DNA 实验

本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

引物延伸法主要用于 mRNA5' 末端作图。poly (A) + RNA 先与过量 5' 末端标记的且与靶 RNA 互补的单链寡核苷酸引物杂交，然后用反转录酶延伸这个引物。产生的 cDNA 与 RNA 模板互补且长度与引物 5' 末端和 RNA 5' 末端之间的距离相等。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

核糖核酸酶保护分析用于度量特异性 mRNA 的丰度以及为它们的拓扑异构特征作图。这种方法包括测试 RNA 与互补的放射标记的 RNA 探针（核糖探针）杂交，然后未杂交的序列被一种或几种单链特异性的核糖核酸酶裂解。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

当处理许多 RNA 样品或处理小量的哺乳动物总 RNA 时（<50 μg)，可选择用 oligo (dT) —纤维素进行批量层析的方法。这种方法采用级别较好的 oligo (dT) —纤维素，在最佳温度进行结合和洗涤。多年来发表了许多纯化 poly (A)+ RNA 的批量层析方法。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

与 rRNA, 5SRNA, 5.8 SRNA 和 tRNA 相比，大多数真核生物的 mRNA 在其 3' 端带有 poly(A) 尾巴。因此，mRNA 能用 oligo(dT)-纤维素亲和层析法从细胞总 RNA 中分离 (Edmonds et al. 1971; Aviv and Leder 1972)。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

在提取过程的第一阶段细胞的 RNA 酶应尽快灭活。一旦内源的 RNA 酶被破坏，RNA 受损的可能就大大降低，而纯化的过程就可以按合适的速度进行。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

DNA 可以同时从琼脂糖两面向两张膜上转移。当需要用两种不同的探针分析相同的限制性内切核酸酶酶切片段时，这种方法是很有用的。DNA 片段转移速率较快，但是由于凝胶中的液体从两侧同时流出导致脱水速率太快，所以转移效率较低。当靶序列的浓度较高时这种方法效率最高。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

根据本方案制备的哺乳动物 DNA 约 20~50 kb，适于作 PCR 反应的模板。DNA 产量在 0.5 到 3.0 μg/mg 组织之间变化，或者是 5~15 μg/300μl 全血。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

箝位匀强电场（contour-clamped homogeneous electric field, CHEF) 凝胶电泳中， 电场是由多个电极产生的。这些电极围绕水平凝胶呈四边形或六边形，其电位被箝制在顶先设定的水平（Chuetal. 1986; Vollrath and Davis 1987; Chu 1990a)。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

Gardiner 等（1986; Gardiner and Patterson 1989) 使用置于垂直凝胶两侧的两组铂线电极的凝胶电泳装置以分离大的 DNA 片段。在这种横向交变场电泳（transverse alternating field electrophoresis, TAFE) 中 ，当电场切换时，DNA 首先移向一组的阳极，然后移向另一组阳极。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培

PFGE 用于分离很大的 DNA 分子，因而需要很高分子质量的标准。这种标准可以按照 Lauer 等（1977 ) 介绍的方法从噬菌体，如 T7 (40kb)、T2 (166kb）和 G (758kb) 提取获得。但是一个更好的覆盖范围更广的系列标准是 λ 噬菌体 DNA 的系列串联体。后面介绍的具体步骤是 Vdlrath 和 Davis (1987) 方法的改进。本实验来源「分子克隆实验指南第三

本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

碱性琼脂糖凝胶电泳是在高 pH 条件下进行的，它能引起胸腺嘧啶和鸟嘌呤残基丢失一个质子，从而阻止与其各自的配对碱基-腺嘌呤和胞嘧啶间氢键的形成。变性的 DNA 保持单链状态，根据其分子大小在碱性琼脂糖凝胶中泳动。其他的变性剂如甲酰胺和尿素由于能引起琼脂糖橡胶化，因此结果往往较差。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

这种技术（McDonell et al. 1977 ) 可以从琼脂糖凝胶或聚丙烯酰胺凝胶切片回收分子质量范围较宽的双链 DNA，并且产量较高。这种方法多少有些麻烦，必须将凝胶切片单独放入透析袋，因此不能用于回收多种 DNA 样品。但是电洗脱效果很好可以避免其他方法所遇到的问题。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。

琼脂糖凝胶中DNA的回收可应用于：（1）哺乳动物细胞转化；（2）放射性标记。

本方案使用克隆在 BAC 载体上的一段 500kb 的人基因组 DNA 连续序列，直接筛选与其互补的的 cDNA。但本方法也可适用于任意大小的基因组靶 DNA。本实验来源于分子克隆实验指南（第三版）上册，作者：黄培堂。

本方案以哺乳动物穿梭载体 pSPL3 为例，描述了外显子扩增的方法，内容分为以下五个阶段。阶段 1: 文库的构建; 阶段 2: 电穿孔法将文库转染 COS-7 细胞; 阶段 3:mRNA 的提取; 阶段 4: 反转录 PCR; 阶段 5: 克隆分析。本实验来源于分子克隆实验指南（第三版）上册，作者：黄培堂。

类似方案 1、方案 2 描述了在真核表达载体上进行 cDNA 文库构建与筛选的方法, 流程分为以下两个阶段：1. 在真核表达载体上构建 cDNA 文库；2. 在真核表达载体上构建的 cDNA 文库的筛选。本实验来源于分子克隆实验指南（第三版）上册，作者：黄培堂。

寡核苷酸与靶序列杂交的解链温度可以用本章概述介绍的方法计算（见本章概述有关解链温度与杂交温度），也可通过实验测定双链 DNA 不可逆解离的温度（Ti) 来确定解链温度 Tm。本实验来源于分子克隆实验指南（第三版）上册，作者：黄培堂。

Jabobs等 （ 1988）介绍了在含季铵盐缓冲液中杂交的方法与原理。下述为该法的简单变通方案。本实验来源于分子克隆实验指南（第三版）上册，作者：黄培堂。