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circRNA高通量测序实验
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上海英拜生物科技有限公司
图1 cirRNA转录过程 图2 ciRs-7作用机制
目前对circular RNA的研究还不多,特别是对这类RNA的生物学功能研究还有待挖掘。 通过高通量测序技术寻找反向剪接的reads,即back-splicing reads,可以检测样本中circRNA表达及其发现样本中新的circRNA。
图3 cirRNA测序实验流程
数据分析:
1、基础分析
测序数据评估及预处理
基因组比对
circRNA预测
circRNA注释
circRNA表达定量
circRNA差异表达分析
2、高级分析
circRNA关联基因的GO富集分析
circRNA关联基因的KEGG富集分析
circRNA-miRNA靶向预测
circRNA-miRNA-mRNA ceRNA分析
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文献和实验导读 今年4月,《molecular Cell》杂志上刊登了一篇基于高通量测序方法研究肌细胞分化过程中circRNA功能性文章。通过RNA-Seq筛选人和老鼠(C2C12)肌母细胞(myoblasts )分化成肌管细胞(myotubes )过程以及肌营养不良症(DMD)状态下差异表达的circRNA,然后利用RNA干扰(RNAi)技术找到在肌肉分化过程中起作用的circRNA。更有趣的是,作者发现其中一个circRNA序列中含有开放阅读框(ORF),从而又进一步证明其具有编码蛋白的能力。由于文
(Genome Analyzer platform),为此,2007年ABI公司推出了自主研发的SOLiD 测序仪(ABI SOLiD sequencer)。这三个测序平台即为目前高通量测序平台的代表。 这些平台共同的特点是极高的测序通量,相对于传统测序的96道毛细管测序,高通量测序一次实验可以读取40万到400万条序列。读取长度根据平台不同从25bp到450bp,不同的测序平台在一次实验中,可以读取1G到14G不等的碱基数,这样庞大的测序能力是传统测序仪所不能
生物学霸要开实验讲堂啦,每周给大家讲解一种实验技术,还会邀请技术大牛来答疑哦,看大家的喜欢程度啦。今天的主题是——高通量测序。 小师妹:霸霸,什么是高通量测序呀? 霸霸:高通量测序也叫下一代测序哦,你是不是想问那上一代测序是啥呢?嘿嘿,还真有,传统的叫桑格测序-Sanger Sequencing。 小师妹:这个我知道,以前基因都要送去测序的。那高通量测序是神马鬼呢? 霸霸:哈哈,小师妹就是聪明。高通量测序就是一次运行能产生很多的基因
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