EnGen™ sgRNA Synthesis Kit, S. pyogenes是 sgRNA 合成试剂盒,能简单快速合成 sgRNA 。利用试剂盒提供的试剂和使用者自己设计的特异性 DNA 序列,单管反应 30 分钟就能获得大量 sgRNA 。
自然界中,启动S. pyogenes 的 Cas9与 2 种RNA 有关。一种是 crRNA或称CRISPR RNA,
crRNA包含大约 20 个核苷酸,位于PAM (Protospacer Adjacent Motif) NGG 序列的上游,与目标DNA 反义链同源互补。另一种RNA 是 tracrRNA 或称 transactivating crRNA, tracrRNA 的一部分与 crRNA 互补,所形成的互补序列及二级结构能被 Cas9 识别。在实验室实际操作中,将
tracrRNA 和 crRNA 的序列进行整合,形成一条长片段单链指导RNA ( sgRNA) , 并与Cas 9 形成复合体,识别并切割目标DNA。
在EnGen 2X sgRNA Reaction Mix 试剂中,有能被来源于S. pyogenes 的 Cas 9识别并起支架作用的特异性序列,该序列的一部分能与使用者设计的目标特异序列有重叠部分。退火形成互补后由 DNA 聚合酶填充。最终生成用于转录的 dsDNA 模板。本试剂盒能子一步反应中完成 dsDNA 的合成及RNA 转录,生成具有功能性的 sgRNA。
1. Jinek, M. et al. (2012) Science 816–821. PubMed ID: 22745249
图一: EnGen sgRNA合成试剂盒,S. pyogenes 工作流程
选择目标序列—设计并订制特异目标链—于一次反应中合成dsDNA和sgRNA – DNA酶处理— sgRNA 纯化和定量RNA
图二: EnGen sgRNA合成试剂盒概况
A. 特异目标链包含三个部分,分别是 T7 启动子,大约 20个核苷酸的特异目标序列和与S. pyogenes
Cas9 识别支架序列相互补的包含 14个核苷酸的重叠区域(反应混合液提供)。室温下,将特异目标链(或者EnGen sgRNA 调控序列, S. pyogenes)和 EnGen 2X sgRNA 反应混合液(NTPs, dNTPs,
S. pyogenes Cas9 识别支架序列)以及 EnGen sgRNA 酶混合液(DNA和RNA 聚合酶)添加在一起。
B.在 37°C 下,具有 14 个核苷酸重叠区域的 2 个片段发生了退火。
C . DNA聚合酶从 3’ 尾端开始延长,形成了一个双链DNA模板。
D .RNA 聚合酶识别了双链DNA 和T7 启动子后,发生转录。最终形成的sgRNA 包含目标特异
片段/ crRNA 和tracrRNA。 37°C 下,单管反应 30 分钟就能完成所有的步骤。
图三: EnGen sgRNA 合成试剂盒, S. pyogenes合成的 sgRNA 和对照 sgRNA的举例
RNA在 10% 的TBE-尿素变性条件下跑胶,用SYBR金色染料染色。
概述
EnGen™ sgRNA Synthesis Kit, S. pyogenes是 sgRNA 合成试剂盒,能简单快速合成 sgRNA 。利用试剂盒提供的试剂和使用者自己设计的特异性 DNA 序列,单管反应 30 分钟就能获得大量 sgRNA 。
自然界中,启动S. pyogenes 的 Cas9与 2 种RNA 有关。一种是 crRNA或称CRISPR RNA,
crRNA包含大约 20 个核苷酸,位于PAM (Protospacer Adjacent Motif) NGG 序列的上游,与目标DNA 反义链同源互补。另一种RNA 是 tracrRNA 或称 transactivating crRNA, tracrRNA 的一部分与 crRNA 互补,所形成的互补序列及二级结构能被 Cas9 识别。在实验室实际操作中,将
tracrRNA 和 crRNA 的序列进行整合,形成一条长片段单链指导RNA ( sgRNA) , 并与Cas 9 形成复合体,识别并切割目标DNA。
在EnGen 2X sgRNA Reaction Mix 试剂中,有能被来源于S. pyogenes 的 Cas 9识别并起支架作用的特异性序列,该序列的一部分能与使用者设计的目标特异序列有重叠部分。退火形成互补后由 DNA 聚合酶填充。最终生成用于转录的 dsDNA 模板。本试剂盒能子一步反应中完成 dsDNA 的合成及RNA 转录,生成具有功能性的 sgRNA。
1. Jinek, M. et al. (2012) Science 816–821. PubMed ID: 22745249
图一: EnGen sgRNA合成试剂盒,S. pyogenes 工作流程
选择目标序列—设计并订制特异目标链—于一次反应中合成dsDNA和sgRNA – DNA酶处理— sgRNA 纯化和定量RNA
图二: EnGen sgRNA合成试剂盒概况
A. 特异目标链包含三个部分,分别是 T7 启动子,大约 20个核苷酸的特异目标序列和与S. pyogenes
Cas9 识别支架序列相互补的包含 14个核苷酸的重叠区域(反应混合液提供)。室温下,将特异目标链(或者EnGen sgRNA 调控序列, S. pyogenes)和 EnGen 2X sgRNA 反应混合液(NTPs, dNTPs,
S. pyogenes Cas9 识别支架序列)以及 EnGen sgRNA 酶混合液(DNA和RNA 聚合酶)添加在一起。
B.在 37°C 下,具有 14 个核苷酸重叠区域的 2 个片段发生了退火。
C . DNA聚合酶从 3’ 尾端开始延长,形成了一个双链DNA模板。
D .RNA 聚合酶识别了双链DNA 和T7 启动子后,发生转录。最终形成的sgRNA 包含目标特异
片段/ crRNA 和tracrRNA。 37°C 下,单管反应 30 分钟就能完成所有的步骤。
图三: EnGen sgRNA 合成试剂盒, S. pyogenes合成的 sgRNA 和对照 sgRNA的举例
RNA在 10% 的TBE-尿素变性条件下跑胶,用SYBR金色染料染色。
特性和用途
所需材料(不提供)
靶特异DNA序列
热循环仪/ 37°C金属浴/水浴锅
无核酸酶水
RNA定量需要的设备和试剂
RNA纯化柱子
无RNA酶的枪头、管子
微型离心机
储存温度
-20°C
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