日本奥林巴斯Olympus cellSens 成像软件

日本奥林巴斯Olympus cellSens 成像软件

奥林巴斯cellSens平台打造了基于操作人员偏好工作流的独特个性化及直观成像体验。 cellSens可实现对图标、工具栏和控件显示及位置的全面控制，简化了桌面，并提高了工作效率。
cellSens便于使用，功能强大且灵活。软件使用了模块设计，可以根据预算，及成像应用进行选配。这就使该软件能够不断发展并满足研究的需求。

cellSens软件包不用于临床诊断。
cellSens软件包

cellSens Entry

cellSens Entry是初次进行数字图像采集和文件记录的研究人员的理想选择。奥林巴斯的cellSens Entry通过独特的定制化界面对相机进行控制，确保了每一位用户都可以使用自己的设置采集到想要的图像。

cellSens Standard

奥林巴斯cellSens Standard是基于cellSens Entry的升级软件包，图像采集不限于单一图像，同时具有高级图像采集处理能力 (比如时间序列采集) ，并可以控制电动和编码显微镜组件。测量功能也得到扩展，具有多种形态参数，以及交互功能且不会影响已测量过的图像即可自由编辑测量目标：仅需要单击即可将所有结果导出到Microsoft Excel。cellSens Standard采用添加更多“插件”的方式以增加更多功能的方案，因此具有可扩展性。全景成像和景深扩展使显微镜不再受到其光学成像的限制，而NetCam功能使该设备能够方便而自由地通过局域网或互联网展示实时图像，便于协作和教学。

cellSens Dimension

奥林巴斯cellSens系列产品中最全能的成员是cellSens Dimension, 具有独特的图形化实验管理员功能 (GEM) 。 不用花费时间培训，初学者仅需点击几次鼠标，“制定”出实验计划，即可稳定完成复杂研究的成像实验。以自动循环、用户交互和全方位的硬件控制来完成复杂的实验，并从一次实验中自动产生多个结果。cellSens Dimension进一步以cellSens standard的功能为基础做了升级，提供包括Z-序列采集、 自动对焦和实时图像去模糊等功能。除了能够控制第三方高端相机和光源外，还可以使用高级分析工具快速处理采集到的数据，然后轻松地发送到可定制的报告中，报告编辑人可以很容易地直接使用Microsoft Word进行编辑。可选配的软件解决方案插件模块，能够实现高级和专用分析功能，如FRET和FRAP。

cellSens Dimension Desktop

Olympus cellSens Dimension Desktop软件允许您离线进行图像处理，让显微镜采集系统可以继续采集数据。

图像采集与实验设计
直观操作进行高级的图像采集

图形化实验管理员系统 (GEM)

• Dimension

GEM是一种灵活的拖放式界面，可在cellSens软件中构建简单或复杂的实验。 结合专用框架内的操作来规定自动化的顺序和优先级。轻松获取跨一个或多个样品位置的多通道，Z-序列和延时图像。 GEM允许用户在长时间间隔拍摄期间与系统交互操作而不终止实验。在GEM中也可以进行双通道同步成像，从而可以充分利用所有可用的硬件组件。

获取多维图像

• Dimension

• Standard

使用电动载物台成像时，流程管理器可以轻松捕获多色和时间序列图像，只需点击几下即可。当使用cellSens Dimension许可证时，也可以使用Z-序列成像。

 

• Dimension
• +
• 多点

• Standard
• +
• 多点

可选择的多点插件用于自动捕获多点和大图拼接。

 

滴定板导航器

• Dimension
• +
• 多点
• +
• 滴定板导航器

 

滴定板导航器可根据标准模式或自定义模式进行图像的自动扫描和采集。 所有采集到的图像、样品位置、以及使用者备注均可保存在结构化数据库内，供快速集中访问使用。 简单的点击动作即可移动到任一孔的中心。 可按行或列单独选定孔位，也可按不连续的分组选择。 一步操作即可将多维采集设置应用到单孔或多个选定孔上。 此外，多孔板导航器容许在单孔板内进行多个试验，为更复杂的试验提供支持。

实时全景成像

• Dimension

• Standard
• +
• 手动处理

 
 

 

 
 

 

使用手动处理解决方案实时创建拼接图像。手动过程控制可作为cellSens Standard软件的选项提供，并包含在cellSens Dimension软件中。

自动全景成像

• Dimension
• +
• 多点

• Standard
• +
• 多点

 

使用cellSens Dimension软件，结合可选的多点插件和电动载物台，实现大图拼接成像。 当与电动Z轴组合时，该功能可还以校正样品光学畸变与倾斜。

景深扩展成像

• Dimension

• Standard
• +
• 手动处理

 

复杂的图像处理

光谱拆分

• Dimension

 

cellSens Dimension中使用了线性分离算法，可以随时分离重叠在发射光谱里的荧光物质，比如GFP和YFP，以产生无串色的荧光图像。这种线性分离工具也可以分离与自发荧光相关的背景。

反卷积

• Dimension

cellSens Dimension包括用于实时预览和采集的实时2D去模糊功能，能够对厚标本进行更好的对焦。

• Dimension
• +
• Cl 反卷积

 

可选的CI反卷积插件采用受限迭代反卷积算法，通过使用GPU处理，以业界领先的速度提供更高的分辨率，对比度和动态范围 。

细胞系:人类宫颈癌细胞系HeLa细胞
免疫荧光染色:Hec1染色(绿色,Alexa- 488),a-微管蛋白染色(红色,Alexa- 568),DAPI染色(蓝色)
来源于人类宫颈癌的有丝分裂HeLa细胞。有丝分裂纺锤体与着丝粒分别用anti-a-tubulin(红色)和anti-Hec1(绿色)抗体染色。通过着丝粒，染色体与微管相互作用构成有丝分裂纺锤体,蛋白质结构装配在染色体的着丝粒区域。
图像数据由日本东北大学癌症发展研究所，分子肿瘤学系的Masanori Ikeda和Kozo Tanaka提供。

最佳焦面提取

• Dimension

从图像中提取最佳焦点，包括Z-序列和延时图像。即使在众多离焦、延时图像中，此功能也能以可能的最佳焦平面创建时间系列图像。

高动态范围 (HDR) 成像

• Dimension

HDR功能以不同的曝光时间自动采集多个图像，通过这种方法创建具有更高的动态范围图像，这种图像可清晰地显示低强度信号，又不会过度曝光样本的明亮区域。

 

使用景深扩展成像（EFI）功能，旋转聚焦旋钮时，从连续的图像平面创建单个对焦图像。电动聚焦设备可完全自动化EFI采集。 EFI合成图像也可以直接从已经捕获的Z-序列创建。
相机和设备解决方案

用于cellSens Dimension的高端相机解决方案

• Dimension
• 为满足高级研究人员的需求，高端相机解决方案允许cellSens Dimension配置一些 sCMOS 和EM-CCD相机。相机控制面板增加一些其它的控制，允许在常规的cellSens界面中轻松地使用高端相机。

用于cellSens Dimension的高端设备解决方案

• Dimension

高端设备解决方案允许cellSens使用一些高级设备，比如影像分割器和压电Z轴设备，从而极大地提高最大采集速度。该解决方案可以控制Yokogawa CSU-W1转盘共聚焦设备，允许cellSens用户实时追踪活样本快速动态的活动，并采用奥林巴斯实时控制器获取可靠的结果。
图像分析和工具

多样的分析方法和宏工具

手动对象计数和分类 - 单击计数

• Dimension

• Standard

cellSens单击计数功能可以方便地手动细胞计数。单击鼠标时标记细胞或其他对象，可按用户定义的对象类进行计数并自动分类

用于测量和分类的自动目标物识别

• Dimension

用于自动核计数以及分类的高效且精确的基于阈值的目标物检测。
结果可以方便地导出到Microsoft Excel进行进一步分析。

• Dimension
• +
• 计数 & 测量

• Standard
• +
• 计数 & 测量

使用计数和测量解决方案可以进一步扩展cellSens中的批量测量。在交互式界面中轻松执行自动对象测量和分类，其中识别的对象始终与其测量值链接。

 

 

宏管理器

• Dimension

可以使用宏命令来执行标准化重复性的工作流程，比如从图像采集到数据分析。宏命令可以同时应用到多幅图像。宏管理器可以极大地减少复杂成像和分析任务的工作时间。

图像比较 (同步图像窗口)

• Dimension

• Standard

采用同步缩放和移动并排显示图像，进行精确比较。

手动测量

• Dimension

• Standard

 

cellSens提供了各种测量工具，包括点之间的距离、面积、强度测量和形态学参数。测量数据作为图层保存，并可以导出到MS Excel和cellSens工作簿格式，或者使用免费的图像查看器软件包OlyVIA查看。

强度分析

• Dimension

以图形方式描绘由感兴趣区域（ROI）定义的强度和比率值，并调整ROI位置以跟踪细胞移动。使用强度调制显示（IMD）将强度变化转换为色调和亮度，以在视觉上增强,通常用于在比率或FRET图像中找到精细图像结构。 比率/ FRET解决方案用于显示和分析实时比例成像和数据。用户友好的工作流程中也支持敏化发射和受体光漂白的FRET分析。Photo-Manipulation Solution可用于FRAP图像的曲线拟合分析。

细胞密度检查

• Dimension

• Standard
• +
• 细胞密度检查

 

奥林巴斯的细胞识别算法可以测量相差图像中的细胞数量和融合度。 通过一次性测量多张图像，可以在整个培养皿中轻松地估计细胞总数以及平均数，并且可以通过时间序列测量来输出细胞生长曲线。

 

对象跟踪

• Dimension
• +
• 计数 & 测量
• +
• 对象跟踪

cellSens 追踪方案提供了直观的工具来检测，跟踪和分析移动物体，包括细胞运动和分裂等动态过程。

 
 
 

 

 
 

在第12天从Bmal1：luc稳定转染的ES细胞中RA诱导的分化细胞的生物发光
图像数据提供：Kazuhiro Yagita，M.D。Ph.D. 京都府立医科大学生理学与系统生物科学系
参考文献：Proc Natl Acad Sci U S A. 107（8）：3846-3851（2010）

创建报告和数据库

报告

• Dimension

只需简单的拖拽操作即可使用便捷的报告工具将图像与参数数据、测量数据和用户定制文档组合进报告模板里。这些Microsoft Word*报告能够实现与同事的快速而轻松的合作，以及交流结果。

*需要Microsoft Word version 2010或后续版本

数据库

• Dimension
• +
• 数据库核心
• 或者
• 数据库客户端

• Standard
• +
• 数据库核心
• 或者
• 数据库客户端

• Entry
• +
• 数据库客户端

数据库核心解决方案允许创建用户定义的数据库，具有完全的访问控制权限，可以实现网络共享。数据库不但收集图像，还包括所有相关的图像参数、用户评论和任何相关的文件，比如用于其它文件的电子表格。 通过自动预览找到的图像，交互式查询工具使其可以更容易地找到所需的数据，使用数据库客户端解决方案，可以方便地从许多不同的平台读取和写入共享数据库。

数据库 + 滴定板导航器

• Dimension
• +
• 多位
• 或者
• 滴定板导航器

• 数据库核心
• 或者
• 数据库客户端

• Standard
• +
• 数据库核心
• 或者
• 数据库客户端

• +

• Entry
• +
• 数据库客户端

结合多孔板导航方案，数据库解决方案极大地提高了使用大量数据查看和分析孔板图像的效率。通过单击图标信息（如日期，文件名或孔板编号）的图标，可以查看任何选定的捕获图像以供进一步分析。 并且可以通过孔板界面多采集的图像进行浏览和连续的分析（批量宏处理功能）
可扩展性

远程实时图像

• Dimension
• +
• 网络摄像机

• Standard
• +
• 网络摄像机

 

cellSens NetCam解决方案使用了标准的TCP/IP协议，能够方便地用网络传送实时图像和保存的图像用于教学、监视或监督。因此，即使在实验室以外，同事或监督员也可以从网络上的任何点进行监视，从而提高了实验室的效率。

解决方案

通过使用可选的“解决方案”插件，每个cellSens软件可以扩展到特定的应用程序。

• Dimension

• 多点
• 计数 & 测量
• CI 反卷积
• 滴定板导航器
• 比率 / FRET

• 图像处理
• 数据库核心
• 数据库客户端
• 网络摄像机
• 生命科学分析
• Standard
• 多点
• 计数 & 测量
• 手动处理
• 数据库核心
• 数据库客户端

• 细胞密度检查
• 网络摄像机
• Entry
• 手动处理
• 编码设备
• 数据库客户端
• 交互式测量

*cellSens Entry 软件仅可配部分插件。

图像分析和工具

多样的分析方法和宏工具
创建报告和数据库
可扩展性

远程实时图像

• Dimension
• +
• 网络摄像机

• Standard
• +
• 网络摄像机

 

cellSens NetCam解决方案使用了标准的TCP/IP协议，能够方便地用网络传送实时图像和保存的图像用于教学、监视或监督。因此，即使在实验室以外，同事或监督员也可以从网络上的任何点进行监视，从而提高了实验室的效率。

解决方案
通过使用可选的“解决方案”插件，每个cellSens软件可以扩展到特定的应用程序。

 

• Dimension

• 多点
• 计数 & 测量
• CI 反卷积
• 滴定板导航器
• 比率 / FRET

• 图像处理
• 数据库核心
• 数据库客户端
• 网络摄像机
• 生命科学分析
• Standard
• 多点
• 计数 & 测量
• 手动处理
• 数据库核心
• 数据库客户端

• 细胞密度检查
• 网络摄像机
• Entry
• 手动处理
• 编码设备
• 数据库客户端
• 交互式测量

*cellSens Entry 软件仅可配部分插件。

 

个性化和用户界面

临床研究

简单布局

• Entry

• Standard

• Dimension

 
 
 

 

 
 

新手和专家用户将同时受益于“简单布局”，这是一个专为临床研究工作流程设计的界面。 使用直观的“平滑控制”工具窗口获取，注释，共享和保存图像。 内置的测量工具仅在需要时显示，减少软件混乱并最大限度地减少分心。

会议模式

• Entry

• Standard

• Dimension

 
 

 

使用会议模式可以在屏幕上显示实时或静态图像，只需单击一下即可进行演示和协作。 图形标注工具随时可用于图像标记，无需退出会议模式，从而提高工作流程效率并节省时间。

 

科学研究

暗外观

• Standard

• Dimension

 

暗外观减少了计算机显示器产成的环境光，使cellSens用户可以适应变暗的环境；图标保持高反差，以便于识别和快速选择。

可定制的窗口布局

• Standard

• Dimension

可以安排工具和窗口，以适合正在进行的工作，优化布局的功能.