原核转录组测序

概述

原核转录组测序是基于HiSeq平台，构建链特异性文库，研究原核生物在某个时期或某种环境条件下转录出来的所有mRNA，从基因序列水平和表达水平来获得原核生物在某个时期或者在某种环境条件下所有的序列信息。由于原核生物mRNA没有polyA尾结构，需要去除rRNA的特点，针对不同的物种采取有效的方法去除rRAN，保证数据量。

优势

圣庭生物为您提供全面的转录组学研究方案。从样本制备、建库测序、生物信息学分析到后期数据解读，通过一站式的专业服务，让您更好地专注于科学研究。
1、成熟、稳定的实验流程保障实验结果的可重复性；
2、强大的超级计算平台搭配经验丰富的的生信分析专家团队；
3、从实验方案设计到后期数据挖掘，全面助力您的科学研究。

技术流程

样本要求

样本类型：去蛋白并经过Dnase处理的总RNA；
RNA样本总量：≥5 μg
RNA浓度： ≥200 ng/μL
RNA纯度： OD_260/280=1.8-2.2，OD_260/230 ≥2.0；RIN ≥7.0；

策略

常见问题

Q 原核转录组为什么要构建链特异性文库？
由于原核生物的基因组中存在大量基因重叠区域、操纵子及多顺反子，所以转录组数据分析比真核难度要高很多，我们公司在细菌基因组和转录组数据分析方面有丰富的项目经验。针对原核转录组，我们利用构建链特异性文库（NEBNext Ultra Directional RNA Library Prep Kit for Illumina）能很好地区分来源于基因组正链和负链转录本，并进行TSS和TTS预测。
Q 原核转录组测序的基因饱和度分析是怎样的？
检测文库的基因饱和度，即对样本所有基因而言，随着测序数据量的增加，表达的基因数的变化情况。随机抽取10%、20%、30%…100%的测序数据，分别统计表达的基因数。该分析反映了基因表达水平定量对数据量的要求，表达量高的基因，就越容易被准确定量，反之，表达量低的基因，需要较大的测序数据量才能被准确定量。