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miRNA测序
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上海威奥生物

miRNA: 是一种长度为21~25nt的单链小分子RNA。它广泛存在于真核生物中,成熟的miRNA是由具发夹结构单链RNA前体(pre miRNA)经过Dicer酶加工而成,主要通过与靶标基因不完全互补结合来调控靶基因的表达。miRNA在细胞发育、生物标志物、肿瘤等多个领域中有广泛的应用。
生物信息学分析
测序数据质量评估(QC);
miRNA序列比对
新miRNA预测
miRNA差异分析
miRNA功能分析(靶基因预测、GO注释、KEGG注释)
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文献和实验的小分子――筛选一定大小的RNA分子,连接到3'和5'的适配子(adapters),逆转录并通过PCR扩增、亚克隆并测序。miRNA前体在基因组上的定位和聚类是通过向基因组数据库查询进行。这个方法有助于判断miRNAs是否是mRNAs、tRNAs、rRNAs等分子的降解产物。 有的实验室通过一种RNA folding program 'mfold'来判断C. elegans和C. briggsae之间的高度保守区域是否含有潜在的miRNA前体,然后用Northern Blots的方法来确定
案例:通过深度测序分析乳腺癌中 microRNA 的序列和表达 背景: microRNAs 调控很多对肿瘤发生非常重要的基因。乳腺癌中很多 microRNAs 是下调的,但系统的乳腺癌中 microRNA 的表达分析还没有被报道。 目的: 利用 Illumina HiSeq2000 测序平台对不同类型乳腺癌组织和细胞进行测序,分析其 microRNAs 表达差异。 结果:通过对 11 个正常乳腺组织,17 个非转移
一、miRNA的靶基因寻找研究表明,一个基因可以受多个miRNA调控,而一种miRNA又可以参与调控多个靶基因,据预测,至少有30%的人类基因是miRNA的靶基因。这就足以显示出miRNA群体的重要性。而在人类疾病中多不同程度的表现出大量miRNA的上调和下调,这也足以显示miRNA在疾病发生过程中占据着非常重要的作用。而探讨miRNA的功能作用中最重要的一步就是高效准确的寻找到其所调控的靶基因。目前寻找靶基因主要是从以下两个方面入手。1.生物信息学方法miRNA靶基因的预测主要是根据生物










