dnazyme 每个领域都有独特的研究方法,理解其方法的优缺点特别关键,大家是否对甲基化组(甲基化谱)感兴趣?列举了一些能够通过PubMed搜到的代表性论文。Profiling DNA methylomes from microarray to genome-scale sequencing.生物芯片的方法。DNA methylome of familial breast cancer identifies distinct profiles defined by mutation ...
longyu2728 请问DNA单链的长度,eg,含30个碱基的DNA链的长度,是纳米级,还是埃级,如何计算,每个碱基大约多长呢?不胜感激!freecell one bp corresponds to circa 3.4 Å of length along the strand.longyu2728 freecell wrote:one bp corresponds to circa 3.4 Å of length along the strand.Thank you!本文由丁香园论坛提供,想了解更多有用的、有意思的前 ...
霍一刀hxs 各位高手,已经知道某个基因序列的一部分,如何得知其全长基因序列?首先,该序列只有mRNA序列可知。有没有专业的网站,可以根据一段cDNA序列,预测一下它的UTR区的序列?多谢。freecell RACE霍一刀hxs 谢谢freecell.霍一刀hxs BLAT Search Genome呵呵zjubell 看你是什么物种了,如果完全是未知物种,那建议全基因组测序好了,如果是细菌的基因组,整个测下来也就1万块钱左右。拿到序列后 ...
gtwyx 慢病毒包装质粒SIN18-pRLL-hEFIap-EGFP-WRPE,求图谱。gtwyx-fd@163.com希望得到各位战友的帮助!freecell Write to author for it.http://www.nature.com/mt/journal/v3/n1/abs/mt200115a.htmlgtwyx 谢谢楼上的战友。我想知道国内有没有用这种三质粒系统的~~~本文由丁香园论坛提供,想了解更多有用的、有意思的前沿资讯以及酷 ...
shaoyibo 请问BLAST测序结果后,应该对比的序列是看max score 最大的那个序列,还是max ident最接近的序列?有人说是max score 最大的那个序列,可是我发现有好几个同样分值的,到底该如何看测序结果?请大侠指教,十万火急,多谢了lmnsmu 我认为首先看max score最大的序列,同样分值的好几个,说明你blast的序列可能是个保守序列,在同一类或家族的基因均有。你可以点blast的条形图,从上到下详细去了解。 ...
lim1896 现在基因敲除技术里好多用的都是同源重组的方法!!!但是,为什么同源就会重组呢?看了好多书还没悟出来原因,而且,基因敲除过程中会有二次重组,这又是为什么呢???求解!!!bigbang_0_0 二次重组是Cre-依赖的条件性基因敲出范畴George2 下面的材料对理解同源重组很有帮助,供你参考1、概念基因敲除(geneknockout),是指对一个结构已知但功能未知的基因,从分子水平上设计实验,将该基因去除,或用其它顺 ...
mnidr 我现在在做基因敲除,用的是red重组系统,pKD46质粒上携带有敲除所需的蛋白。pKD46质粒上有两个复制起始点Origin of Replication:repA101ts & oriR101 ;repA101ts是温度敏感型复制起始点。有几个问题请教:1.大家有用过这个pKD46的吗?oriR101是温度敏感型复制子还是条件诱导型复制子啊,我在网上查到它是温度敏感型复制起始点,我很不理解,为什么已经有一个温度敏感性 ...
jiuzili123456 手里有一个说明,但是没说多序列的。说的也不是很清楚希望知道的请指教,谢谢freecell 将所有序列按FASTA格式填好,放到一个记事本文件里。例如: DNA1AGGCTTTGAAAAGGGGGGGGGGGGGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTTTTTTTTTTTT然后在editseq中,file-import,导入这个记事本文件。然后软件就在这个记事本的存放位置,生成DNASTAR ...
sunyong_97 ① 证明A对B具有具有调控(上调)作用。② 构建B全长及系列缺失载体,寻找顺式反应元件。③ EMSA实验确定与顺式反应元件相结合的转录因子。④ 若转录因子为已知蛋白,通过CHIP实验在体内验证转录因子与顺式反应元件相结合。⑤ 通过RNA干扰与过表达转录因子进一步验证其对B表达的影响。(实验至此可结束)⑥ 若转录因子为未知蛋白,上接步骤③,进行蛋白质谱分析、氨基酸测序、分子量分析等。吴佰霖 不错,挺合理的了不过,要在预测方面要把握好 ...
unicornshi 谁会看预测与基因调控相关miRNA分子的表,文献说根据评分结果,我看不懂怎么按评分看,谢谢大家了:)unicornshi 结果做出来了,我该选择几个相关的microRNA啊unicornshi 谢谢版主,帮我解答一下好么,谢谢拉:)minicenter 看起来与target scan里面的图类似,如果是target scan,评分的负值越大越好,自由能越高越好,由此看来,推荐楼主首选miR-145,其次是miR-42 ...
sunk33 各位有没有听说过在丙酮丁醇梭菌中有一种能够响应丁醇的启动子,就是在丁醇存在的情况下能够启动该启动子下游基因的转录谢谢zhujoker 其实你题目就是说的错的,哪有什么丁醇特异性启动子?而是你想问的是丁醇能激活什么样的特异性启动子,像这种实验你可以考虑做双向,在用不用丁醇处理的情况下看蛋白的表达情况,然后筛选。sunk33 谢谢版主指导可能说法上不严谨我想问得是在目前关于丙酮丁醇梭菌的研究中 是否存在某一个 ...
cypress1975 最近有个实验要做,但是不知道用哪种方法较好。实验目的:检测80个已知其序列的基因在肺癌细胞系的肿瘤干细胞和非肿瘤干细胞中的表达差异。用哪种方法比较可靠,而且省钱,大约需要多少经费和时间。下面这些方法那些可以用?有没有其他方法?1. 基因表达指纹( gene expression fingerprinting, gEF.2.基因表达系统分析( serial analysis of gene expression, sAGE).3. cDNA3′端 ...
bingo816 芯片的结果,信息量很大,而且表达谱很复杂,哪位仁兄有没有什么关于分析基因芯片结果的好方法啊。 非常感谢!!!freecell http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19763933bingo816 非常感谢您,能不能 上传一下 文章Bioinformatics analysis of microarray data版主freecell留言:请移步到“新会员友情检索求助版”,求助文献。本文由丁香园论坛提供,想了 ...
fanjingol 请教一下各位前辈:关于JNK的抑制剂,我查阅了相关文献,只看到了SP600125(Calbiochem, San Diego, CA USA)这一种。请问有做过相关实验的前辈们,能否告知我JNK的抑制剂到底有几种?因为JNK蛋白激酶由3个基因编码,那么此抑制剂是否均抑制jnk 1和jnk 2以及JNK3,还是只针对某一个JNK基因编码的JNK蛋白激酶?换而言之,就是此种JNK抑制剂的特异性如何?请前辈们解答!谢谢了dre ...
chaoyueyzc 如题,在测序结果中见到完好的剪切后的某癌基因的mRNA序列,但是在样品准备过程中早已排除了mRNA的污染,请问这种现象应该怎么解释呢,那剪切完好的mRNA又怎么会反转录并插入基因组序列中呢?比较困惑,请各位高手指点,这一现象是否正常,有谁见过类似的报道。zhujoker 请问一下你是怎么排除了mRNA的污染?如果你的基因在你的肿瘤中处于高表达时,应该可能会出现这种情况。个人观点,希望大家支招!ch ...
keanu21797409 请问 用什么方法判断 一个病毒的基因组 是否发生重组?谢谢各位。。。freecell 1、生物信息学方法分析: 例如http://www.chinagene.cn/yc/qikan/manage/wenzhang/2005-32%281%29-7.pdf2、PCR结合测序分析: 例如http://www.virologyj.com/content/5/1/143http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/781 ...
lantianshi 我的目的基因的5‘端几个外显子转录但是不翻译,怎么解释呢?是因为被剪切掉了吗?目前为止还没人报道说有剪切型zjubell (如果排除你说的可变剪接。)因为被microRNA给沉默掉了,呵呵。miRNA是一类多细胞动物或植物基因组的前体mRNA内含子,miRNA独立转录单位或miRNA基因簇编码的19-25个核苷酸大小的内源性单链RNA,他们在转录后水平沉默特定基因从而对生物体基因表达起到精细调 ...
太阳星辰 谈到癌基因修饰时,是指那些甲基化、磷酸化?还是指用某种基因去修饰癌细胞?我对这个概念不太清楚,请各位老师赐教!太阳星辰 帮帮忙,老师要求查文献写综述,可我查了一下午好像也没弄明白。开始理解的是表观遗传学,后来感觉又觉得不对。我检索时应该用什么关键词呢?zhujoker 其实癌基因很多,你老板这样跟你说是不负责任的,不过在很大程度上也是为了锻炼你。让你尽可能的搜索更多的文献来充实你。而癌基因的修饰也是可以从不同层面来 ...
qingshi 比如c57和balb/c这两种小鼠,一种是黑色一种是白色,除了控制他的毛发的基因不同外,他们的主要组织相容性抗原是不同的。那除了这种类似的管家基因外,诱导表达的基因,比如说vegf tnf-a il-10 这类的基因相应的基因组序列(包括启动子区域)有什么不同么?ncbi数据库只有c57小鼠的基因组,我如何寻找balb/c的基因组序列????很困惑。。。ps:为了博得关注,有点标题党的味道。。。抱歉。。。zjubell 他们基因 ...
挥汗如雨 真核生物修饰或调节基因与目标基因的位置关系如何?最近在真核生物线虫中发现一个类毒素基因簇,并应有反向PCR获得了这个基因簇的旁侧序列,在其旁侧序列中存在大量调控基因(如RNA结合蛋白基因、DNA结合蛋白基因等)和修饰基因(如甲基化基因,转运基因等)。这些调控和修饰基因在多种原核生物(如蓝细菌、放线菌等)的毒素或抗生素基因簇中被发现和报道,报道认为这些基因是基因簇的一部分,对该毒素或抗生素的合成起到调控或修 ...