高中低通量SNP检测
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  • 高中低通量 SNP 检测
  • 中国
  • 2025年12月07日
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      高中低通量 SNP 检测

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      伯豪生物

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    上海伯豪生物技术有限公司(简称:上海伯豪生物技术有限公司伯豪生物,英文名:Shang

    一、基于多重 PCR 的目标区段 /SNP 高通量重测序

    设计和优化多重 PCR 引物,扩增目标区域,不同样本加上不同 index 区分,利用高通量测序平台进行深度测序,鉴定目标区域中的多态或突变位点。

    优点:
    1、自主引物设计及优化平台,保证测序结果特异性及均一性;
    2、针对研究目标,灵活定制研究方案,测序有效覆盖度 95% 以上,准确率 >98%。
    伯豪生物科研技术服务

    二、KASP 基因分型技术

    KASP(Kompetitive Allele-Specific PCR),即竞争性等位基因特异性 PCR。KASP 反应包括 Primer Mix 和 Master Mix 两种主要成分。Primer Mix 由两条末端碱基不同的等位基因正向引物与一条反向引物构成,两条正向引物 5’端分别连有不同序列的检测引物序列。Master Mix 包含两条带有不同荧光的检测引物。

    优点:
    1、优异的准确性(独立评价的准确性 >99.8%);
    2、超强的灵活性;
    3、低成本(无需昂贵的双色标记探针);
    4、高效的成熟技术。
    伯豪生物科研技术服务

    三、Fluidigm 技术对 SNP 位点的验证

    Fluidigm 的核心技术是微流控阀门技术,Biomark HD 系统是一种可进行基因分型、基因表达 profling、实时数字定量 PCR (qdPCR) 和单细胞分析的多用途实时 PCR 系统。Fluidigm BioMark 有三种芯片:96*96,48*48 和 192*24。
    优点:
    1、高通量,成本低;
    2、灵敏度高,位点特异性探针,荧光标记的延伸引物,与 Taqman 金标准吻合度高;
    3、时间短,从样本处理到拿到数据 3 - 4 个小时;
    4、灵活性,任意物种,只要知道目的序列,探针可以定制。

    伯豪生物自成立以来获得了国家基因检测技术应用示范中心、国家工信部专精特新“小巨人”企业、院士专家工作站、高新技术企业、上海市研发公共服务平台(负责“上海市高通量疾病标志物服务平台”和“上海市基因芯片专业服务平台”的运营)、上海市服务外包公共平台、上海科技小巨人企业、浦东新区企业研发机构、联合实验室建设等一系列资质,拥有医疗机构执业许可证、医疗器械经营许可证。

    四、MassARRAY 质谱分析的基因分型平台

    通过 PCR 将覆盖 SNP 位点的 DNA 序列扩增出来,然后应用单一延伸引物(extension primer) 扩增 PCR 产物,然后用飞行质谱进行分析,根据差别进行分型。
    优点:
    1、高性价比,在所有的 SNP 分型方法中,价格低;
    2、高准确性,采用尖端的飞行质谱的分型技术,比 RT-PCR 技术更精准;
    3、高通量,一张芯片可对 384 个样本进行多重检测,每个体系多的实现 36 重反应;
    4、广泛性,可测试各种类型的样本;
    5、高效性,全自动分析数据,快的一天内可以完成基因分型报告。

    伯豪生物自成立以来获得了国家基因检测技术应用示范中心、国家工信部专精特新“小巨人”企业、院士专家工作站、高新技术企业、上海市研发公共服务平台(负责“上海市高通量疾病标志物服务平台”和“上海市基因芯片专业服务平台”的运营)、上海市服务外包公共平台、上海科技小巨人企业、浦东新区企业研发机构、联合实验室建设等一系列资质,拥有医疗机构执业许可证、医疗器械经营许可证。

    五、一代测序的基因分型平台

    第一代 DNA 测序技术(又称 Sanger 测序)在 1975 年,由 Sanger 等人开创,并在 1977 年完成第一个基因组序列(噬菌体 X174),全长 5375 个碱基。2001 年完成的人类基因组图谱就是利用了改进的 Sanger 法。SNP 分型检测的金标准,既能检测已知 SNP,也能发现未知 SNP。但是流程相对复杂,成本较高,工作量大,周期长,不适合大样本、多位点检测。
    优点:
    准确度高、操作简便、周期短。
    缺点:
    一代测序技术难以胜任微量 DNA 样品及大量样本和位点的测序。
    适用范围:
    位点明确、个数少、样本量少的验证及检测。


    伯豪生物科研技术服务2

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