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上海达为科生物科技有限公司
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转录组测序实验
| 品牌 | 其他品牌 | 产地类别 | 国产 |
|---|---|---|---|
| 应用领域 | 医疗卫生,生物产业,综合 |
转录组测序实验:转录组是连接基因组遗传信息与生物功能的蛋白质组的必然纽带,转录水平的调控是目前研究非常多的,也是生物体非常重要的调控方式。
一、转录组测序实验产品介绍
转录组测序(Transcriptome sequencing)是通过二代测序平台快速地获得某一物种特定细胞或组织在某一状态下的的转录本及基因序列,可以用于研究基因表达量、基因功能、结构、可变剪接和新转录本预测等。目前,转录组测序已经被广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。上海剑钝生物利用标准化的实验流程、先进的测序平台和专业的信息分析,以高效率、高质量的科技服务赢得业内专业人士的良好口碑。
二、样品要求
1)样品类型:细胞、新鲜组织或RNA样品。
2)样品的量:细胞样品请提供至少1×107个细胞,组织样品请提供至少300mg的组织块或切片,RNA样品请提供10μg以上的总RNA。
3)样品质量:RNA无明显降解,提取的总RNA OD260/280值在1.8~2.2之间,浓度 ≥ 500 ng/μl,28S:18S ≥ 1.5,RIN ≥ 8。
4)样品保存:细胞样品或新鲜组织块(切成~50mg的小块)可用TRIZOL或RNA保护剂处理或液氮冻存后,-80℃保存。RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。
5)样品运输:样品置于1.5 ml管中,封口膜封好,干冰运输。
三、转录组测序实验操作流程
1. 全转录组总RNA提取;
2. mRNA分离和文库构建;
3. 高通量测序;
4. 数据处理与生物信息学分析;
5. 测序报告生成。
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文献和实验结合细胞在组织中分布的位置信息和转录组基因表达信息,了解细胞在空间背景下的异质性。
研究意义;而同样情况下RASGRP1的检测数据可能不能说明问题。 由此可知,设计的实验如果没有生物学重复,或者生物学重复的数量不够,就不能得到有统计意义的实验结果;获得的差异表达的基因很可能仅仅是少数个体差异的表现,并不能反映疾病或者某种特定生理状态的群体本质特征。 3.生物学重复设置几个合适? 您是不是有同样的问题:转录组测序是否必须进行生物学重复啊,是否要3个重复,是否可以用3个样品的RNA等量混合代替生物学重复,如果不重复能否发文章…..?一方面是有限的经费,一方面是编辑的质疑;实在很难
10x Visium空间转录组测序针对FFPE样本的实验已经开展有一段时间了,今天小编就来总结一下整个实验的详细流程。 首先来一张实验流程导图: 10xVisium FFPE的实验流程 FFPE样本Visium空间转录组技术流程(图片引自10x官方) 一、取材 FFPE样本取材要求组织不要大于6.5mm*6.5mm,因为10x visum的每张切片的捕获区域只能容纳6.5*6.5的组织大小,≤6.5 x 6.5 mm的组织块可与Visium










