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- 2025年12月24日
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由ABI研发的SNP分型技术，其技术原理如下简介。PCR 反应时，加入一对两端有不同荧光标记的特异探针来识别不同的等位基因（allele1和allele2），5’端为报告荧光基团（reporter），3’端为淬灭荧光基团 (quencher)。PCR过程中，两个探针能与正向引物和反向引物之间的互补序列特异退火结合。当探针以完整形式存在时，由于能量共振转移，荧光基团只发出微弱荧光。特异的探针与相应的等位基因杂合后，DNA聚合酶发挥5’到3’外切酶活性，把报告荧光基团切割下来，脱离了3’端淬灭荧光基团的淬灭作用 (quench)，从而发出荧光。两个探针的5’端标有不同的荧光 (FAM或VIC)，3’端标有MGB 淬灭基团结合体。根据检测到的不同荧光，可以判断相应的样本的SNP 等位基因型。
整个技术的示意图如下：
G/A SNP 的三种可能的基因型
方法特点：
（1）该技术操作简单快速，特别适合少量位点大量样本（几千个）的分型项目。
（2）灵敏度度高，重复性好。
（3）不适合少量样本（几十个）多位点分型, 特别是频率偏低的位点。
附：SNP相关研究方法比较
| 研究方法 | 优点 | 缺点 |
| 直接测序法 | SNP分析的金标准，能发现已知和未知SNP位点 | 每个位点均需要经PCR扩增，然后测序，成本较高，工作量大，周期长，不适合大样本做疾病关联分析 |
| Taqman探针法（定量PCR） | 适合已知SNP位点、位点数量少、高通量检测 | 价格昂贵（探针合成费用高），不能同时发现未知SNP位点 |
| Snapshot法 | 准确度高，不受多态性及样本量限制，可同时检测12个位点 | 不能发现未知SNP位点，不适用于所有SNP位点，仅适用于中通量样本 |
| 非探针的普通PCR方法 | 技术简便，价格便宜，仅适用已知SNP判断，不能确定何种SNP，适宜少量样本的实验室检测 | 费时费力，稳定性差，速度较慢，灵敏度差 |
| 芯片技术 | 高通量、微型化、自动化、防污染 | 仅适用于全基因组SNP扫描，不适宜单个基因的SNP位点检测，精度低，价格昂贵。 |
| Illumina 测序 | 起始样品量低，可检测多个感兴趣的区域，检出罕见/未知基因突变 | 高通量SNP检测，用于SNP在全基因组上的扫描分析，价格昂贵。 |
| MassARRAY质谱技术 | 检测速度快，成本低，理论上能分开单个碱基变化 | 干扰因素多，精确度难以保证，仅适于已优化的特定SNP检测，PCR过程和质谱过程需单独进行 |
| HRM技术 | 高通量、高灵敏度、高特异性、低成本；避免污染造成的假阳性；可检测扩增区内已知和未知SNP位点 | 须用特殊仪器（如罗氏LightCyclerTM 480 PCR仪，或LightScannerTM等）及特殊染料LC Green；反应条件优化复杂 |
| 焦磷酸测序 | 准确度高、速度快、成本低，可同时检测3个不同SNP位点 | 需要特殊仪器（如Qiagen: PyroMark ID），测序长度有限50-100 bp |
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文献和实验蛋白质的氨基酸序列。而不在蛋白质编码区的 SNP 仍可能影响基因剪接、转录子结合、信使 RNA 降解或非编码区的 RNA 序列。受到这种单核苷酸多态性（SNP）影响的基因表达被称为单核苷酸多态性表达（ESNP），可能发生在此基因的上游或下游。直接测序法目前很多朋友在研究 SNP 位点的时候，仍然在选用直接测序法，Sanger 测序原理为双脱氧终止法，会忠实的延伸出模板链上的碱基序列，在毛细管电泳中会依次收集各个碱基的荧光信号，SNP 则会在测序结果中出现如下套峰的情况，示例如下：图片来源：Google
The TaqMan Method for SNP Genotyping
procedures for TaqMan SNP genotyping assay, including preparation of high-quality DNA samples, the operating protocol, clarification of technical issues, and discussion of several cautionary notes.
Targeted SNP Genotyping Using the TaqMan Assay
in independent, population-based, study samples, usually consisting of several hundreds/thousands of individuals. A convenient technique to genotype a moderate number of markers in this kind of study is available with the TaqMan� platform (Applied Biosystems
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