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单细胞核转录组测序(single cell nuclear

RNA Sequencing)
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  • 单细胞核测序技术是在单细胞水平上发展起来的补足技术,它能够弥单细胞测序的局限性,同时揭示单个细胞的基因结构和基因表达状态,反映细胞间的异质性。
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  • 2025年07月15日
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      上海烈冰生物医药科技有限公司

    • 服务名称

      单细胞核测序

    单细胞核测序技术是在单细胞水平上发展起来的技术,该技术可将冻存样本直接制核捕获,且依旧保存单细胞测序的高分辨率,能够准确区分细胞异质性,揭示单个细胞的基因结构和基因表达状态。因其对样本包容性高,核测序的出现解决了某些珍贵冻存样本,异形细胞样本无法进行单细胞实验的问题,在心肺疾病,神经发育等领域助力临床治疗和诊断,加速精准医疗时代。

     

    我们的优势

    1、突破性改进制核手段:跳过样本消化步骤,直接冻存组织进行制核。这种方法可以大大节省时间和资源,并且提高制核效率,细胞核捕获率高达65%-80%
    2. 消除细胞解离偏差:消除由于消化偏好性造成的细胞解离偏差,保证制核质量远高于上机捕获要求,可以为后续的分析提供更准确的结果
    3. 严格质量把控:烈冰全程进行严格的质量把控,从实验设计到分析产出提供一站式服务流程,确保客户获得高质量的数据和分析结果,并提供全面的支持和解决方案。

    4. 核测序经验丰富,助力发表高分SCI文献

     

    (图片来源:Jing Wu et al., Nature Neuroscience,2023)

     

     

     

     

    样本要求

    样本类型:

    1.冻存组织、培养的细胞系等,一般取黄豆粒大小;

    2.-80℃冰箱保存,送样时干冰运输

    实验流程

        

    客户样本--细胞核制备--核质控检测--单细胞核捕获--细胞/转录本标签添加--文库构建--上机测序

     

    数据分析流程

     
     

    结果示例

    1、细胞亚群分析
    基于每个细胞核中的基因表达量数据,采用聚类算法对细胞进行亚群分析,同时采用 t-SNE /Umap分析对细胞的分群结果进行可视化展示。

     

    Zhang, et al. Science Bulletin, 2020 Dec.

    注:图为猕猴脑组织细胞亚群鉴定t-SNE图展示

     

    2、Marker基因鉴定
    鉴定不同细胞亚群中的Marker基因,并对Marker基因的表达分布进行可视化展示。

     

    Zhang, et al. Science Bulletin, 2020 Dec.

    注:Marker基因的Violin图(左)和bubble plot图(右)

     

    3、差异基因筛选
    针对所有或者特定细胞亚群,进行细胞亚群间差异表达基因筛选,获得细胞亚群间差异表达基因。

     

    Zhang, et al. Science Bulletin, 2020 Dec.

    注:该图为不同细胞亚群间差异基因聚类分析图(Heatmap)

     

    4、功能分析(GO Analysis)和信号通路分析(Pathway Analysis)
    对Marker基因/差异基因进行功能分析和信号通路分析,从而得到这些基因群体所显著性富集的GO条目和Pathway条目。

     

    Zhang, et al. Science Bulletin, 2020 Dec.

     

    5、Pesudotime分析
    以细胞的表达量数据为研究对象,采用TSCAN/monocle/SLICER/Ouija等算法,在虚拟时间轴上对细胞的变化模式进行分析,模拟重建细胞的动态变化过程,获得细胞间的状态转换关系,以及不同状态细胞间差异基因的表达情况。

     

    Zhang, et al. Science Bulletin, 2020 Dec.

    Zhang C, et al. J Immunother Cancer, 2021;9:e002312.

    注:细胞间状态转换的pesudotime轨迹图(左)和Heatmap图(右)

     

    文献示例

    [1] Single-nucleus transcriptomic mapping of blast-induced traumatic brain injury in mice hippocampus,Scientific Data,2023,IF=9.8

    [2] Integrating spatial and single-nucleus transcriptomic data elucidates microglial-specific responses in female cynomolgus macaques with depressive-like behaviors,Nature Neuroscience,2023, IF=25

    [3] Targeting gut microbiota–derived kynurenine to predict and protect the remodeling of the pressure_overloaded young heart,Science Advances,2023,IF=13.6

    [4] Silencing of NOTCH3 Signaling in Meniscus Smooth Muscle Cells Inhibits Fibrosis and Exacerbates Degeneration in a HEYL-Dependent Manner, Advanced Science, 2023,IF=15.1

    [5] The molecular taxonomy of primate amygdala via single-nucleus RNA-sequencing analysis,Science Bulletin,202012, IF=18.9

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    该产品被引用文献

    [1] Wang X, Chen C, Li C, et al. Integrating spatial transcriptomics and single-nucleus RNA-seq revealed the specific inhibitory effects of TGF-β on intramuscular fat deposition[J]. Science China Life Sciences, 2024: 1-18.

    [2] Single-nucleus transcriptomic mapping of blast-induced traumatic brain injury in mice hippocampus,Scientific Data,2023,IF=9.8

    [3] Integrating spatial and single-nucleus transcriptomic data elucidates microglial-specific responses in female cynomolgus macaques with depressive-like behaviors,Nature Neuroscience,2023, IF=25

    [4] Targeting gut microbiota–derived kynurenine to predict and protect the remodeling of the pressure_overloaded young heart,Science Advances,2023,IF=13.6

    [5] Silencing of NOTCH3 Signaling in Meniscus Smooth Muscle Cells Inhibits Fibrosis and Exacerbates Degeneration in a HEYL-Dependent Manner, Advanced Science, 2023,IF=15.1

    [6] The molecular taxonomy of primate amygdala via single-nucleus RNA-sequencing analysis,Science Bulletin,202012, IF=18.9

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