分化前后的DNA甲基化状态的比较，有些困惑还望指教：1.是否应该要做全基因（包括编码区和非编码区）的DNA，还是只做cDNA就可以2.用哪种方法检测为好，个人考虑用重亚硫酸盐处理后行直接测序的方法，不知是否可行？3.引物设计上有什么需要特别注意的？小弟是新人，先在此谢谢各位大大不吝赐教了slytjiaofei 1.DNA甲基化研究的是转录水平对表达的影响，当然要用 ...

zhangfen5667 甲基化敏感的限制性指纹技术(MRSF)是什么？应该怎么做？谢谢！dnazyme 应该是一种表观遗传学的技术。R.Sadri et al. Rapid analysis of DNA methylation using new restriction enzyme sites created by bisulfite modification. Nucleic Acids Res. (1996) 24: 4987-4989仅供参考。zhangfen5667 能不能介绍的详细一些？或是提 ...

crazygreat 各位大侠，小弟现在做的实验需要进行全基因组甲基化状态的测定，有谁知道有没有这方面的试剂盒吗，或者大家都选择什么方法进行这种实验？freecell 为了定量测定人基因组中的甲基化，哈佛大学的 George Church等，以及加州大学的Kun Zhang连同弗吉尼亚联邦大学的Yuan Gao等，将传统的甲基化工具如DNA的重亚硫酸盐转化与近期开发的目标基因组捕获技术和高通量测序相结合。两个小组都利用了锁式探针 ...

bluejy 本人打算做甲基化特异性PCR观察用药之后，抑癌基因的甲基化状态。看了一些文献，关于与MSP一道做的基因表达，一般选用RT-PCR，弱弱的问一下，为什么不做Real time PCR 呢？这两个技术所需的经费好像也不差多少。slytjiaofei RT-PCR是一种半定量，而Real time PCR是一种定量方法，如果你的涉及仅仅是观察药物处理后甲基化改变及其对相关基因表达的影响（升高或降低），用前者即可；如果是想准确观察升高 ...

xthua Cell, Nature 都出版过拟南芥的甲基化图谱的文章，但是细菌的甲基化图谱未见报道，如果单从基因组的大小考虑，细菌的更加容易测序。各位以为细菌的甲基化图谱有其表观遗传学的意义么？Fasta921 xthua wrote:Cell, Nature 都出版过拟南芥的甲基化图谱的文章，但是细菌的甲基化图谱未见报道，如果单从基因组的大小考虑，细菌的更加容易测序。各位以为细菌的甲基化图谱有其表观遗传学的意义么？如果该细菌可以产生 ...

zyk112 请问不同组织中 DNA的表观遗传状态 基因甲基化状态是否不同？Fasta921 DNA甲基化能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变，从而控制基因表达。除了甲基化外还会有其他因素在控制基因表达，但基因表达或多或少都受甲基化的影响，而不同组织的基因是选择性表达的，意味不同组织基因甲基化状态是不同的。zyk112 谢谢十分感谢本文由丁香园论坛提供，想了解更多有用的、有意思的前沿资讯 ...

大肠杆菌的基因型甲基化相关的基因型dam (DNA adenine methylase)Map position: 74 min功能：dam基因表达DNA腺嘌呤甲基化酶，它能催化特异序列GATC中A的甲基化，保证DNA免受限制性核酸内切酶Mbo I的切断，同时在DNA复制时也起一定的辅助作用。dam基因的变异导致腺嘌呤（A）甲基化酶活性的缺失，使腺嘌呤 (A) 不被甲基化，易于获得非甲基化质粒。dcm (DNA cytosine methylase)Map po ...

DNA 异常甲基化与肿瘤临床张吉才编译DNA甲基化是一种常见的人类DNA修饰,它是在DNA甲基转移酶（DNMT）催化下将甲基加到CG二核苷酸的C上形成的。因甲基化改变只影响DNA的结构，而不影响遗传编码，它被视为一种外遗传变化，而不是遗传变化。由于人基因组能通过脱氨作用将mC变为T，人基因组有较高清除CG二核苷酸的能力。但人基因组内仍有少量的区域富含CG二核苷酸，长度可达若干kb，这些区域称CPG岛。其它区域内的 ...