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实验原理:
STR(Short Tandem Repeat,短串联重复序列)基因位点由长度为3~7个碱基对的短串连重复序列组成 ,这些重复序列广泛存在于人类基因组中,可作为高度多态性标记,被称为细胞的DNA指纹。STR基因座位上的等位基因可通过PCR(聚合酶链式反应)扩增区域内重复序列的拷贝数的不同来区分,在毛细管电泳分离之后可通过荧光检测来识别,随后通过一定的计算方法 ,即可根据所得的STR分型结果与专业的细胞STR数据库比对从而推算出样品所属的细胞系或可能的交叉污染的细胞系名称。
据统计约30%细胞系被交叉污染或错误辨识,因使用了交叉污染或错误辨识的细胞而导致研究结论错误、结果不可重复、临床细胞治疗灾难性后果……,这浪费大量时间、精力和金钱。
近年NIH、ATCC、Nature和Science等对此多次发出呼吁,要求研究者对细胞进行鉴定 ,如2011年美国国家标准学会专门颁布了一份细胞STR鉴定国家标准 ;2014 年12 月、2015 年2 月Science 杂志分别发表文章专题阐述细胞交叉污染和错误辨识严重性;2015年4月Nature通知:Nature旗下杂志将从5月开始要求作者鉴定论文中所用细胞系;2015年6月有报道称一科学家由于用错细胞系,撤销Nature论文……。STR基因分型已被ICLAC、ATCC等权威机构作为金标准应用于细胞鉴定,目前越来越多的杂志要求在投稿时提供细胞STR分型数据。细胞系STR鉴定--及时发现您的细胞是否被交叉污染或错误辨识。
检测供者PBMC和iPSC至少两个样品的STR是否匹配,提供STR鉴定报告
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文献和实验据统计约 30% 细胞系被交叉污染或错误辨识,因使用了交叉污染或错误辨识的细胞而导致研究结论错误、结果不可重复、临床细胞治疗灾难性后果……,这浪费大量时间、精力和金钱。Everything was going along fine until they discovered their HeLa cell line expressed Y chromosome markers因此近年 NIH、ATCC、Nature 和 Science 等对此多次发出呼吁,要求研究者对细胞进行鉴定。STR 基因
、 miRNA靶基因的验证与miRNA靶基因 的预测方法相比,对miRNA靶基因进行实验验证的方法并不多,目前还没有一个快速、简便、高通量的鉴定方法。最直接的鉴定方法是, 利用荧光定量PCR及Westernblot方法分别检测转染或敲低miRNA后细胞中mRNA水平及蛋白水平的变化,从而确定miRNA与靶基因的对应关系。这种方法能够直接鉴定出miRNA的靶基因, 准确度高但不能鉴定miRNA的靶位点。转染或敲低miRNA:方式主要有两种,一种是构建miRNA过表达载体的稳定表达系统,一种是人工合成miRNA
关于如何鉴定收到的新细胞是否有污染,很多站友,特别是新接触细胞培养的站友通常没有太多经验,在此我分享下我这边接收到新细胞后是如何判断是否有污染的。一、肉眼观察以下几项:1. 细胞瓶身:如果瓶身上没有裂缝,正常;如果瓶身上有裂缝,则污染几率非常大。2. 培养基颜色:如果培养基颜色是红色或者粉色,正常;如果是橙色,则可能是污染或者细胞过密;如果是黄色,则污染几率非常大。3. 培养基澄清度:如果培养基澄清,正常;如果有少许漂浮物,则可能是污染或者有细胞凋亡;如果培养基很浑浊,甚至出现絮状物,则污染
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