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IL6/STAT3 Signaling: STAT3 Activators: EGFR, IL10, IL11, IL17A, IL21, IL23A, IL6.
Receptors: CD4, CD40 (TNFRSF5), CSF3R (GM-CSFR), FAS (TNFRSF6), IL18R1, IL1R1, IL2RA (CD25), IL6R, IL6ST (GP130), LIFR, TNFRSF10B (DR5), TNFRSF1A, TNFRSF1B.
Upstream Signaling: AKT1, JAK2, JAK3, MAP2K1 (MEK1), MAPK1 (ERK2), MAPK14, MAPK3 (ERK1), MAPK8 (JNK1), MTOR, MYC, PIAS3, SOCS1, SOCS3, SRC, TYK2.
Downstream Signaling: BAX, BCL2, CDKN1A (p21CIP1/WAF1), HGF, MET, PIM1, STAT3.
Target Genes: CCL2 (MCP-1), CCL5 (RANTES), CEBPD, CXCL10 (INP10), IL10, IL11, IL17A, IL1B, IL21, IL6, IL8, MYC, SOCS3.
Cytokines: CCL2 (MCP-1), CCL3 (MIP-1A), CCL4 (MIP-1B), CCL5 (RANTES), CD40LG (TNFSF5), CSF1 (MCSF), CSF2 (GM-CSF), CSF3 (GCSF), CXCL10 (INP10), FASLG (TNFSF6), IL10, IL11, IL13, IL15, IL17A, IL18, IL1A, IL1B, IL2, IL21, IL22, IL23A, IL3, IL4, IL5, IL6, IL8, LIF, LTA (TNFB), OSM, TNF, TNFSF10 (TRAIL).
NFκB Signaling: NFKB1, NFKBIA (IκBα/MAD3), RELA, TLR4.
Pathway Activity Signature Genes: BCL3, CASP4, CEBPD, GLRX, IFITM2, IL6ST, JUNB, NRP1, PHF21A, PROS1, PVRL2, SOCS3, STAT3, TGM2, TNFRSF1A, TUBB2A.
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浅析染色质免疫沉淀(ChIP)技术在 DNA 与蛋白质相互作用研究中的重要性
-19]; xChIP:用来研究DNA及低结合力蛋白,采用甲醛或紫外线进行 DNA 和蛋白交联,超声波片段化染色质,然后进行片段富集及后续分析,适用于多数非组蛋白的蛋白,例如 [9, 15, 20]。 X-ChIP 试验的一般过程 以上两种方法在分离 DNA-蛋白质复合物之后,对 DNA 进行 PCR 扩增,验证目标序列的存在。除验证实验外,ChIP DNA也可以进行测序分析,这种方法被称为 ChIP-seq [22] ;也可做芯片分析,这种方法被称为 ChIP on CHIP 或 ChIP
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