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文献和实验AAV 三保一是什么?shRNA 体内敲低一次保一条有效靶点
靶点对比 设计要点 做法 为什么 多靶点并行 单基因设计 3 条独立 shRNA 覆盖单靶点的随机失效 区域分散 分别靶向 CDS / 3'UTR 等不同区段 避免 mRNA 折叠致全部失效 GC 适中 推荐 35%–55% 范围 平衡稳定性与特异性、优化加工 脱靶低 避开基因组同源区域 保证干扰特异性 载体适配 U6 Pol Ⅲ 驱动,经典 GV478 载体(U6-MCS-CAG-EGFP) 高效转录、被 Dicer 加工 判定标准 RT-qPCR ΔCt
AAV 装载容量 4.7kb 超限怎么办?元件长度和五种扩容方案一篇讲清
长度表,是审载体时直接对照用的(长度为常见近似,具体以序列实测为准): 元件 约占用长度 说明 ITR(2 个) 约 0.3 kb(两侧各约 0.15 kb) 包装必需,不能删,是硬成本 启动子 CAG 约 1.7 kb;CMV 较小;hSyn/CaMKIIα/GFAP 等特异启动子长短不一 想省空间可换短启动子 目的基因(cDNA) 视基因而定,是主要变量 大基因最容易超限 标签(EGFP/Flag/mCherry 等) EGFP 约 0.7 kb;其他标签数百 bp
for lipofectamine2000 4. 腺病毒包装用细胞 5. 收毒程序以及传代、检测 6. pDC316-EGFP-U6载体质粒与pBHGloxdeltaE13Cre腺病毒骨架质粒共转染293细胞 7. 空腺病毒构建与应用 8. mRNA转录检测 9. 转染过程中细胞的处置 Page 22: 1. 转染过程中细胞死亡 2. 病毒传代 3. pSIREN-DNR-DsRed-Express载体图谱、序列及去掉红色荧光蛋白的protocol 4. 腺病毒转染后鉴定 5. 穿梭载体亚
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