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Making RNA probes for in situ hybridization

Make DNA templates via PCRDay 1It's preferable to start with constructs that contain RNA polymerase start sites (T3 T7 or SP6) which allow use of primers outside the start-point. This gives the enzyme ...

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Ethanol precipitation method for purifying PCR products

1. For each PCR reaction (50 µL) prepare a 1.5mL microcentrifuge tube containing the following: - 5 µL of 3M sodium acetate (NaOAc) pH 4.6 - 100 µL of 95% ethanol (EtOH) 2. Pipet the ent ...

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常用的β-actin 引物序列

human actin f ctc cat cct ggc ctc gct gt human actin r gct gtc acc ttc acc gtt cc product size:268 rabbit actin r agt gcg acg tgg aca tcc g rabbit actin f tgg ctc taa cag tcc gcc tag product size:295 ...

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PCR引物设计技巧

自从1985年美国PE―Cetus公司的人类遗传研究室 Mullis等发明了具有划时代意义的聚合酶链反应(PCP0 以来,PCR已经成为了分子生物学领域最基本也是最重要的技术手段之-1 引物的设计以及初步筛选引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的, 目前运用软件Primer Premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款 ...

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寡聚核苷酸引物的选择

1.简介 寡聚核苷酸引物的选择,通常是整个扩增反应成功的关键。所选的引物序列将决定PCR产物的大小、位置、以及扩增区域的Tm值这个和扩增物产量有关的重要物理参数。好的引物设计可以避免背景和非特异产物的产生,甚至在RNA-PCR中也能识别cDNA或基因组模板。引物设计也极大的影响扩增产量:若使用设计粗糙的引物,产物将很少甚至没有;而使用正确设计的引物得到的产物量可接近于反应指数期的产量理论值。 ...

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RAPD和ISSR技术

DNA分子水平上的多态性检测技术是进行基因组研究的基础。运用随机引物扩增寻找多态性DNA片段可作为分子标记。这种方法即为RAPD(Random amplified polymorphic DNA ,随机扩增的多态性DNA)。尽管RAPD技术诞生的时间很短 但由于其独特的检测DNA多态性的方式以及快速、简便的特点使这个技术已渗透于基因组研究的各个方面。该RAPD技术建立于PCR技术基础上它是利用一系 ...

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聚合酶链式反应(PCR)扩增DNA片段

一、实验目的1.学习PCR基因扩增的基本原理和操作方法。2.理解PCR基因扩增在分子生物实验技术中的重要性。3.了解引物设计的一般要求。二、实验原理多聚酶链式反应(Polymerase Chain Reaction PCR ):原理类似于DNA的变性和复制过程,即在高温(93-95℃)下,待扩增的靶DNA双链受热变性成为两条单链DNA模板;而后在低温(37~65℃)情况下,两条人工合成的寡核苷酸引 ...

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引物溶解稀释方法

在实验室进行分子克隆实验时,经常需要合成大量的引物,而这些合成的引物首先要进行适当的稀释才能使用。如果不稀释就使用引物,往往造成引物的浪费和过早的活性丧失,更有一些被污染而不能使用。因此,建议对合成的引物先进行稀释,然后使用。稀释的引物利于保存和应用。现将方法简单叙述如下:1. Oligo DNA是以OD260单位来计算的,这是指在1ml体积1cm光程标准比色皿中,260nm波长下吸光度为1A26 ...

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RACE技术的原理和操作

近年来随着生物技术的不断发展,出现了许多克隆新基因的方法和手段,如图谱克隆技术、转座子标签技术、mRNA差异显示技术二基因组减法技术以及cDNA文库筛选技术等。但上述方法人多具有实验周期长、技术步骤烦琐且工作量大等特点。cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends,RACE)是一种基于PCR从低丰度的转录本中快速扩增cDNA的5'和3'末端的有效方法, ...

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PCR引物设计及评价

【实验目的】1、掌握引物设计的基本要求,并熟悉使用Primer premier5.0软件进行引物搜索。2、掌握使用软件oligo6.0对设计的引物进行评价分析。【实验原理】一、引物设计原则聚合梅链式反应(polymerase chain reaction)即PCR技术,是一种在体外快速扩增特定基因或DNA 序列的方法,故又称基因的体外扩增法。PCR技术已成为分子生物学研究中使用最多,最广泛的手段之 ...

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Differential Display of Cotton Transcripts

Plant MaterialsCotton ovules (Gossypium hirsutum cv. Coker 312) were collected 8 15 and 20 days after anthesis. Total RNA was extracted from stripped ovules (fibers removed) and isolated fibers using ...

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SYBRGreen Q-PCR in the ABI 7700

MaterialsROX Passive Reference Dye 25 µM 50x (Invitrogen Cat. No. 12223-012)SYBR Green I "10000x" concentrate (Molecular Probes Cat. No. S7563)SureStart Taq polymerase 5 U/µL (Stratagene Cat. No. 6002 ...

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Mouse p27 PCR Using Gitschier Buffer

Mutant allele: Neo-1 primer (CCTTCTATCGCCTTCTTG) plus mgK-3 primer (TGGAACCCTGTGCCATCTCTAT) produce a 0.5kB PCR product.Wildtype allele: mgK-3 (above) plus mcK-5 (GAGCAGACGCCCAAGAAGC) produce ~1kB pro ...

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primer5和Oligo结合设计引物步骤及心得

一、引物设计step by step1、在NCBI上搜索到目的基因,找到该基因的mRNA,在CDS选项中,找到编码区所在位置,在下面的origin中,Copy该编码序列作为软件查询序列的候选对象。2、用Primer Premier5搜索引物①打开Primer Premier5,点击File-New-DNA sequence 出现输入序列窗口,Copy目的序列在输入框内(选择As),此窗口内,序列也 ...

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PCR protocol

PCR reactionProtocol for 50µl reaction - adjust amounts if necessary for a 20µl reaction use the same volumes of primer and dNTP-mix but adjust the volume of water and 10x buffer for a 100µl reaction ...

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PCR clean up using 3M sodium acetate and chilled absolute ethanol

For each 20 ul of PCR product prepare the following mixture in 1.5 ml Tube. 2 ul of 3M sodium acetate (NaOAc) pH 4.5 40 ul chilled absolute ethanol. Transfer the PCR product (20ul) into the tube conta ...

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Thermal Cycling Profile for Standard PCR

Initial denaturation It is very important to denature the template DNA completely. Initial heating of the PCR mixture for 2 minutes at 94°�95°C is enough to completely denature complex genomic DNA so ...

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PCR Additives

A variety of PCR additives and enhancing agents have been used to increase the yield specificity and consistency of PCR reactions. Whilst these additives may have beneficial effects on some amplificat ...

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An Economic PCR Enhancer for GC-Rich PCR Templates

Since PCR is often problematic on GC-rich templates we have evaluated different PCR enhancing additives and generated an Combinatorial Enhancer Solution (CES). We tested this solution on approx. 50 di ...

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