Illumina Omni家族芯片服务

Omni芯片家族自2009年上市以来，已经提供了一系列灵活的芯片，它们带来了精选自国际HapMap计划和千人基因组计划的常见和稀有变异。有了Omni芯片家族，研究人员能够立即开始新一代GWAS。
Omni家族芯片产品信息

注：自定义位点是在芯片SNP位点基础上，可自定义添加最大位点数，N/A表示不能添加。

1. Human Omni ZhongHua-8 BeadChip芯片服务（推荐）—特别覆盖中国人特有的常见和稀有变异
1）第一款人类种群特异的全基因组芯片，经过优化的标签SNP内容来自HapMap所有三个阶段以及千人基因组计划（1kGP），可用于在中国人种群中探索全新的疾病和性状关联。
2）特别覆盖中国人81%的常见变异（MAF> 5%）和60%的稀有变异（MAF > 2.5%），适合全基因组关联研究（GWAS）。
3）采用Illumina专利的BeadArrayTM技术，可提供非常高的数据质量，平均检出率> 99%，重复率> 99.9%。



2.HumanOmni5-Quad芯片服务
1）4个样品的Omni5芯片特有超过430万个标记物/样品。
2）特有来自千人基因组计划的新颖、常见和稀有变异。除了提供人类变异（MAF低至1%）的密集覆盖，覆盖了基因组中与疾病关联的高价值区域，包括基因区域、MHC区域和非同义SNP。
3）特有来自千人基因组计划的近5000个插入缺失和多碱基替换标记物，能帮助研究人员阐明结构变异如何影响性状和疾病。
4）可自定义的 500K位点让研究变得更具灵活性，可以方便更高密度靶定基因组的特定区域。
简单的实验过程：



更多的发现内容：



您需要给我们提供：
样品类型：组织、细胞、基因组DNA（> 3微克）
样品要求：
1) 样品纯度：OD 260/280值应在1.7～2.0 之间；RNA 应该去除干净；不得有其它个体或其它物种的DNA污染。
2) 样品浓度：浓度不低于55ng/μl；
3) 样品总量：每个样品总量不少于5μg 。
4) 样品溶剂：溶解在TE中。
5) 样品运输： DNA低温运输（-20℃）；在运输过程中请用parafilm将管口密封好，以防出现污染。


我们能给您提供：




数据分析结果展示：
Manhattan plot:可以用来观测各个染色体中显著差异SNP探针的数据分布。基因组坐标沿X-轴显示，显示在Y-轴为每个单核苷酸多态性的关联P-值的负对数。



连锁不平衡（linkage disequilibrium）是指基因组中不同基因座间存在的非随机关联，即不同基因座的非等位基因间的非随机组合。LD Plot表示该基因所有snp的的连锁情况，各个方块的颜色由浅至深（白—红），表示连锁程度由低到高，深红色表示完全连锁。




LOD Plot (log odds score)是根据遗传标志与致病基因的连锁,和在家系中的重组值,即两者之间的遗传距离,得出两者连锁的似然性比例。LOD值为0，意味着连锁假设与不连锁假设的可能性相等；LOD值为正值，有利于连锁；LOD值为负值，表示有一定重组率的连锁。显著的域值是﹢3和﹢2。LOD﹦﹢3时，连锁的概率为95％。




单倍型又称单体型，是tagSNP的call在染色单体上的线性排列，单倍型分析的目的是看是否所有患病个体都继承了同样的单体型。在下图中，患病个体画框的里面单体型是一样的。