DNA实验技术

honestrety 各位大大，本人想做DSPP基因在细胞分化前后的DNA甲基化状态的比较，有些困惑还望指教：1.是否应该要做全基因（包括编码区和非编码区）的DNA，还是只做cDNA就可以2.用哪种方法检测为好，个人考虑用重亚硫酸盐处理后行直接测序的方法，不知是否可行？3.引物设计上有什么需要特别注意的？小弟是新人，先在此谢谢各位大大不吝赐教了slytjiaofei 1.DNA甲基化研究的是转录水平对表达的影响，当然要用 ...

yehuanlr 本人是新手，所以说得不专业的地方，敬请谅解！别人建立了cDNA文库，通过对文库的分析，分析了一些新的基因，在数据库中没有发现其同源序列，他只通过RT-PCR确定了这几个新基因在某些组织中转录，就此推断了该基因具有的可能功能。这些功能正好是我所想研究的，所以想研究这些基因。但是我所研究的鱼繁殖周期很长，全人工繁殖几乎还没有实现，而且没有卵子或精子给我做。请问各位前辈，具体我该怎么研究啊！！！敬请指导，十分 ...

biophysics hsa-mir-941-4MI0005766 在miRbase上没有相应的染色体位置什么原因？LBN chromosome: 20; Location: 20q13.33 See MIR941-4 in MapViewerbiophysics 谢谢，我已经得到了位置了，hsa-mir-941-4MI0005766206255084562550935+没想到miRbase也会犯这样的错误啊，呵呵本文由丁香园论坛提供，想了解更多有用的、有意 ...

jing1209 HR includes gene conversion of the XhoI site without an associated crossover or deletion of one GFP copy by crossover or single-strand annealing.非常感谢！！！LoftyMan HR是不包括主动交换的相关基因交换或单GFP拷贝缺失，也是不包括单链变换的相关基因交换或单GFP拷贝缺失的XhoI区域基因变换jing1209 谢谢LoftyMan， ...

ariel_l 我想问下大家，有没有在做研究启动子活性的时候，在已报道的启动子比如CMV，SV40的下游加入自己的已被先前试验证明可有效启动外源基因转录的一个调控元件片段，结果反而外源基因的表达效率降低了的情况？（这个表达效率降低是和只有强启动子CMV/SV40，而没有自己的调控元件片段的情况对比的结果。）slytjiaofei 【标题】HRE／CMV启动子的克隆和缺氧调控活性的测定【作者】杨洁 杜德伟 李占亭 贾林涛 赵晶 许彦鸣 杨安钢 孙脊峰 ...

xhrg 大家有谁用过pIVEX2.3d或2.4d等用于体外表达的质粒呀，有什么心得freecell 你想知道哪些方面的心得呢？xhrg 还可用什么质粒呢？本文由丁香园论坛提供，想了解更多有用的、有意思的前沿资讯以及酷炫的实验方法的你，都可以成为师兄的好伙伴师兄微信号：shixiongcoming

西点6688 请教一下各位大虾：质粒pACYC184和pBRM-Wt的具体结构是怎样的呢，谢谢！slytjiaofei http://genome-www.stanford.edu/vectordb/vector.html自己查查吧！！！lastone9853 这两个质粒pACYC184和pBRM-Wt的图谱，序列等可以在网上查到，我这有这两个载体，可以快递给你。本文由丁香园论坛提供，想了解更多有用的、有意思的前沿资讯以及酷炫的实 ...

starwink 求助对基因芯片结果进行染色体富集和组织表达富集分析的软件，GOTM目前已不能进行以上两方面的分析starwink Gene Ontology Tree Machine在线分析数据库以前可以对多个基因进行组织表达和染色体分布的富集分析，现在不能用了，有其他的相关在线数据分析软件或平台吗？请指教，谢谢！！freecell Try...http://www.geneontology.org/GO.tools.microarra ...

liuwenbinahslyy 基因芯片数据分析时，比值大于2.0或者小于0.5被认为是有表达差异，为什么要相差两倍呢？这个比值与PCR或Western blot验证时的基因或蛋白表达差异是否是一致的(即是否也是相差两倍以上)？按理说PCR或Western blot检测表达差异根本不需要相差两倍以上，这还取决于重复实验的次数及数据的分布情况。zjubell liuwenbinahslyy wrote:基因芯片数据分析时，比值大于 ...

zhangfen5667 甲基化敏感的限制性指纹技术(MRSF)是什么？应该怎么做？谢谢！dnazyme 应该是一种表观遗传学的技术。R.Sadri et al. Rapid analysis of DNA methylation using new restriction enzyme sites created by bisulfite modification. Nucleic Acids Res. (1996) 24: 4987-4989仅供参考。zhangfen5667 能不能介绍的详细一些？或是提 ...

duanshengyu0223 请问大家一下stk15这个基因一般都是做的那些位点啊侠骨仁医 stk15应该就是Aurora Kinase，目前做的比较多的多态性是T91A F31I Phe31Ile，但是在不同肿瘤和STK15多态性的关联是不一样的，关键看你的研究目的。建议楼主自己好好复习文献，应该可以得到不少启发，附上两篇相关我文献。duanshengyu0223 嗯，谢谢了啊，因为最近在做这个基因关于结直肠癌方面的论文，所以 ...

zenth197 请问有做early polyadenylation的前辈或者熟悉这方面工作的前辈吗？可以否介绍下相关的研究方法？我现在对于设计特异的扩增目的基因early polyadenylation产物的引物感到很困惑，希望能得到大家的帮助。感激不尽！freecell http://scholar.google.com/scholar?as_q=%22early+polyadenylation%22&num=100&btnG= ...

biophysics 网上有无数多的转录因子结合位点预测工具，我想问的是这些预测的位点全部是基于染色体的正链吗？因为数据库是以正链为序列的。那如果一个基因转录的模板链如果是负链的话，那转录因子结合位点的预测不是错了？freecell 一般是根据mRNA序列来预测的。biophysics 谢谢，文献报道的全基因组转录因子位点预测如何做的呢？是要从细胞中提总mRNA，反转录测序再预测还是怎么做？全基因组的mRNA序列好象不 ...

galaxyzj 我有一个真核表达载体，包含一个Iba1启动子，来源于巨噬细胞的特异性基因Iba1，因此是个组织特异性的启动子，用来控制GFP的表达。启动子的结构见图1，其中加框部分是外显子序列。载体的结构见图2。载体的构建人说，这个载体的开放阅读框起始是Iba1基因自身的ATG，也就是图1里面Exon1内部加了下划红线ATG，GFP的起始密码ATG也是在一个读码框内。因此，这个载体最后表达GFP蛋白，并且N端融合 ...

ybcz1974 本人刚刚涉及分子生物学领域，可能说得很不转业，请勿见笑！最近想做一种非整数倍染色体病的研究，有几个问题想请教大家：1、如果这种疾病是由于某一条染色体多一条引起，除了基因（DNA）数量上的改变，会不会出现基因组的差异，例如出现新的基因？或者基因突变？2、通过患者与对照血清基因筛选是否有意义？有没有可能发现基因表达差异？如何进行基因筛选？3、每条染色体都表达数百种基因，通过何种方法可以找到某条染色体特异性 ...

JaneyJuan 请教各位大侠：我现在手上有一个真菌的ITS序列，请问怎样标示其中的ITS1、5.8S rDNA、ITS2和18S rDNA区域？急~~~请高手帮忙！非常感谢~~freecell 你是不知道用什么软件在已知的ITS上去标示这些区域，还是不知道“ITS1、5.8S rDNA、ITS2和18S rDNA区域”在你手头ITS上的具体位置，想知道怎么样找到这些区域在ITS上的位置？JaneyJuan freecell wrote:你是不知 ...

coco0663 P53NM_000546.4Transcript Variant: This variant (1) is a dominant transcript and encodes isoform a.麻烦高手看下，这是野生型P53还是突变型P53？Transcript Variant是否突变型的意思，那么NM_000546.4 所转录的是否就是突变型的P53？谢谢侠骨仁医 Transcript Variant的意思是变异体的意思，应该不是突变的意思，看了一下，人类 ...

xuchenmail 最近看了一篇文献，关于PIK3CA 基因突变的问题，文献说热突变位点在exon 9 (E542K,E545K) and exon 20 (H1047R)，但是我根据pubmed上的数据，H1047R已经在21号外显子了，这是怎么回事啊？是文献错了吗？还是有其他的原因？zjubell 1.这篇文献是什么时候发表的？对序列更新也是很正常的事。另外，这篇文献IF是多少？2.是否存在可变剪接，他的突变株，是否是其他的剪接体的外显子中的？3 ...

xuyq706 近年逐渐发现非编码序列突变在人类遗传病中发挥重要作用，此类序列突变如何致病？对其致病性如何研究判定？freecell 这些都是医学遗传学上的内容。建议楼主留意一下教材和中文综述。shilei5794749 In the human genome , variations of non-coding seqences including 5’UTRs，3’UTRs，promoters，introns ，long-rang cis-control elemen ...

mnidr 我想做拟南芥基因和烟草基因的NORTHERN，想选择β-actin作为内参，请问，在拟南芥和烟草中β-actin的序列是一样的吗？如果在更远的物种里呢，比如动物？？？？freecell 脊椎动物中不同物种的β-actin基因氨基酸之间的序列同源性超过98%。其它种属不清楚，你可以在NCBI里面blast一下。sherwing2009 可以在NCBI中，blast一下，相似性应该很高detector350 有一定相似度， ...