前皂苷配体CP6

HNADOCK - 一个研究 RNA 与 DNA/RNA 互作的平台

提供要对接的两个分子的三维（3D）结构，其中 RNA 接受序列和 PDB 结构文件（或 PDB 登录号如 1KD5:A）的输入，而 DNA 仅支持 PDB 结构文件（或 PDB 登录号如 1KD5:A）的输入。用户还可以选择提供结合位点信息（HNADOCK 可以自动整合结合位点信息），以及选择是否优化前十个模型。指定结合位点残基可以使预测的模型准确性更高。用户可以提供两种类型的绑定站点信息。（i）结合位点残留在受体或配体上：在文本框中如下指定结合位点残基15：A，23 - 26：A，18：B代表

靶向 GP2 蛋白的埃博拉病毒抑制剂虚拟筛选策略

了结合相关的作用大多涉及到了 7 个高度保守的氨基酸残基，这个发现对未来 EBOV 的抑制剂研发有重要的指导作用。主要思路大体思路很经典，第一步分子对接，然后选择得分靠前的化合物进行生物学实验验证，然后进行分子模拟解释实验现象。现在就来对这篇文章进行解析。细节展示1. 蛋白靶标区域选择蛋白：2EBO对 GP2 的结构进行分析，在 CHR（599 - 632）区域分析出范德华力以及静电力贡献最大的残基，作为参考配体。删除 2EBO 的 C 链残基 A609 到 F630，以便使指定的对接靶点区域暴露

TFPI的蛋白质工程

TFPI 的蛋白质工程       应用蛋白质 工程改造TFPI，主要目的是减少其在肝脏的摄取，从而延长半衰期，降低用药剂量和减少给药次数。     TFPI1-161 是TFPI的缺失突变体，主要包括前两个Kunitz结构域及N端。该突变体由于缺少K3和C端，半衰期明显延长，但同时其抗凝活性不及野生型，而且丧失了抗炎等非抗凝功能。如何尽最大可能地保全TFPI结构和功能，同时延长其半衰期，是TFPI的蛋白质工程的关键。     TFPI在体内主要通过肝细胞膜表面受体LRP介导进入