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研载生物科技
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KEGG通路富集
KEGG通路富集
1.分析目的利用差异表达的mRNA，分析其在哪些KEGG通路有富集
2.数据来源
差异分析结果中的显著mRNA
3.分析方法
使用主流软件GSEA[5]（http://software.broadinstitute.org/gsea）做KEGG富集分析，筛选统计显著的通路（如FDR<0.05），使用GOplot[4]进行可视化
4.交付文件
（1）GSEA通路富集的显著结果（Excel）
（2）显著通路的泡泡图；密度曲线图；上调和下调最显著通路的基因集富集图
5.分析结果示例图
【欢迎来电/邮件咨询】
联系人：刘经理
电话：021-54376058
手机：13917998048 (7:00-24:00, 周末节假日不休)
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地址： 上海市闵行区放鹤路1088号博济科技园6号楼109室
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文献和实验别小看EGFR的耐药，这可是KEGG上独立的一个信号通路……
上次给大家讲了ErbB信号通路，当然，大家可能并没有什么兴趣。毕竟听名字感觉都离得太远，但实际上ErbB信号通路上的HER2（ErbB2）和EGFR（ErbB1）在耐药机制上的研究都很深入。特别是EGFR，甚至在KEGG上还有专门为了EGFR耐药研究的信号通路：差不多就是这样，当然，看上去很复杂。我们把她拆分一下，差不多就是这样：按照ErbB信号通路来说，EGFR的下游，主要是三条信号通路JAK/STAT、PI3K/AKT和MAPK信号通路。EGFR的耐药，大致分成两类：1）EGFR本身的突变
.gov/观察 DAVID 提供的功能有:寻找富集的生物主题，尤其是 GO 条目；发现富集的功能相关的基因组；聚合冗余注释条目；可视化基因的 BioCarta 与 KEGG 通路图；2-D 视图展示相关的多基因对多条目关系；搜索其它未在列表中的功能相关基因；列出相互作用蛋白；批量浏览基因名称；连接基因与疾病的关系；高亮蛋白功能结构域和模体；重定向到相关文献；转换基因标识和更多功能。使用左侧 「Functional Annotation Tool」 工具，将 OMIM 数据库处理的所有肿瘤疾病关联的致病
使用 David database 进行 GO、KEGG 等富集分析你或许比较了解。但它还可以用以大批量搜集基因功能通路相关的文献哦。尤其是当你面对一堆基因需要查阅文献时就知道有多么感激 David database 了。下面以 28 个 gene symbol 的基因列表演示一下过程：打开主页（想直接复制网址的童鞋们，可在生物学霸后台回复基因网址即可），点击 Start Analysis。依次在 Upload 界面按步骤上传列表，Background 界面选择物种，List 界面选择上传
