方案一
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原理
单级质谱测序是分析肽段的阶梯序列，即相邻肽段间相差一个氨基酸残基，用质谱分析肽阶梯，通常用 MALDI-TOF,MS 分析。 MS/MS 测序用的是上文所述用于数据库检索的 CID 谱，但碎片离子由人工完全解析。
用于MS 序列分析的肽阶梯是由化学或酶法降解肽段产生，由 C 未端或N未端断裂。测定N末端序列的化学方法应用Edman化学反应，用MS或 MS/MS 读出产生的变短的肽。这一方法通常被称为“阶梯测序＇。在这种方法上发展了两种变化方式。
材料与仪器
步骤
第一种方法是任每一测序循环开始时，在多肽／蛋白质底物内加 Edman 试剂，每一个循环中有一小部分的底物袚 N 末端封闭，末端封闭后的肽在下一个循环中不会参加反应，这祥就产生了序列阶梯，最终反应产物混合物经 MALDI-MS 分析，其质量数之差反映了氨基酸残基的质量数。
常见问题
来源：丁香实验
