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转录组测序
转录组 ( Transcriptome ) 是指在特定环境或生理条件下的一个细胞或一个细胞群中所有 RNA 分子的集合,包括信使 RNA ( mRNA )、核糖体 RNA ( rRNA )、转运 RNA ( tRNA )及非编码 RNA ( ncRNA )。它有时被用来指所有的 RNA ,或仅指 mRNA ,指何种 RNA 取决于我们设计的特定实验,以下转录组分析仅针对 mRNA 进行研究。研究人员获得不同的实验样本后,提取 mRNA 并通过二代测序获取 RNA 序列信息用于后续信息分析。
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文献和实验结合细胞在组织中分布的位置信息和转录组基因表达信息,了解细胞在空间背景下的异质性。
研究意义;而同样情况下RASGRP1的检测数据可能不能说明问题。 由此可知,设计的实验如果没有生物学重复,或者生物学重复的数量不够,就不能得到有统计意义的实验结果;获得的差异表达的基因很可能仅仅是少数个体差异的表现,并不能反映疾病或者某种特定生理状态的群体本质特征。 3.生物学重复设置几个合适? 您是不是有同样的问题:转录组测序是否必须进行生物学重复啊,是否要3个重复,是否可以用3个样品的RNA等量混合代替生物学重复,如果不重复能否发文章…..?一方面是有限的经费,一方面是编辑的质疑;实在很难
案例:应用全基因组测序和 RNA 测序来描绘常见的变异型免疫缺陷综合症(CVIDs)的基因图谱 背景:常见的变异型免疫缺陷综合症(CVIDs)是机体免疫应答反应中不能产生抗体的最主要原因。CVIDs 变异度很高,大概 5% 的病人是由基因改变引起的。 目的:利用 Illumina HiSeq2500 和 HTSeq 测序平台对 CVIDs 进行全基因组及转录水平的研究,揭示并绘制 CVIDs 的信号调控图谱。 结果:通过对 CVIDs 基因组和转录组进行测序和综合










