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原核有参转录组测序是一种基于高通量测序技术的研究方法，用于分析原核生物在特定条件下转录出的所有mRNA。
服务流程
1. 样本准备：提取总RNA，确保RNA完整性（RIN值 > 7）和浓度≥1μg。采用磁珠法去除rRNA，保证rRNA去除效率和数据质量。
2. 文库构建：构建链特异性文库，确保建库稳定性。
3. 高通量测序：使用Illumina NovaSeq等高通量测序平台进行测序，采用PE150测序策略，保证数据质量（Q30≥85%）测序完成后，获得原始数据文件（FASTQ格式）。
4. 数据分析：
- 数据预处理：过滤低质量序列。
- 比对到参考基因组：使用比对工具将测序数据比对到参考基因组。
- 基因表达量分析：包括基因表达量定量、差异基因分析、富集分析等。
- 基因结构分析：包括UTR分析、新转录本预测、反义转录本分析等。
- 非编码RNA分析：鉴定sRNA及其与mRNA的互作关系。
- 功能注释：GO功能注释、KEGG功能注释、COG功能注释。
应用方向
1. 基因表达调控研究：揭示不同生长条件、环境压力或基因突变下基因的表达变化。
2. 环境响应研究：分析原核生物对温度、pH、营养等环境变化的响应。
3. 细菌感染机制研究：研究病原体与宿主细胞相互作用时的基因表达变化。
4. 抗生素抗性研究：研究抗生素作用下细菌的基因表达变化。
5. 代谢途径分析：分析基因在代谢途径中的表达情况。
6. 细胞周期和生长调控研究：研究细菌的生长周期、分裂和细胞周期调控。
7. 生态学和微生物组学研究：研究微生物群落中不同成员的基因表达。
8. 基因功能鉴定和新基因发现：识别编码蛋白质的基因以及潜在的新基因。
9. 基因调控网络分析：构建基因调控网络，了解基因之间的调控关系。
原核有参转录组测序服务具有样本起始量低、周期快、质量好、稳定性高的优势，并且可以同时分析mRNA和sRNA。
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文献和实验[1] Stark R, Grzelak M, Hadfield J. RNA sequencing: the teenage years. Nat Rev Genet. 2019 Nov;20(11):631-656. doi: 10.1038/s41576-019-0150-2. Epub 2019 Jul 24. PMID: 31341269.
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结合细胞在组织中分布的位置信息和转录组基因表达信息，了解细胞在空间背景下的异质性。
于将3个样本的基因表达量取了平均值，其实就是相当于取了一个样本，由此得到的差异基因同样不可信，不能反应群体生物学现象。 4.生物学重复分析结果展示 以公司做项目的经验来看，原核生物以及真菌生物学重复的效果>植物>动物，这是由于动植物个体差异较大所导致。所以动植物在选取生物学重复时，应按照严格的筛选条件进行取样，方可得到理想结果。 案例二：真菌的转录组测序 实验设计：处理组与对照组（n=3) 实验结果：如下图所示，重复样本间的相关系数r>0.9 案例三：植物转录组测序 实验
案例：应用全基因组测序和 RNA 测序来描绘常见的变异型免疫缺陷综合症（CVIDs）的基因图谱 背景：常见的变异型免疫缺陷综合症（CVIDs）是机体免疫应答反应中不能产生抗体的最主要原因。CVIDs 变异度很高，大概 5% 的病人是由基因改变引起的。 目的：利用 Illumina HiSeq2500 和 HTSeq 测序平台对 CVIDs 进行全基因组及转录水平的研究，揭示并绘制 CVIDs 的信号调控图谱。 结果：通过对 CVIDs 基因组和转录组进行测序和综合
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