​方案三

另外一种便于人工解析 CID 谱及从头测序的化学方法是对肽段的羧基实行甲酯化。这个反应使肽段每一个羧基质量增加 14u, 包括未修饰的（末端、 Asp 和 Glu上的羧基。如果肽段中没有酸性残基，同时C未端没有被修饰，那么只有 y 系列离子及其中性丢失离子会表现出质量数的变化，比较衍生化号未衍生化两份样品的碎片离子谱就会鉴定出 y 系列离子。如臭肽段中存在酸性残基，这个方法的价值就极具有限了，因为只能鉴定中间碎片。对 N 末端残基特异性标记从而鉴定b 系列离子的方法也有尝此在这些实验中肽段的氨基被衍生化，衍生化试剂在气相中含有永久正电荷。虽然这些方法在概念上引人注目，但在实践上遇到困难，主要由于在质谱分析衍生化物之前必须先你去过景的试剂，同时这个反应不能区别 N 末端氨基和赖氨酸侧链上的氨基。